Озын кодсыз эзләү - Иллумина
Хезмәтнең өстенлекләре
ØХезмәтнең өстенлекләре
ØКәрәзле һәм тукымаларга хас
ØАерым этап динамик белдерү үзгәрүен белдерә һәм тәкъдим итә
ØВакыт һәм киңлекне күрсәтүнең төгәл үрнәкләре
ØMRNA мәгълүматлары белән уртак анализ.
ØBMKCloud нигезендә нәтиҗәләр китерү: платформада махсуслаштырылган мәгълүмат казу.
ØСатудан соң хезмәтләр проект тәмамланганнан соң 3 ай дәвам итә
Requрнәк таләпләр һәм тапшыру
Requirрнәк таләпләр:
Нуклеотидлар:
Кисем: Авырлык (коры): ≥1 г.
* 5 мг-дан кечерәк тукымалар өчен без флэш туңдырылган (сыек азотта) тукымалар үрнәген җибәрергә киңәш итәбез.
Күзәнәкне туктату: Күзәнәкләр саны = 3 × 107
* Без туңдырылган күзәнәк лизатын җибәрергә киңәш итәбез.Бу күзәнәк 5 × 10 дан кечерәк саналган очракта5, сыек азотта туңдырылган флэш тәкъдим ителә.
Кан үрнәкләре:
PA × geneBloodRNATube;
6mLTRIzol һәм 2mL кан (TRIzol: Кан = 3: 1)
Тәкъдим ителгән үрнәк китерү
Контейнер: 2 мл центрифуга трубасы (Калай фольгасы тәкъдим ителми)
Labрнәк маркировкасы: Төркем + кабатлау, мәсәлән, A1, A2, A3;В1, В2, В3 ... ...
Җибәрү:
1. Коры боз: plesрнәкләрне капчыкларга тутырырга һәм коры бозга күмергә кирәк.
3.РНА тотрыклы трубалар: РНК үрнәкләрен РНК стабилизация трубасында киптерергә мөмкин (мәсәлән, RNAstable®) һәм бүлмә температурасында җибәрергә.
Хезмәт эше
Эксперимент дизайны
Ampleрнәк китерү
РНК чыгару
Китапханә төзелеше
Эзләү
Мәгълүмат анализы
Сатудан соң хезмәтләр
Биоинформатика
 |
 |
1.LncRNA классификациясе
Aboveгарыдагы дүрт программа белән алдан әйтелгән LncRNA 4 категориягә бүленде: lincRNA, анти-мәгънә-LncRNA, интроник-LncRNA;мәгънә-LncRNA.LncRNA классификациясе түбәндәге гистограммада күрсәтелде.
LncRNA классификациясе
2. DE-lncRNA баету анализының максатчан геннары
ClusterProfiler биологик процесслар, молекуляр функцияләр һәм кәрәзле компонентлар ягыннан дифференциаль рәвештә күрсәтелгән lncRNA (DE-lncRNA) cis-максатлы геннарда GO баету анализында кулланылды.GO баету анализы - бөтен геном белән чагыштырганда, DEG юнәлешендәге шактый баетылган GO терминнарын ачыклау процессы.Бәйләнгән терминнар гистограммада, күпер схемасында һ.б.
DE-lncRNA баету анализының Cis-максатлы геннары -Бабль диаграммасы
BMK Case
Тычканның үпкәсе аденокарциномасында KRAS - G12D мутациясе һәм P53 ноктасы белән дерегуляцияләнгән lncRNA экспрессия профиле.
Басылган:Кәрәзле һәм молекуляр медицина журналы ，2019
Эзләү стратегиясе
Иллумина
Collectionрнәк җыю
Билгеле вируслы инфекциянең 6-нчы көнендә NONMMUT015812-KP (shRNA-2) күзәнәкләре һәм тискәре контроль (sh-Scr) күзәнәкләре алынган.
Төп нәтиҗәләр
Бу тикшерү тычканның үпкәсе аденокарциномасында P53 ноктасы һәм KrasG12D мутациясе белән ачыкланган lncRNAларны тикшерә.
1.6424 lncRNAs дифференциаль рәвештә күрсәтелде (fold 2 тапкыр үзгәрү, П <0.05).
2. Барлык 210 lncRNA (FC≥8) арасында, 11 lncRNAs экспрессиясе P53, 33 lncRNAs KRAS һәм 13 lncRNAs төп KP күзәнәкләрендә гипоксия белән көйләнде.
3. Кәрәзле функциясен анализлау өчен тычканның үпкәсе аденокарциномасында искиткеч көйләнгән һәм P53 ре-экспрессиясе белән тискәре көйләнгән NONMMUT015812 табылды.
4. ShRNA-лар белән NONMMUT015812-ны бәрү KP күзәнәкләренең таралу һәм миграция сәләтен киметте.NONMMUT015812 потенциаль онкоген иде.
 NONMMUT015812-KP күзәнәкләрендә дифференциаль рәвештә күрсәтелгән геннарга KEGG юл анализы |  Ген Онтология NONMMUT015812-KP күзәнәкләрендә дифференциаль рәвештә күрсәтелгән геннарга анализ |
Сылтама
Тычканның үпкәсе аденокарциномасында KRAS - G12D мутациясе һәм P53 ноктасы [J] белән дерегуляцияләнгән lncRNA экспрессия профиле.Кәрәзле һәм молекуляр медицина журналы, 2019, 23 (10).DOI ： 10.1111 / jcmm.14584
