Геном эволюциясе
табигать
Элемтә
Геном эзлеклелеге глобаль таралу юлларын ачып, диңгез эволюциясендә генетик адаптацияләрне тәкъдим итә
PacBio |Иллумина |Сәлам-С |WGS |Генетик төрлелек |Демографик тарих |Ген агымы
Biomarker Technologies тарафыннан Pacbio эзлеклелеге, геном де ново җыю һәм аннотация хезмәтләре күрсәтелде.
Игътибар
1. 15,5 Мб контиглы югары сыйфатлы хромосома дәрәҗәсендәге диңгез аты (Hippocampus erectus) геномы алынган.
2. Бөтен дөнья буенча 21 диңгез төреннән барлыгы 358 геном реквенцияләнде.
3. Олигоценның соңында эволюцияләнгән диңгез ярлары һәм аннан соң глобаль колонизация маршрутлары ачыклана һәм океан агымнарындагы динамика үзгәрүенә һәм палеотемпораль диңгез ярларына бәйле.
4. Кабатлана торган "сөяк умыртка" адаптацион фенотипның генетик нигезе төп үсеш генындагы мөстәкыйль алмаштыру белән бәйләнгән.
5. Океан агымнары аша рафтинг начар таралуны каплый һәм тиз адаптация яңа яшәү урыннарын колонизацияләүне җиңеләйтә
Уңышлар
358 диңгез үрнәгенең генетик төрлелеге һәм филогенетик бәйләнеше
а22 хромосома аша 21 диңгез атының нуклеотид төрлелеге (π) үрнәкләре булган диңгез ярлары өчен географик сайлау урыннары.b 358 диңгез ярының геном киң SNPлары белән төзелгән күрше агач.(A) һәм филиал фонында урнашу пин символлары бер-берсенә туры килә.
2 нче рәсем. Диңгез ярларының колонизациясе һәм демографик тарихы
аФилогенетик агач һәм 21 диңгез аты өчен аерма вакыты.Филиал сызыгы калынлыгы халык саны сметасына туры килә һәм төсләр төрле нәселләрне күрсәтәләр.I - III символлары калибрлау нокталарын күрсәтә.b - d Диңгез ярларының прогнозланган колонизация маршрутлары (төсле уклар) аерылу вакыты, тарату, вариант вакыйгалары һәм океан агымнары (ак уклар) нигезендә.b oинд-Австралия архипелагы Гиппокампус нәселенең килеп чыгу үзәге булган (кызыл маркировка) диңгез ярлары 18–23 Ma бөтен дөньяга таралганчы һәм таралганчы.c Диңгез ярлары башта Атлантик океанны Тетьян диңгезе аша колонизацияләделәр, ул ябылганнан соң (Терминал вакыйгасы 7–13 Май), бу Тетьян нәселен Indianинд океанының сеңел нәселеннән аерды.Соңгысы, соңыннан гарәп диңгезендә тиз диверсификацияләнде (сары маркировка), диңгез атларын диверсификацияләүнең икенче үзәген булдырдылар.d Атлантик океанның икенче диңгез колонизациясе вакыйгасы Indianинд океаныннан 5Ма чамасы Көньяк Африка очын узып, ахыр чиктә Көнчыгыш Тын океанга якынча Панама диңгезе аша якынча 3,6 Ма килеп җитте.
3 нче рәсем
аКөньяк Атлантик океанда яшәүче төрләр арасында ген агымы ачыкланган.Ген агымы G-PhoCS тарафыннан чыгарылган миграция тизлеге кебек ак сызыклар янында күрсәтелә.Укларның калынлыгы һәм юнәлеше, ген агымының темпларына һәм юнәлешенә туры килә.b PSMC тарафыннан халыкның эффектив күләмендәге үзгәрүләр.X күчәре хәзерге вакытны күрсәтә, ә күчәре халыкның эффектив күләмен күрсәтә.Графиклар, нигездә, төрле тарату өлкәләре булган төрләрнең һәрберсенә географик бүленеш буенча оештырылган.в Соңгы 1 миллион ел эчендә диңгез дәрәҗәсенең үзгәрүе33.Сары сызык соңгы глобаль милләтара иң югары ноктаны күрсәтә, ә циан күләгәсе соңгы мөңге максималь чорны күрсәтә.
4 нче рәсем.
аСул, диңгез ярларында умыртка бәйсез эволюциясен күрсәтүче төрләр агачы.Филиал озынлыгы сайтка алмаштыру санын күрсәтә.Зәңгәрсу төстә дүрт очлы диңгез аты аерылып тора.Калын ботаклар bmp3 ген өчен билгесез-синоним алмашлыкларның (dN / dS) югары темпларына туры килә.Bmp3 ген өчен Canonical һәм гомумиләштерелгән Макдоналд һәм Крейтман тесты (MKT) өч парлы кардәш төр өчен башкарылды, фон төсләре белән аерылып торган, спин булмаган, үзенчәлекле дәрәҗәләре зәңгәр һәм кызыл шрифт белән p кыйммәте белән күрсәтелде.Дөрес, бмп3 протеинындагы аминокислотаны алмаштыру, полиморфик һәм диңгез ярларында тоташ алмаштыру кызыл һәм зәңгәр түгәрәкләр белән күрсәтелә.b dN / dS кыйммәтләрен бмп3да диңгез ярларында чәчмә булмаган төрләр белән чагыштыру.c Филогенетик агачта мөстәкыйль эволюция bmp3 белән кодланган протеин өчен реконструкцияләнгән.d Гиппокампус эректусында bmp3 ситу гибридизациясендә тулы монтаж.
Сылтама
Li C һ.б.Геном эзлеклелеге глобаль таралу юлларын ачып, диңгез эволюциясендә генетик адаптацияләрне тәкъдим итә.Nat Commun.2021 17 февраль; 12 (1): 1094.
Яңалыклар һәм моментлар Biomarker Technologies белән соңгы уңышлы очракларны уртаклашу, яңа фәнни казанышлар, өйрәнү вакытында кулланылган күренекле техника.
Пост вакыты: Ян-06-2022