Метагеномик эзләү (NGS)
Хезмәтнең өстенлекләре
ØМикробиаль җәмгыять профиле өчен изоляция һәм культурасыз
ØЭкологик үрнәкләрдә аз муллык төрләрен ачыклауда югары резолюция
Ø"Мета-" идеясы барлык биологик үзенчәлекләрне функциональ дәрәҗәдә, төрләр дәрәҗәсендә һәм ген дәрәҗәсендә берләштерә, бу чынбарлыкка якынрак динамик күренешне чагылдыра.
ØBMK 10,000 үрнәк эшкәртелгән төрле үрнәк төрләрендә зур тәҗрибә туплый.
Хезмәт күрсәтү үзенчәлекләре
| ЭзләүПлатформа | Китапханә | Тәкъдим ителгән мәгълүмат бирү | Фаразланган әйләнү вакыты |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50К / 100К / 300К Тэглар | 30 көн |
Биоинформатика анализы
üЧимал мәгълүматларының сыйфатын контрольдә тоту
üМетагеном җыю
üКирәк булмаган ген җыелмасы һәм аннотация
üТөрлелек анализы
üГенетик функция төрлелеген анализлау
üТөркемара анализ
üЭксперименталь факторларга каршы ассоциация анализы
Requрнәк таләпләр һәм тапшыру
Requirрнәк таләпләр:
ӨченДНК экстрактлары:
| Ampleрнәк төре | Күләм | Концентрация | Чисталык |
| ДНК экстрактлары | ＞ 30 нг | Ng 1 ng / μl | OD260 / 280 = 1,6-2.5 |
Экологик үрнәкләр өчен:
| Ampleрнәк төре | Тәкъдим ителгән сайлау процедурасы |
| Туфрак | Сайлау күләме: якынча.5 г;Калган матдәләрне өслектән чыгарырга кирәк;Зур кисәкләрне тарттырыгыз һәм 2 мм фильтр аша узыгыз;Алтикот үрнәкләре стериль EP-трубада яки резервация өчен циротубта. |
| Зәңгәрлек | Сайлау күләме: якынча.5 г;Резервация өчен стериль EP-трубада яки криотубта үрнәкләр җыеп аликот. |
| Эчәк эчтәлеге | Samрнәкләрне асептик шартларда эшкәртергә кирәк.Collectedыелган тукыманы ПБС белән юыгыз;ПБСны центрифугага салыгыз һәм EP-трубаларда явым-төшем туплагыз. |
| Чүп | Сайлау күләме: якынча.5 г;Резервация өчен стериль EP-трубада яки криотубта балчык үрнәген җыеп аликот |
| Су кешесе | Чикләнгән су, кое суы һ.б кебек чикләнгән микробиаль үрнәк өчен ким дигәндә 1 Л су җыеп, мембранада микробиаль баету өчен 0,22 мм фильтр аша узыгыз.Мембрананы стериль трубада саклагыз. |
| Тере | Тере өслеген стериль мамык яки хирургик пычак белән яхшылап кырыгыз һәм аны стериль трубага урнаштырыгыз. |
Тәкъдим ителгән үрнәк китерү
Сыек азоттагы үрнәкләрне 3-4 сәгатькә туңдырыгыз һәм сыек азотта яки -80 градуска озак саклагыз.Коры боз белән үрнәк җибәрү кирәк.
Хезмәт эше
Ampleрнәк китерү
Китапханә төзелеше
Эзләү
Мәгълүмат анализы
Сатудан соң хезмәтләр
1.Хистограмма: төрләрне бүлү
2.Функциональ геннар KEGG метаболик юлларына аңлатма бирәләр
3. atылылык картасы: чагыштырмача ген муллыгына нигезләнгән дифференциаль функцияләр
4. КАРТ антибиотик каршылык геннары цирклары
BMK Case
Антибиотик каршылыклы геннарның һәм бактерияле патогеннарның туфрак-мангровк тамыры дәвамында таралуы
Басылган:Хәвефле материаллар журналы, 2021
Эзләү стратегиясе:
Материаллар: мангровой тамырының дүрт фрагментының ДНК экстрактлары: утыртылмаган туфрак, ризосфера, эпизод һәм эндосфера бүлекчәләре.
Платформа: Illumina HiSeq 2500
Максатлар: Метагеном
16S rRNA ген V3-V4 өлкәсе
Төп нәтиҗәләр
Антибиотик каршылык геннарының (ARG) туфрактан үсемлекләргә таралуын өйрәнү өчен, метагеномик эзлеклелектә һәм мангровка үсентеләренең туфрак тамырында өзлексез метабаркодлау профиле эшкәртелде.Метагеномик мәгълүматлар ачыклаганча, антибиотикларга каршы торучы геннарның 91,4% гадәттә югарыда телгә алынган дүрт туфрак бүлмәләрендә ачыкланган, алар өзлексез мода күрсәтәләр.16S rRNA ампликон эзлеклелеге 29285 эзлеклелек тудырды, бу 346 төрне күрсәтә.Ампликон эзлеклелеге белән төрләнгән профильләр белән берләшеп, бу тарату тамыр белән бәйле микробиотадан бәйсез дип табылды, ләкин бу генетик элементларның мобиль ярдәмендә җиңеләйтелә ала.Бу тикшеренү туфрак-тамыр өзлексезлеге аша туфрактан үсемлекләргә ARG һәм патогеннар агымын ачыклады.
Сылтама
Ван, С., Ху, Р., Көчле, PJ, Чжуанг, В., һәм Шу, Л.(2020).Антибиотик каршылыклы геннарның һәм бактерияле патогеннарның туфрак буенда таралуы - мангровк тамыры.Хәвефле материаллар журналы, 408, 124985.
