Bitki/Hayvan Bütün Genom Dizilemesi
1.Hizmet Avantajları
1000'den fazla türün genom dizilenmesinde kapsamlı deneyim.
Kümülatif etki faktörü 4000'in üzerinde olan 800'den fazla yayınlanmış vaka.
Varyasyon çağrısı ve fonksiyon analizine ilişkin kapsamlı biyoinformatik analiz.
2. Hizmet Özellikleri
| platformu | Kütüphane | Önerilen sıra derinliği | |
| Illumina | PE 150 | SNP için InDel araması ≥ 10x SV, CNY araması için ≥ 30x
| |
| Nanogözenek
| 8 kb | SV için, CNY araması ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | SNP, InDel, SV, CNY aramaları için ≥ 10x |
3. Örnek Gereksinimler
| platformu | Kons.(ng/μL)
| Tutar (ng)
| Saflık
| Agaroz jel
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Ana bandı sıfır veya sınırlı olarak temizleyinjelde bozulma gözlendi. 2. RNA veya protein kontaminasyonu yok veya sınırlı
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanogözenek
| ≥30 | Veri verimine bağlıdır 10μg/hücre | 1.7-2.2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1.8-2.5 | ||
4. Biyobilgi Analizi
5. Hizmet İş Akışı
Numune teslimatı
DNA ekstraksiyonu
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Veri teslimi
1) Genom Haritalama İstatistikleri
Tablo 1 Haritalama sonucunun istatistikleri
Şekil 1 Insert boyutunun ve okuma kapsamının dağılımı.
2) Değişken Tespiti
Şekil 2 Örnekler arasında SNP/INDEL/SV istatistikleri ve açıklamaları
Şekil 3 Değişikliklerin genom çapında dağılımı
3) Varyasyonların işlevsel açıklaması
| 2019 | Doğa iletişimi | Tüm genomun yeniden dizilenmesi, Brassica napus kökenini ve iyileştirilmesinde rol oynayan genetik lokusları ortaya koyuyor |
| 2020 | PNAS | Japon balığının (Carassius auratus) evrimsel kökeni ve evcilleştirilme tarihi |
| 2021 | Bitki Biyoteknolojisi Dergisi | Yetiştirilen iki jüt türünün referans genomları |
| 2021 | Bitki Biyoteknolojisi Dergisi | Bitkisel ve yağlı tohum allopoliploid Brassicajuncea'nın genomik imzaları ve glukozinolatların birikimini kontrol eden genetik lokuslar |
| 2019 | Moleküler Bitki | Dünya çapındaki kolza tohumu koleksiyonunun tüm genom yeniden dizilenmesi, ekotip farklılıklarının genetik temelini ortaya koyuyor |
| 2022 | Bahçıvanlık Araştırması | Genom çapında ilişkilendirme analizi, karpuz çekirdeği boyutunun doğal çeşitliliğine ilişkin moleküler bilgiler sağlar |
| 2021 | Deneysel Botanik Dergisi | Genom çapında ilişkilendirme çalışması, pamuğa soğuğa tolerans kazandıran GhSAD1 varyantlarını tanımlıyor |
| 2021 | Deneysel Botanik Dergisi | Genom çapında ilişkilendirme çalışması ve transkriptom karşılaştırması, kolza tohumunda taç yaprağı boyutunu kontrol eden yeni QTL ve aday genleri ortaya koyuyor |
