Транскриптомика
табигать
Элемтә
Хроник лимфоцик лейкозда SF3B1 мутациясенең тулы озынлыктагы транскрипция характеристикасы сакланган интроннарның регрегуляциясен күрсәтә.
Тулы озынлыктагы транскрипцияләр |Нанопор эзлеклелеге |Альтернатив изоформа анализы
Фон
SSF3B1 бүлү факторында оматик мутацияләр төрле яман шеш авырулары, шул исәптән хроник лимфоцик лейкоз (CLL), увел меланомасы, күкрәк рагы һ.б. белән бәйләнештә торулары турында киң таралган, өстәвенә, кыска укылган транскриптомик тикшеренүләр SF3B1 мутацияләре аркасында кискен бүленү формаларын ачыклаган.Ләкин, бу альтернатив бүленү үрнәкләре буенча тикшеренүләр күптән укылган вакыйгалар дәрәҗәсе һәм кыска укылган җыелган транскрипцияләрнең чикләнүе аркасында изоформ дәрәҗәсендә белемнәрнең булмавы белән чикләнде.Монда, нанопор эзлекле платформасы тулы озынлыктагы транскрипцияләр булдыру өчен кертелде, бу AS изоформаларында инверстигацияне көчәйтте.
Эксперименталь дизайн
Тикшеренүләр
Төркемләү:1. CLL-SF3B1 (WT) 2. CLL-SF3B1 (K700E мутациясе);3. Нормаль В-күзәнәкләре
Эзләү стратегиясе:MinION 2D китапханә эзлеклелеге, PromethION 1D китапханә эзлеклелеге;шул ук үрнәкләрдән кыска укылган мәгълүматлар
Эзләү платформасы:ONT MinION;ONT PromethION;
Биоинформатик анализ
Нәтиҗә
А.6 CLL үрнәгеннән һәм 3 В-күзәнәкләреннән барлыгы 257 миллион уку ясалган.Бу укуларның уртача 30,5% тулы озынлыктагы транскрипцияләр дип билгеләнде.
FРНА (FLAIR) озынлыктагы альтернатив изоформ анализы югары ышанычлы изоформалар җыелмасы булдыру өчен эшләнде.ФЛИРны түбәндәгечә гомумиләштереп була:
Nанопор тигезләнүне укый: белешмә геномга нигезләнеп гомуми транскрипция структурасын ачыклау;
Sкисәкчәләрне тоташтыру коррекциясе: эзлекле эзлеклелектә хаталар (кызыл), аннотацияләнгән интроннардан, кыска укылган мәгълүматлардан интроннардан;
Cоллапс: бүленгән чылбырлар нигезендә вәкиллекле изоформаларны гомумиләштерегез (беренче пассажирлар җыелмасы).Ярдәмле укулар саны нигезендә югары ышанычлы изофромны сайлагыз (Бусага: 3).
Рәсем 1. CLLдагы SF3B1 мутациясе белән бәйле тулы ленталы изоформаларны ачыклау өчен FLAIR анализы
FLAIR 326,699 югары ышанычлы бүленгән изоформаларны ачыклады, аларның 90% - роман изоформалары.Бу искәртелмәгән изоформаларның күбесе билгеле сплис джунтларның (142,971) роман комбинациясе булган, калган роман изоформаларында сакланган интрон (21,700) яки роман экзоны (3594) бар.
Long-read эзлеклелеге SF3B1-K700E мутанты изоформ дәрәҗәсендә үзгәртелгән сплит сайтларын ачыкларга ярдәм итә.35 альтернатив 3'SS һәм 10 альтернатив 5'SS SF3B1-K700E һәм SF3B1-WT арасында дифференциаль бүленгәннәр.35 үзгәрешнең 33е күптән укылган эзлеклелектә яңа ачылды.Нанопор мәгълүматларында, SF3B1-K700E үзгәртелгән 3'SS арасындагы каноник сайтларның иң югары дәрәҗәсенә бүленеше -20 ат көче тирәсе, бу контроль таратудан шактый аерылып тора, CLL кыска укылган эзлеклелектә.ERGIC3 генның изоформалары анализланды, монда проксималь бүленеш сайтын үз эченә алган роман изоформасы SF3B1-K700Eда күбрәк булган.Проксималь һәм дисталь 3'С икесе дә төрле изоформалар тудыручы AS үрнәкләре белән бәйләнгәннәр.
Рәсем 2. Нанопорның эзлекле мәгълүматлары белән билгеләнгән альтернатив 3 ′ бүлү үрнәкләре
ИР вакыйгаларын куллану анализы кыска укылган анализда ИР идентификациясенә һәм санына ышаныч аркасында чикләнгән.SF3B1-K700E һәм SF3B1-WT-та ИР изоформаларын чагылдыру нанопор эзлеклелеге нигезендә бәяләнде, SF3B1-K700E-та IR изоформаларының глобаль түбән көйләнешен ачыклады.
Рәсем 4. Авыл хуҗалыгының интенсивлыгы һәм өч игенчелек системасы аша челтәр тоташуы (А һәм В);Урман очраклы анализы (C) һәм авыл хуҗалыгының интенсивлыгы һәм AMF колонизациясе арасындагы бәйләнеш (D)
Рәсем 3. Эчке аренда вакыйгалары CLL SF3B1-K700Eда тагын да көчлерәк көйләнә
Технология
Нанопор Озын укылган эзлеклелек
Nанопор эзлеклелеге - бер молекуланың реаль вакыттагы электр сигналын эзләү технологиясе.
Dике катлы ДНК яки РНК биофильмга салынган нанопорозлы протеинга бәйләнәчәк һәм мотор протеины астында калмый.
DNA / RNA полосалары нанопор канал протеины аша көчәнеш аермасы тәэсирендә билгеле тизлектә узалар.
Mолекулалар химик төзелеш буенча төрле электр сигналлары ясыйлар.
RЭлектрон вакытны ачыклау төп шалтырату ярдәмендә ирешелә.
Тулы озынлыктагы транскриптом эзлеклелеге
√ Мәгълүмат туендыру
Чагыштырма мәгълүмат туендыру өчен 7 тапкыр азрак уку кирәк.
Cript Транскрипция структурасын ачыклау
Eachәр транскрипцияне тулы озынлыктагы консенсус белән төрле структур вариантларны ачыклау
√ Транскрипция дәрәҗәсендәге дифференциаль анализ - shortзгәрешләрне кыска укулар белән киңәйтегез
Сылтама
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV һ.б.Хроник лимфоцик лейкозда SF3B1 мутациясенең тулы озынлыктагы транскрипция характеристикасы сакланган интроннарның регрегуляциясен күрсәтә [J].Табигать элемтәләре.
Техника һәм моментлар Төрле резина аренасында төрле югары үткәргеч эзләү технологияләренең иң уңышлы кулланылышын, шулай ук эксперименталь дизайнда һәм мәгълүмат казуда якты идеялар белән уртаклашуны максат итеп куя.
Пост вакыты: 08-2022 гыйнвар