Геном эволюциясе
PNAS
Алтын балыкның эволюцион килеп чыгышы һәм өйдә яшәү тарихы (Carassius auratus)
PacBio |Иллумина |Бионано Геном Карта |Сәлам-С Геном Ассамблеясы |Генетик карта |GWAS |RNA-Seq
Игътибар
1.Голдфиш геномы югары сыйфатлы җыю версиясе белән яңартылды, 95,75% контигларны 50 псевдохромосомага яклады (Скафольд N50 = 31,84 Мб).Ике субгеном бүленде.
2. Йорт хуҗалыгында сайлап алуның геномик өлкәләре 201 кешенең реквизинг мәгълүматыннан ачыкланды, 390-тан артык кандидат гены ачылды, алар, мөгаен, өйдәге сыйфатлар белән бәйле.
3. Өйдәге алтын балыктагы дорсаль финда GWAS потенциаль бәйләнешле 378 кандидат генын ачты.Тиросин-протеин киназ хәбәрчесе кандидатның ачыклыгы белән бәйле сәбәп гены итеп билгеләнде
Фон
Алтын балык (Carassius auratus) - борыңгы Кытайдагы кристан карпыннан эшләнгән иң мөһим балыкларның берсе.Аларны Чарльз Дарвин аңлатты: "Төснең чиксез төрлелеген узып, без структураның иң гадәти булмаган үзгәртүләре белән очрашабыз".Бик күп төрле үзенчәлекләр, хуҗалык итү һәм үрчетүнең озын тарихы алтын балыкны балык физиологиясе һәм эволюциясе өчен искиткеч генетик модель системасына әйләндерә.
Уңышлар
Алтын балык геномы
JPacBio һәм Illumina парлы-соңгы эзлекле мәгълүматларга майлы анализ 1,657 G корал җыю җыелмасы бирә (Contig N50 = 474 Kb).Бионано оптик картасы ясалды һәм монтажны 1,73 Гб зурлыкка төзәтте (фаразланган геном күләме: 1,8 Гб).Hi-C нигезендә җыю N50 скафолдын тагын да яхшыртты, 606 Кбдан 31,84 Мбга кадәр һәм 95,75% (1,65 Гб) юнәлешле һәм якорь ставкасына заказ бирде.Геном 56,251 кодлаштыру генын һәм 10,098 озын кодсыз транскрипцияне үз эченә ала.Моннан тыш, 50 хромосоманың 38 потенциаль центромерик өлкәсе фаразланган.
Алтын балык Геном
TБорыңгы гибридизация вакыйгасы нәтиҗәсендә 50 алтын балык хромосомасында субгеномнарның ачык комплектлары ачыкланган.Алтын балык белән Барбина арасында тигезләнгән укуларның зур өлеше булган хромосомалар җыелмасы А субгеномы (ChrA01 ~ A25), ягъни Барбинага хас булган субгенома, калганнары В субгеномы (ChrB01 ~ B25) дип билгеләнде.
Өйдә урнаштыру һәм сайлап алу
AБарлыгы 16 кыргый типтагы кристиан карпасы һәм 185 вәкиллекле алтын балык варианты уртача эзлеклелек тирәнлеге якынча 12,5X булган, 4,3 терабаз мәгълүмат тудырган.Филогенетик реконструкция һәм PCA анализы гомуми алтын балык белән крестьян карпасы арасында якынрак бәйләнешне раслады, соңгысы ике нәселгә бүленде.
LAboveгарыдагы дүрт субпопуляциядә черү анализы хуҗалык итү вакытында халыкның генетик кыенлыкларын һәм алтын балыкта ясалма сайлау мөмкинлеген раслады.Генетик күптөрлелекне (π) кристиаль карптан гомуми алтын балыкка, Вен алтын балыкына һәм йомырка алтын балыкына кадәр арттыру, алар яшәгән вакытта генетик үзгәрешләрнең зур туплануын күрсәтте.25.2 Мб һәм 946 генны үз эченә алган 50 сайлап алынган геном өлкәсе вәкиллекле мәгълүматлардан ачыкланган (33 алтын балык һәм 16 кристиаль крап).Анализны 201 кешегә киңәйтү, 393 ген тәмамланган сайлап алу өлкәләрен күрсәтте.Бу геннар аз төрлелектә табылды, алар, мөгаен, алтын балыктагы төп хуҗалык үзенчәлекләре белән бәйле фенотипларга өлеш кертә.
Рәсем.3 Геном киңлеге белән бәйле анализ
Өйдәге алтын балыкта GWAS
Dorsal fin - Wen алтын балыкны йомырка алтын балыкыннан аеручы төп үзенчәлек.96 Вен алтын балык һәм 87 йомырка алтын балыктагы GWAS дорсаль фин 138 хромосомага таралган 378 кандидат генын ачыклады һәм бу геннарның субгеномалар арасында тигез булмаган таралуы күзәтелде.Бу кандидат геннарына функциональ анализ биологик процессларны күрсәтте, шул исәптән "Күзәнәк өслеге рецепторы сигнализациясе", "Трансмембрана транспорты", "Скелет системасы үсеше" һ.б.
Өйдәге алтын балык өстендә 4 GWAS дорсаль фин
In GWAS ачык масштаблы бәйләнешле сыйфатлар, бер көчле ассоциациянең иң югары ноктасы табылды.Кандидат регионнарның берсендә тиросин-протеин киназ рецепторын кодлаучы ген ачыкланган.
5 нче рәсемдә ачык масштаблы сыйфатларның GWAS
Сылтама
Cтавык Д һ.б.Алтын балыкның эволюцион килеп чыгышы һәм өйдә яшәү тарихы (Carassius auratus).PNAS (2020)
Яңалыклар Biomarker Technologies белән соңгы уңышлы очракларны уртаклашу, яңа фәнни казанышлар, өйрәнү вакытында кулланылган күренекле техника.
Пост вакыты: 04-2022 гыйнвар