T2T ГЕНОМ АССМБЛИЯСЕ, ГАП БЕЛӘН ГЕНОМ
1stИке Райс Геномы1
Титул: Сиан / индика өчен ике капкасыз белешмә геномны җыю һәм раслау Райс үсемлек центромеры архитектурасына төшенүләр бирә.
Дой:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Бастырылган вакыт: 2021, 01 гыйнвар.
Институт: Хуазонг авыл хуҗалыгы университеты, Китай
Материаллар
O. sativa xian / indicaдөге сортлары 'Женшан 97 (ZS97)' һәм 'Минхуй 63 (MH63)
Эзләү стратегиясе
NGS укый + HiFi укый + CLR укый + BioNano + Hi-C
Мәгълүмат:
ZS97: 8.34 Gb （~ 23x） HiFi укый + 48.39 Gb (~ 131x) CLR укый + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys күзәнәкләре
MH63: 37.88 Gb (~ 103x) HiFi укый + 48.97 Gb (~ 132x) CLR укый + 28 Gb (~ 76x) NGS + 2 BioNano Irys күзәнәкләре
Рәсем 1 Дөгенең ике бушлыксыз геномы (MH63 һәм ZS97)
2ndБанан Геномы2
Титул: Нанопор эзлеклелеген кулланып, бананның теломердан-теломерга кадәр булмаган хромосомалары
Дой:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Бастырылган вакыт: 2021, 17 апрель.
Институт: Париж-Саклай университеты, Франция
Материаллар
Ике тапкыр гаплоидМуса акуминатаsppмалакенсис(DH-Pahang)
Эзләү стратегиясе һәм мәгълүмат:
HiSeq2500 PE250 режимы + MinION / PromethION (93Gb, ~ 200X) + Оптик карта (DLE-1 + BspQ1)
Таблица 1 Муса акумината (DH-Pahang) геном җыюларын чагыштыру
Рәсем 2 Муса геномнары архитектурасын чагыштыру
3rdPhaeodactylum tricornutum геномы3
Титул: Телемердан-теломерга геном җыюP
haeodactylum tricornutum
Дой:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Бастырылган вакыт: 2021, 04 май
Институт: Көнбатыш университеты, Канада
Материаллар
Phaeodactylum tricornutum(Алга һәм Протозоа CCAP 1055/1 культурасы коллекциясе)
Эзләү стратегиясе һәм мәгълүмат:
1 Оксфорд Нанопор минион агым күзәнәге + 2 × 75 парлы-ахырлы NextSeq 550 йөгерү
Рәсем 3 Телемердан-теломерга геном җыю өчен эш процессы
4thКеше CHM13 геномы4
Титул: Кеше геномының тулы эзлеклелеге
Дой:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Бастырылган вакыт: 2021, 27 май
Институт: Милли сәламәтлек институтлары (NIH), АКШ
Материаллар: CHM13 күзәнәк линиясе
Эзләү стратегиясе һәм мәгълүмат:
30 × PacBio түгәрәк консенсус эзлеклелеге (HiFi), 120 × Оксфорд Нанопор ультра озын уку эзлеклелеге, 100 × Illumina PCR-бушлай эзләү (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano оптик карталары, һәм Strand-seq
Таблица 2 GRCh38 һәм T2T-CHM13 кешенең геном җыелышларын чагыштыру
Сылтама
1. Сергей Нурк һ.б.Кеше геномының тулы эзлеклелеге.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Каролин Бельсер һ.б.Нанопор эзлеклелеген кулланып, бананның теломер-теломер гапсыз хромосомалары.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3. Даниэль Дж. Гигере һ.б.Телеомердан-теломерга Фаодактилум трикорнутумының геном җыю.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Джиа-Мин җыры һ.б.Сянь / индика өчен ике капкасыз белешмә геномны җыю һәм раслау Райс үсемлек центромеры архитектурасына күз сала.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Пост вакыты: Ян-06-2022