Spesifik Lokus Güçlendirilmiş Parça Sıralaması (SLAF-Seq)
Hizmet Detayları
Teknik Şema
İş akışı
Hizmet Avantajları
Yüksek işaretleyici keşif verimliliği- Yüksek verimli sıralama teknolojisi, SLAF-Seq'in tüm genom içindeki yüz binlerce etiketi keşfetmesine yardımcı olur.
Genoma düşük bağımlılık- Referans genomu olan veya olmayan türlere uygulanabilir.
Esnek şema tasarımı- Tek enzim, çift enzim, çoklu enzim sindirimi ve çeşitli enzim türleri, hepsi farklı araştırma hedeflerini veya türlerini karşılamak için seçilebilir.Optimum enzim tasarımını sağlamak için silico'da ön değerlendirme kullanılır.
Verimli enzimatik sindirim- Koşulları optimize etmek için ön deney yapıldı, bu da resmi deneyi istikrarlı ve güvenilir kılıyor.Parça toplama verimliliği %95'in üzerine çıkabilir.
Eşit olarak dağıtılmış SLAF etiketleri- SLAF etiketleri tüm kromozomlara büyük ölçüde eşit olarak dağıtılarak 4 kb başına ortalama 1 SLAF elde edilir.
Tekrarlardan etkili bir şekilde kaçınma- SLAF-Seq verilerinde tekrarlayan dizi, özellikle buğday, mısır vb. gibi tekrar düzeyi yüksek olan türlerde %5'in altına düşürülür.
Kapsamlı deneyim-Bitkileri, memelileri, kuşları, böcekleri, su organizmalarını vb. kapsayan yüzlerce türe ilişkin 2000'den fazla kapalı SLAF-Seq projesi.
Kendi geliştirdiği biyoenformatik iş akışı- Nihai çıktının güvenilirliğini ve doğruluğunu sağlamak amacıyla BMKGENE tarafından SLAF-Seq için entegre bir biyoinformatik iş akışı geliştirildi.
Hizmet Özellikleri
| platformu | Kons.(ng/gl) | Toplam (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Cilt>15μl) | 1.6-2.5 |
Önerilen Sıralama Stratejisi
Sıralama derinliği: 10X/Tag
| Genom Boyutu | Önerilen SLAF Etiketleri |
| < 500 Mb | 100K veya WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 bin |
| 1 Gb -2 Gb | 200 bin |
| Dev veya karmaşık genomlar | 300 - 400K |
| Uygulamalar
| Tavsiye edilen Nüfus Ölçeği
| Sıralama stratejisi ve derinliği
| |
| Derinlik
| Etiket numarası
| ||
| GWAS
| Örnek sayısı ≥ 200
| 10X
|
Buna göre genom boyutu
|
| Genetik Evrim
| Her birinin bireyleri alt grup ≥ 10; toplam numuneler ≥ 30
| 10X
| |
Önerilen Numune Teslimatı
Kap: 2 ml santrifüj tüpü
Çoğu numunenin etanolde muhafaza edilmemesini öneririz.
Numune etiketleme: Numunelerin açıkça etiketlenmesi ve gönderilen numune bilgi formuyla aynı olması gerekir.
Sevkiyat: Kuru buz: Numunelerin önce torbalara paketlenmesi ve kuru buza gömülmesi gerekir.
Hizmet İş Akışı
Örnek kalite kontrol
Pilot deney
SLAF deneyi
Kütüphane Hazırlığı
Sıralama
Veri analizi
Satış Sonrası Hizmetler
1. Harita sonucunun istatistikleri
2. SLAF işaretleyici geliştirme
3. Varyasyon açıklaması
| Yıl | Günlük | IF | Başlık | Uygulamalar |
| 2022 | Doğa iletişimi | 17.694 | Ağaç şakayıklarının giga kromozomları ve giga genomunun genomik temeli Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Yeni Fitolog | 7.433 | Evcilleştirme ayak izleri, tarımsal öneme sahip genomik bölgelerin temelini oluşturur. soya fasulyesi | SLAF-GWAS |
| 2022 | İleri Araştırma Dergisi | 12.822 | Gossypium barbadense'nin G. hirsutum'a genom çapında yapay girişi Pamuk lifi kalitesinin ve veriminin eş zamanlı olarak iyileştirilmesi için üstün konumları ortaya çıkarın özellikler | SLAF-Evrimsel genetik |
| 2019 | Moleküler Bitki | 10.81 | Popülasyon Genomik Analizi ve De Novo Toplantısı Weedy'nin Kökenini Ortaya Çıkarıyor Evrimsel Bir Oyun Olarak Pirinç | SLAF-Evrimsel genetik |
| 2019 | Doğa Genetiği | 31.616 | Sazan balığı Cyprinus carpio'nun genom dizisi ve genetik çeşitliliği | SLAF-Bağlantı haritası |
| 2014 | Doğa Genetiği | 25.455 | Yetiştirilen yer fıstığının genomu baklagil karyotipleri, poliploid hakkında bilgi sağlar Evrim ve mahsulün evcilleştirilmesi. | SLAF-Bağlantı haritası |
| 2022 | Bitki Biyoteknolojisi Dergisi | 9.803 | ST1'in tanımlanması, tohum morfolojisinin otostopla yapılmasını içeren bir seçimi ortaya koyuyor soya fasulyesinin evcilleştirilmesi sırasında yağ içeriği | SLAF-Marker geliştirme |
| 2022 | Uluslararası Moleküler Bilimler Dergisi | 6.208 | Buğday-Leymus mollis 2Ns (2D) için Tanımlama ve DNA Marker Geliştirilmesi Disomik Kromozom Değişimi | SLAF-Marker geliştirme |
