-
Tek çekirdekli RNA Sıralaması
Tek hücre yakalama ve bireysel kütüphane oluşturma tekniğindeki ilerleme, yüksek verimli sıralamayla birleşerek hücre bazında gen ekspresyonu çalışmalarına olanak tanır.Tüm hücrelerin ortalamasını alarak heterojenliklerinin maskelenmesini büyük ölçüde önleyen karmaşık hücre popülasyonları üzerinde daha derin ve eksiksiz bir sistem analizi sağlar.
Bununla birlikte, bazı hücreler tek hücreli süspansiyon haline getirilmeye uygun değildir, bu nedenle diğer örnek hazırlama yöntemlerine (dokulardan çekirdek ekstraksiyonu) ihtiyaç vardır, yani çekirdek doğrudan dokulardan veya hücreden ekstrakte edilir ve tek hücreli hücre süspansiyonu halinde hazırlanır. hücre dizilimi.
BMK, 10x Genomics ChromiumTM tabanlı tek hücreli RNA dizileme hizmeti sağlar.Bu hizmet, bağışıklık hücresi farklılaşması, tümör heterojenliği, doku gelişimi vb. gibi hastalıkla ilgili çalışmalar üzerine yapılan çalışmalarda yaygın olarak kullanılmaktadır.
Uzamsal transkriptom çipi: 10× Genomik
Platform: Illumina NovaSeq Platformu
-
BMKMANU S1000 Uzaysal Transkriptom
Uzamsal transkriptomik, bilimsel yeniliğin ön saflarında yer almakta ve araştırmacılara, uzamsal bağlamlarını korurken dokulardaki karmaşık gen ekspresyon modellerini derinlemesine inceleme olanağı vermektedir.BMKGene, çeşitli platformlar arasında BMKManu S1000 Uzaysal Transkriptom Çipini geliştirdi.gelişmiş çözünürlük5μM, hücre altı aralığa ulaşıyor ve mümkün kılıyorçok seviyeli çözünürlük ayarları.Yaklaşık 2 milyon nokta içeren S1000 çipi, uzamsal olarak barkodlu yakalama probları ile yüklenmiş boncuklarla katmanlı mikro kuyucuklar kullanır.S1000 çipinden uzaysal barkodlarla zenginleştirilmiş bir cDNA kütüphanesi hazırlanır ve ardından Illumina NovaSeq platformunda dizilenir.Uzamsal olarak barkodlu numunelerin ve UMI'lerin kombinasyonu, oluşturulan verilerin doğruluğunu ve spesifikliğini sağlar.BMKManu S1000 çipinin benzersiz özelliği, farklı dokulara ve ayrıntı düzeylerine göre hassas şekilde ayarlanabilen çok düzeyli çözünürlük ayarları sunan çok yönlülüğünde yatmaktadır.Bu uyarlanabilirlik, çipi çeşitli uzamsal transkriptomik çalışmalar için olağanüstü bir seçim olarak konumlandırıyor ve minimum gürültüyle hassas uzamsal kümeleme sağlıyor.
BMKManu S1000 çipini ve diğer uzamsal transkriptomik teknolojilerini kullanarak araştırmacılar, hücrelerin uzamsal organizasyonunu ve dokularda meydana gelen karmaşık moleküler etkileşimleri daha iyi anlayabilir ve bu da dahil olmak üzere çok çeşitli alanlarda biyolojik süreçlerin altında yatan mekanizmalar hakkında paha biçilmez bilgiler sağlayabilir. onkoloji, sinir bilimi, gelişimsel biyoloji, immünoloji ve botanik çalışmalar.
Platform: BMKManu S1000 çipi ve Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Uzaysal Transkriptomu
Uzamsal transkriptomik, araştırmacıların dokulardaki gen ifade modellerini, uzamsal bağlamlarını korurken araştırmalarına olanak tanıyan son teknoloji bir teknolojidir.Bu alandaki güçlü platformlardan biri, Illumina dizilimi ile birleştirilmiş 10x Genomics Visium'dur.10X Visium'un prensibi, doku bölümlerinin yerleştirildiği belirlenmiş bir yakalama alanına sahip özel bir çip üzerinde yatmaktadır.Bu yakalama alanı, her biri doku içinde benzersiz bir uzamsal konuma karşılık gelen barkodlu noktalar içerir.Dokudan yakalanan RNA molekülleri daha sonra ters transkripsiyon işlemi sırasında benzersiz moleküler tanımlayıcılarla (UMI'ler) etiketlenir.Bu barkodlu noktalar ve UMI'ler, tek hücreli bir çözünürlükte gen ifadesinin hassas uzamsal haritalanmasına ve niceliğinin belirlenmesine olanak tanır.Uzamsal olarak barkodlu numunelerin ve UMI'lerin kombinasyonu, oluşturulan verilerin doğruluğunu ve spesifikliğini sağlar.Bu Uzamsal Transkriptomik teknolojisini kullanarak araştırmacılar, hücrelerin uzamsal organizasyonu ve dokular içinde meydana gelen karmaşık moleküler etkileşimler hakkında daha derin bir anlayış kazanabilir ve onkoloji, sinir bilimi, gelişim biyolojisi, immünoloji dahil olmak üzere birçok alanda biyolojik süreçlerin altında yatan mekanizmalar hakkında paha biçilmez bilgiler sunabilir. ve botanik çalışmaları.
Platform: 10X Genomics Visium ve Illumina NovaSeq
-
Tam Uzunlukta mRNA Sıralaması-Nanogözenek
NGS bazlı mRNA dizilimi, gen ekspresyonu ölçümü için çok yönlü bir araç olarak hizmet ederken, kısa okumalara olan güveni, karmaşık transkriptomik analizlerdeki etkinliğini kısıtlıyor.Nanopore dizileme ise uzun okuma teknolojisini kullanarak tam uzunluktaki mRNA transkriptlerinin dizilenmesine olanak tanır.Bu yaklaşım, alternatif birleştirme, gen füzyonları, poli-adenilasyon ve mRNA izoformlarının miktarının kapsamlı bir şekilde araştırılmasını kolaylaştırır.
Nano gözenek dizilimi, nano gözenekli tek moleküllü gerçek zamanlı elektrik sinyallerine dayanır.Motor proteinleri tarafından yönlendirilen çift sarmallı DNA, bir biyofilm içine gömülü nano gözenekli proteinlere bağlanır ve bir voltaj farkı altında nano gözenekli kanaldan geçerken çözülür.DNA zincirindeki farklı bazlar tarafından üretilen ayırt edici elektrik sinyalleri, gerçek zamanlı olarak tespit edilip sınıflandırılarak doğru ve sürekli nükleotid dizilimi kolaylaştırılır.Bu yenilikçi yaklaşım, kısa okuma sınırlamalarının üstesinden gelir ve karmaşık genomik analizler için dinamik bir platform sağlar ve karmaşık transkriptomik çalışmaları içerir.
Platform: Nanopore Promethion P48
-
Tam uzunlukta mRNA dizilimi -PacBio
NGS tabanlı mRNA dizilimi, gen ekspresyonunun niceliğini belirlemek için çok yönlü bir araç olsa da, kısa okumalara dayanması, karmaşık transkriptomik analizlerde kullanımını kısıtlamaktadır.Öte yandan PacBio dizilimi (Iso-Seq), uzun okuma teknolojisini kullanarak tam uzunlukta mRNA transkriptlerinin dizilenmesine olanak tanır.Bu yaklaşım, gerekli yüksek miktarda veri nedeniyle gen ekspresyonu ölçümü için birincil seçim olmasa da alternatif birleştirme, gen füzyonları ve poli-adenilasyonun kapsamlı bir şekilde araştırılmasını kolaylaştırır.
PacBio sekanslama teknolojisi, tek moleküllü, gerçek zamanlı (SMRT) sekanslamaya dayanır ve tam uzunlukta mRNA transkriptlerinin yakalanmasında belirgin bir avantaj sağlar.Bu yenilikçi yaklaşım, sekanslama sırasında DNA polimeraz aktivitesinin gerçek zamanlı gözlemlenmesini sağlayan mikrofabrik kuyucuklar olan sıfır modlu dalga kılavuzlarının (ZMW'ler) kullanımını içerir.Bu ZMW'lerin içinde PacBio'nun DNA polimerazı, tamamlayıcı bir DNA zincirini sentezleyerek mRNA transkriptlerinin tamamını kapsayan uzun okumalar üretir.Dairesel Konsensüs sıralama (CCS) modundaki PacBio işlemi, aynı molekülü tekrar tekrar dizileyerek doğruluğu artırır.Oluşturulan HiFi okumaları, NGS ile karşılaştırılabilir bir doğruluğa sahiptir ve ayrıca karmaşık transkriptomik özelliklerin kapsamlı ve güvenilir bir analizine katkıda bulunur.Platform: PacBio Devam II
-
Ökaryotik mRNA Sıralaması-Illumina
mRNA dizilimi, belirli koşullar altında hücreler içindeki tüm mRNA transkriptlerinin kapsamlı profilinin çıkarılmasını sağlar.Bu son teknoloji, karmaşık gen ekspresyon profillerini, gen yapılarını ve çeşitli biyolojik süreçlerle ilişkili moleküler mekanizmaları açığa çıkaran güçlü bir araç görevi görüyor.Temel araştırmalarda, klinik teşhislerde ve ilaç geliştirmede yaygın olarak benimsenen mRNA dizilimi, hücresel dinamikler ve genetik düzenlemenin inceliklerine dair içgörüler sunar.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Referans Olmayan mRNA Sıralaması-Illumina
mRNA dizilimi, belirli koşullar altında hücreler içindeki tüm mRNA transkriptlerinin kapsamlı profilinin çıkarılmasını sağlar.Bu son teknoloji, karmaşık gen ekspresyon profillerini, gen yapılarını ve çeşitli biyolojik süreçlerle ilişkili moleküler mekanizmaları açığa çıkaran güçlü bir araç görevi görüyor.Temel araştırmalarda, klinik teşhislerde ve ilaç geliştirmede yaygın olarak benimsenen mRNA dizilimi, hücresel dinamikler ve genetik düzenlemenin inceliklerine dair içgörüler sunar.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Uzun kodlamayan sıralama-Illumina
Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar), minimum kodlama potansiyeline sahip olan ve kodlamayan RNA içindeki önemli unsurlar olan 200 nükleotitten daha uzun RNA'lardır.Çekirdekte ve sitoplazmada bulunan bu RNA'lar, epigenetik, transkripsiyonel ve transkripsiyon sonrası düzenlemede önemli roller oynar ve hücresel ve moleküler süreçleri şekillendirmedeki öneminin altını çizer.LncRNA dizilimi Hücre farklılaşması, Ontogenez ve İnsan hastalıklarında güçlü bir araçtır.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Küçük RNA dizilimi-Illumina
Tipik olarak uzunluğu 200 nükleotidin altında olan küçük RNA (sRNA) molekülleri arasında mikroRNA'lar (miRNA'lar), küçük girişim yapan RNA'lar (siRNA'lar) ve piwi ile etkileşime giren RNA'lar (piRNA'lar) bulunur.Bunlar arasında, yaklaşık 20-24 nükleotid uzunluğundaki miRNA'lar, çeşitli hücresel süreçlerdeki önemli düzenleyici rolleri nedeniyle özellikle dikkate değerdir.Dokuya özgü ve aşamaya özgü ifade modelleriyle miRNA'lar, farklı türler arasında yüksek koruma sergiler.
Platform: Illumina NovaSeq
-
circRNA dizilimi-Illumina
Dairesel RNA dizilimi (circRNA-seq), kanonik olmayan birleştirme olayları nedeniyle kapalı döngüler oluşturan bir RNA molekülü sınıfı olan dairesel RNA'ların profilini çıkarmak ve analiz etmek ve bu RNA'lara daha fazla stabilite kazandırmaktır.Bazı circRNA'ların mikroRNA süngerleri gibi davrandığı, mikroRNA'ları ayırdığı ve hedef mRNA'larını düzenlemelerini önlediği gösterilmiş olsa da, diğer circRNA'lar proteinlerle etkileşime girebilir, gen ekspresyonunu modüle edebilir veya hücresel süreçlerde rol oynayabilir.circRNA ekspresyon analizi, bu moleküllerin düzenleyici rolleri ve bunların çeşitli hücresel süreçler, gelişim aşamaları ve hastalık koşullarındaki önemi hakkında bilgi sağlar ve gen ekspresyonu bağlamında RNA düzenlemesinin karmaşıklığının daha derin anlaşılmasına katkıda bulunur.
-
Tam transkriptom dizilimi - Illumina
Tam transkriptom dizilimi, hem kodlayıcı (mRNA) hem de kodlayıcı olmayan RNA'ları (lncRNA, circRNA ve miRNA) kapsayan çeşitli RNA moleküllerinin profilini çıkarmak için kapsamlı bir yaklaşım sunar.Bu teknik, belirli bir anda belirli hücrelerin tam transkriptomunu yakalayarak hücresel süreçlerin bütünsel bir şekilde anlaşılmasına olanak tanır."Toplam RNA dizilimi" olarak da bilinen bu yöntem, transkriptom seviyesindeki karmaşık düzenleyici ağları ortaya çıkarmayı, rakip endojen RNA (ceRNA) ve ortak RNA analizi gibi derinlemesine analizleri mümkün kılmayı amaçlamaktadır.Bu, özellikle circRNA-miRNA-mRNA bazlı ceRNA etkileşimlerini içeren düzenleyici ağların çözülmesinde, fonksiyonel karakterizasyona doğru ilk adımı işaret eder.
-
Prokaryotik mRNA dizilimi
mRNA dizilimi, belirli koşullar altında hücreler içindeki tüm mRNA transkriptlerinin kapsamlı profilinin çıkarılmasını sağlar.Bu son teknoloji, karmaşık gen ekspresyon profillerini, gen yapılarını ve çeşitli biyolojik süreçlerle ilişkili moleküler mekanizmaları açığa çıkaran güçlü bir araç görevi görüyor.Temel araştırmalarda, klinik teşhislerde ve ilaç geliştirmede yaygın olarak benimsenen mRNA dizilimi, hücresel dinamikler ve genetik düzenlemenin inceliklerine dair içgörüler sunar.Prokaryotik mRNA örnek işlememiz, rRNA tükenmesi ve yönlü kütüphane hazırlığını içeren prokaryotik transkriptomlar için özel olarak tasarlanmıştır.
Platform: Illumina NovaSeq X
