Кеше Геномикасы
табигать генетикасы
Озын укылган эзлеклелектә нейрональ интруклея кертү авыруы белән бәйле NOTCH2NLC-та GGC кабатлау киңәюе билгеләнә.
ОНТ реквизинг |Иллумина |Бөтен экзомпания |CRISPR-Cas9 ONT максатчан эзлеклелек |RNA-seq |ОНТ 5МС метиляция чакыруы
Игътибар
1. Зур NIID гаиләсендә бәйләнеш анализы ярдәмендә ике бәйләнгән төбәк билгеләнде.
2.ONT нигезендә озын укылган эзлеклелектә һәм Cas-9 арадашлы баету ONT эзлеклелеге NIIDның потенциаль генетик сәбәбен ачты, GGC 5 ′ UTR NOTCH2NLC.Бу тикшеренү беренче тапкыр сегменталь кабатлау аркасында эволюцияләнгән кешегә хас геннарда кабатлану киңәюе турында хәбәр итте.
3.RNA эзләнүләре башында яки GGC эчендә гадәти булмаган антисенс транскрипцияләрен ачты, NOTCH2NLC.
Фон
Nеврональ күзәнәккә кертү авыруы (NIID) - прогрессив һәм үлемгә китерүче нейродженератив авыру, ул үзәк һәм периферик нерв системаларында эозинофилик гиалин интрануклея кушылуы белән характерлана.Аның бик үзгәрүчән клиник күренеше диагностикада тире биопсигы кертелгәнче зур кыенлыклар тудыра.Ләкин, гистопатологиягә нигезләнгән ысуллар әле дә диагноз белән интегәләр, бу NIIDны генетик аңларга чакыра.
Уңышлар
Бәйләнеш анализы
SЗур NIID гаиләсендә (13 тәэсир ителгән һәм 7 тәэсирсез әгъза) хорт-укылган эзлеклелектә тулы геном эзлеклелеге (WGS) һәм тулы экзом эзлеклелеге (WES) башкарылды.Бу мәгълүматлардан алынган SNP-ларга бәйләнеш анализы ике бәйләнгән төбәкне генә күрсәтте: 3p Mb өлкәсе 1p36.31-p36.22 (максималь LOD = 2.32) һәм 1p22.1-q21.3 (максималь LOD: 4.21) ).Ләкин, бу бәйләнгән төбәкләрдә бернинди патоген SNP яки CNV табылмады.
GGC NOTCH2NLC-та кабатлауны кабатлый
Nанопор нигезендә эзләнүләр 13 гаиләдә һәм 8 гаиләдән 4 тәэсир ителмәгән әгъзаларда эшкәртелде (тагын бер зыян күргән әгъза Пакбио озын укылган эзлекле платформа белән эзләнде.)Озын укылган мәгълүматлар 5 ′ UTR NOTCH2NLC ген картасында 58.1 Мб бәйләнгән төбәктә GGC-ның кабатлану киңәюен ачыкладылар (1 нче рәсем).Бу кабатлау киңәйтүләре RP-PCR тарафыннан сынап каралган 40 спорадик NIID очракларында да ачыкланган.
CНанопор платформасында 9-нчы арадаш максатчан эзлеклелек NOTCH2NLC кабатлауда (100 X-1,795 X) югары уку мөмкинлеген алу өчен кулланылды.Бу консенсус эзлеклелеге GGC-ның кабатлануы турында алдагы нәтиҗәләр белән яхшы килеште.Моннан тыш, {(GGA) n (GGC) n} кабатлаулары зәгыйфьлек-доминант фенотипның потенциаль генетик билгесе итеп билгеләнде (2 нче рәсем).
Рәсем 1. NOTCH2NLC изоформаларының 1-нче экзонында билгеләнгән авыру белән бәйле кабатлау киңәюе.
Рәсем 2. NPTCH2NLC консенсус эзлеклелеге NIID пациентларында (*) яки зәгыйфьлек-доминант фенотипсыз кабатлана
NOTCH2NL геннары - кешегә хас геннар, алар кеше миенең эволюциясендә һәм неврологик авыруларда мөһим роль уйныйлар.Шулай да, 99.1% эзлеклелеге булган өч NOTCH2 бәйләнешле ген (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB һәм NOTCH2NLC) кеше геномының соңгы җыелышына кадәр хәл ителмәде.Синтезсыз һәм нанопор платформасында озын укылган эзлеклелек югары охшашлык өлкәләрен чишүдә зур өстенлекләр күрсәтте һәм (GGC) n кабатлау 100% GC бай.
GGC NOTCH2NLC-та кабатлауны кабатлый
Tранскриптлы эзләнүләр 2 тәэсирле һәм 2 тәэсирсез әгъзада эшкәртелде.Нормальләштерелгән уку тирәнлеге NOTCH2NL паралогларының беренче экзоннарының югары агымында мәгънә һәм антисенс сызыклары буенча исәпләнде.Аномаль антимонополь транскрипцияләр тәэсир ителгән очракларда гына очрый, алар башында яки кабатлану киңәю өлкәсендә утыралар (3 нче рәсемдә F1-14 һәм F1-16).Моннан тыш, 54 DEG ачыкланды һәм барысы да нейрональ функцияләр белән бәйле GO һәм MPO терминнарында баетылды.
Рәсем.
Технология
Оксфорд Нанопор Технологияләре (ОНТ)
Nанопор эзлеклелеге башка эзлекле платформалардан аерылып тора, чөнки нуклеотидлар турыдан-туры ДНК синтезысыз укылалар.Бер катлы ДНК нано размерлы протеин күзәнәкләре аша үткәндә, төрле нуклеотидлар төрле ион агымнарын барлыкка китерәләр, алар кулга алына һәм нигез эзлеклелегенә күчерелә.ONT эзләү платформасы үзе ДНК уку озынлыгында техник чикне күрсәтми.Шуңа күрә, югары сыйфатлы геном җыю өчен Ultra-озын укулар (ULR) бар.Моннан тыш, катлаулы эзлеклелектән яки структур үзгәрештән узар өчен бик озын булган бу бик озын укулар монда кыска укылган эзлеклелек чикләрен җиңәргә булыша.
Нанопор эзлеклелеге
Структураның үзгәрүе (SV) идентификациясе
Sйнтезсыз эзлекле шаблонда ДНК метилизациясе турында мәгълүмат сакланган.Метиляцияләнгән А, Т, С һәм Г метиллашмаганнардан аерылып торган ион агымнарын ясыйлар, аларны турыдан-туры платформа укып була.Нанопор эзлеклелеге бер нуклеотид резолюциясендә 5mC һәм 6mA-ның тулы геном профилен көчәйтә.
Сылтама
Июнь Соне һ.б.ал.Озын укылган эзлеклелектә нейрональ интруклея кертү авыруы белән бәйле NOTCH2NLC-та GGC кабатлау киңәюе билгеләнә.Табигать генетикасы (2019)
Техника һәм моментлар Төрле резина аренасында төрле югары үткәргеч эзләү технологияләренең иң уңышлы кулланылышын, шулай ук эксперименталь дизайнда һәм мәгълүмат казуда якты идеялар белән уртаклашуны максат итеп куя.
Пост вакыты: Ян-06-2022