-
Kromatin İmmünopresipitasyon Sıralaması (ChIP-seq)
ChIP-Seq, histon modifikasyonu, transkripsiyon faktörleri ve diğer DNA ile ilişkili proteinler için DNA hedeflerinin genom çapında profilini sağlar.Spesifik protein-DNA komplekslerini kurtarmak için kromatin immünopresipitasyonunun (ChIP) seçiciliğini, geri kazanılan DNA'nın yüksek verimli dizilimi için yeni nesil dizilemenin (NGS) gücüyle birleştirir.Ayrıca protein-DNA kompleksleri canlı hücrelerden elde edildiği için bağlanma bölgeleri farklı hücre tipleri ve dokularda veya farklı koşullar altında karşılaştırılabilir.Uygulamalar, transkripsiyonel düzenlemeden gelişimsel yollara, hastalık mekanizmalarına ve ötesine kadar uzanır.
Platform: Illumina NovaSeq Platformu
-
Metagenomik Dizileme -NGS
Metagenom, çevresel metagenom, insan metagenomu vb. gibi karışık bir organizma topluluğunun toplam genetik materyalinin bir koleksiyonunu ifade eder. Hem yetiştirilebilen hem de yetiştirilemeyen mikroorganizmaların genomlarını içerir.Metagenomik dizileme, çevresel örneklerden elde edilen karışık genomik materyalleri analiz etmek için kullanılan, tür çeşitliliği ve bolluğu, popülasyon yapısı, filogenetik ilişki, fonksiyonel genler ve çevresel faktörlerle korelasyon ağı hakkında ayrıntılı bilgi sağlayan moleküler bir araçtır.
Platform:Illumina NovaSeq Platformu
-
Metagenomik Sıralama-Nanopor
Metagenomik, çevresel örneklerden elde edilen karışık genomik materyalleri analiz etmek için kullanılan ve tür çeşitliliği ve bolluğu, popülasyon yapısı, filogenetik ilişki, fonksiyonel genler ve çevresel faktörlerle korelasyon ağı vb. konularda ayrıntılı bilgi sağlayan moleküler bir araçtır. Nanopore dizileme platformları yakın zamanda piyasaya sürülmüştür. metagenomik çalışmalaraOkuma uzunluğundaki olağanüstü performansı, özellikle metagenom derlemesi olmak üzere aşağı akış metagenomik analizini büyük ölçüde geliştirdi.Okuma uzunluğunun avantajlarından yararlanan Nanopore tabanlı metagenomik çalışma, av tüfeği metagenomiklerine kıyasla daha sürekli bir birleştirme elde edebiliyor.Nanopore bazlı metagenomiklerin mikrobiyomlardan tam ve kapalı bakteri genomlarını başarıyla ürettiği yayınlanmıştır (Moss, EL, ve diğerleri,Doğa Biyoteknolojisi, 2020)
Platform:Nanopore PromethION P48
-
Tüm genom bisülfit dizilimi
Sitozindeki beşinci pozisyondaki (5-mC) DNA metilasyonunun, gen ekspresyonu ve hücresel aktivite üzerinde temel bir etkisi vardır.Anormal metilasyon modelleri kanser gibi çeşitli durum ve hastalıklarla ilişkilendirilmiştir.WGBS, tek baz çözünürlüğünde genom çapında metilasyonu incelemek için altın standart haline geldi.
Platform: Illumina NovaSeq Platformu
-
Yüksek Verimli Sıralamayla Transpozazla Erişilebilir Kromatin Testi (ATAC-seq)
ATAC-seq, gen ifadesinin küresel epigenetik kontrolü için önemli olan genom çapında kromatin erişilebilirliğinin analizine yönelik yüksek verimli bir sıralama yöntemidir.Sıralama adaptörleri, hiperaktif Tn5 transpozaz tarafından açık kromatin bölgelerine yerleştirilir.PCR amplifikasyonundan sonra bir sıralama kütüphanesi oluşturulur.Tüm açık kromatin bölgeleri, yalnızca bir transkripsiyon faktörünün bağlanma bölgeleriyle veya belirli bir histonla değiştirilmiş bölgeyle sınırlı olmamak üzere, belirli bir uzay-zaman koşulu altında elde edilebilir.
-
16S/18S/ITS Amplikon Sıralaması-PacBio
16S ve 18S rRNA'daki hem yüksek düzeyde korunmuş hem de aşırı değişken bölgeleri içeren alt birim, prokaryotik ve ökaryotik organizmaların tanımlanması için mükemmel bir moleküler parmak izidir.Sıralamanın avantajından yararlanılarak bu amplikonlar, korunan kısımlara dayalı olarak hedeflenebilir ve hiper-değişken bölgeler, mikrobiyal çeşitlilik analizi, taksonomi, filogeni vb. kapsayan çalışmalara katkıda bulunarak mikrobiyal tanımlama için tamamen karakterize edilebilir. Tek moleküllü gerçek zamanlı (SMRT) PacBio platformunun ) dizilimi, tam uzunluktaki amplikonları (yaklaşık 1,5 Kb) kapsayabilen yüksek doğrulukta uzun okumaların elde edilmesini sağlar.Genetik alanın genişleyen görünümü, bakteri veya mantar topluluğundaki tür açıklamalarındaki çözünürlüğü büyük ölçüde arttırdı.
Platform:PacBio Devam II
-
16S/18S/ITS Amplikon Sıralaması-NGS
16S/18S/ITS amplikon dizilimi, hem yüksek derecede karşılıklı hem de aşırı değişken parçalar içeren temizlik genetik belirteçlerinin PCR ürünlerini araştırarak bir mikrobiyal topluluktaki filogeniyi, taksonomiyi ve tür bolluğunu ortaya çıkarmayı amaçlamaktadır.Bu mükemmel moleküler parmak izinin Woeses ve diğerleri (1977) tarafından tanıtılması, izolasyon gerektirmeyen mikrobiyom profillemeyi güçlendirir.16S (bakteri), 18S (mantar) ve Dahili kopyalanmış aralayıcının (ITS, mantarlar) sekanslanması, hem bol bulunan türlerin hem de nadir ve tanımlanamayan türlerin tanımlanmasına olanak tanır.Bu teknoloji, insan ağzı, bağırsaklar, dışkı vb. gibi çeşitli ortamlardaki farklı mikrobiyal kompozisyonun tanımlanmasında yaygın olarak uygulanan ve önemli bir araç haline gelmiştir.
Platform:Illumina NovaSeq Platformu
-
Bakteriyel ve Mantarsal Tüm Genomun Yeniden Sıralanması
Bakteriyel ve fungal tüm genomun yeniden dizilenmesi, bilinen bakteri ve mantarların genomlarını tamamlamak, aynı zamanda birden fazla genomu karşılaştırmak veya yeni organizmaların genomlarını haritalamak için kritik bir araçtır.Doğru referans genomların oluşturulabilmesi, mikrobiyal tanımlama ve diğer karşılaştırmalı genom çalışmalarının yapılabilmesi için bakteri ve mantar genomlarının tamamının dizilenmesi büyük önem taşımaktadır.
Platform:Illumina NovaSeq Platformu
-
PacBio-Tam uzunlukta 16S/18S/ITS Amplikon Sıralaması
Amplicon (16S/18S/ITS) platformu, standartlaştırılmış temel analiz ve kişiselleştirilmiş analiz içeren mikrobiyal çeşitlilik proje analizinde uzun yıllara dayanan deneyimle geliştirilmiştir: temel analiz, mevcut mikrobiyal araştırmaların ana akım analiz içeriğini kapsar, analiz içeriği zengin ve kapsamlıdır, ve analiz sonuçları proje raporları halinde sunulur;Kişiselleştirilmiş analizin içeriği çeşitlidir.Kişiselleştirilmiş gereksinimleri gerçekleştirmek için numuneler seçilebilir ve parametreler temel analiz raporuna ve araştırma amacına göre esnek bir şekilde ayarlanabilir.Windows işletim sistemi, basit ve hızlı.
-
PacBio-Tam uzunlukta Transkriptom (Referans Olmayan)
Pacific Biosciences (PacBio) İzoform sıralama verilerini girdi olarak alan bu Uygulama, tam uzunluktaki transkript dizilerini (derleme olmadan) tanımlayabilir.Tam uzunluktaki dizilerin referans genoma göre haritalanmasıyla, transkriptler bilinen genler, transkriptler, kodlama bölgeleri vb. ile optimize edilebilir. Bu durumda, alternatif birleştirme vb. gibi mRNA yapılarının daha doğru tanımlanması elde edilebilir.NGS transkriptom dizileme verileriyle ortak analiz, transkript düzeyinde ifadede daha kapsamlı açıklama ve daha doğru nicelik belirlemeye olanak tanır; bu, aşağı yöndeki diferansiyel ifadeye ve fonksiyonel analize büyük ölçüde fayda sağlar.
-
Azaltılmış Temsil Bisülfit Sıralaması (RRBS)
DNA metilasyonu araştırması, hastalık araştırmalarında her zaman sıcak bir konu olmuştur ve gen ifadesi ve fenotipik özelliklerle yakından ilişkilidir.RRBS, DNA metilasyon araştırması için doğru, etkili ve ekonomik bir yöntemdir.Bisülfit dizilimi ile birlikte promotör ve CpG ada bölgelerinin enzimatik bölünme (Msp I) yoluyla zenginleştirilmesi, yüksek çözünürlüklü DNA metilasyon tespiti sağlar.
Platform: Illumina NovaSeq Platformu
-
Prokaryotik mRNA dizilimi
mRNA dizilimi, belirli koşullar altında hücreler içindeki tüm mRNA transkriptlerinin kapsamlı profilinin çıkarılmasını sağlar.Bu son teknoloji, karmaşık gen ekspresyon profillerini, gen yapılarını ve çeşitli biyolojik süreçlerle ilişkili moleküler mekanizmaları açığa çıkaran güçlü bir araç görevi görüyor.Temel araştırmalarda, klinik teşhislerde ve ilaç geliştirmede yaygın olarak benimsenen mRNA dizilimi, hücresel dinamikler ve genetik düzenlemenin inceliklerine dair içgörüler sunar.Prokaryotik mRNA örnek işlememiz, rRNA tükenmesi ve yönlü kütüphane hazırlığını içeren prokaryotik transkriptomlar için özel olarak tasarlanmıştır.
Platform: Illumina NovaSeq X
