Ürünler

Prokaryotik RNA dizilimi

Prokaryotik RNA dizilimi, değişen hücresel transkriptomu analiz ederek belirli bir anda RNA'nın varlığını ve miktarını ortaya çıkarmak için yeni nesil dizilemeyi (NGS) kullanır.Şirketimizin prokaryotik RNA dizilimi, özellikle referans genomlara sahip prokaryotları hedefleyerek size transkriptom profili oluşturma, gen yapısı analizi vb. sağlar. Temel bilim araştırmalarında, ilaç araştırmalarında ve geliştirmelerinde ve daha fazlasında yaygın olarak uygulanmıştır.

Platform: Illumina NovaSeq Platformu

Bize Ulaşın

Hizmet Detayları

Hizmet Özellikleri

Platform: Illumina NovaSeq platformu, PE150

Kütüphane tipi: 350bp insert cDNA kütüphanesi (tepe dağılımına bağlıdır)

Sıralama stratejisi: Eşleştirilmiş Uç 150 bp

Önerilen veri miktarı: 2 Gb ham veri/örnek

Biyoenformatik

(1) Sıralama veri kalitesi kontrolü: Nükleotid dağılımı, Baz kalite dağılımı, rRNA oranı değerlendirmesi;

(2) Dizi hizalama analizi: Hizalama sonucu istatistikleri, Dizilemenin doygunluğu, Dizilemenin kapsamı;

(3) Referans genom açıklaması (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) İfade analizi: İfade dağılımı (İki veya daha fazla örnekle), Örnekler arasındaki ifadenin analizi (Venn analizi, Korelasyon analizi, PCA analizi);

(5) Diferansiyel ifade analizi (İki veya daha fazla örnekle);

(6) Gen seti analizi: Venn analizi, Küme analizi, Fonksiyon açıklama analizi (COG, GO, KEGG), Fonksiyon zenginleştirme analizi (GO, KEGG), Fonksiyon zenginleştirme akor grafiği, Ipath analizi;

(7) sRNA analizi: sRNA tahmini, sRNA açıklaması (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA ikincil yapı tahmini, sRNA hedef gen tahmini;

(8) Transkript yapı analizi: Operon analizi, Transkripsiyon başlangıç ve bitiş bölgeleri tahmini, UTR açıklaması ve analizi, Promoter dizi tahmini, SNP/InDel analizi (SNP/InDel açıklaması, SNP/InDel bölgesel dağılımı, SNP istatistikleri).