Bitki/Hayvan De Novo Genom Dizilemesi
Hizmet Avantajları
Dizileme platformlarının ve biyoenformatiklerin geliştirilmesiyenigenom derlemesi
(Amarasinghe SL ve diğerleri,Genom Biyolojisi, 2020)
● İlgi konusu türler için yeni genomlar oluşturmak ve mevcut referans genomları geliştirmek.
● Montajda daha yüksek doğruluk, süreklilik ve tamlık
● Dizi polimorfizmi, QTL'ler, gen düzenleme, üreme vb. konulardaki araştırmalar için temel kaynağın oluşturulması.
● Üçüncü nesil dizileme platformlarının tam yelpazesiyle donatılmıştır: tek noktadan genom birleştirme çözümü
● Farklı özelliklere sahip çeşitli genomları karşılayan esnek sıralama ve birleştirme stratejileri
● Poliploidler, dev genomlar vb. dahil olmak üzere karmaşık genom düzeneklerinde büyük deneyime sahip yüksek vasıflı biyoinformatik ekibi.
● Toplam yayınlanmış etki faktörü 900'ün üzerinde olan 100'ün üzerinde başarılı vaka
● Kromozom seviyesinde genom birleşimi için geri dönüş süresi 3 ay kadar kısadır.
● Hem deneysel hem de biyoenformatik alanında bir dizi patent ve yazılım telif hakkıyla sağlam teknik destek.
Hizmet Özellikleri
|
İçerik
|
platformu
|
Okuma Uzunluğu
|
Kapsam
|
| Genom Araştırması
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genom Sıralaması
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi Okuma
| ≥ 30X
|
| Merhaba-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
İş akışı
Numune Gereksinimleri ve Teslimat
Örnek Gereksinimler:
| Türler | Doku | PacBio için | Nano gözenek için |
| Hayvanlar | İç organlar (karaciğer, dalak vb.) | ≥ 1,0 gr | ≥ 3,5 gr |
| Kas | ≥ 1,5 gr | ≥ 5,0 gr | |
| Memelilerin kanı | ≥ 1,5 mL | ≥ 5,0 mL | |
| Balık veya kuş kanı | ≥ 0,2 mL | ≥ 0,5 mL | |
| Bitkiler | Taze yapraklar | ≥ 1,5 gr | ≥ 5,0 gr |
| Petal veya kök | ≥ 3,5 gr | ≥ 10,0 gr | |
| Kökler veya tohumlar | ≥ 7,0 gr | ≥ 20,0 gr | |
| Hücreler | Hücre kültürü | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Önerilen Numune Teslimatı
Kap: 2 ml santrifüj tüpü (Kalay folyo tavsiye edilmez)
Çoğu numunenin etanolde muhafaza edilmemesini öneririz.
Numune etiketleme: Numunelerin açıkça etiketlenmesi ve gönderilen numune bilgi formuyla aynı olması gerekir.
Sevkiyat: Kuru buz: Numunelerin önce torbalara paketlenmesi ve kuru buza gömülmesi gerekir.
Hizmet İş Akışı
Deney tasarımı
Numune teslimatı
DNA ekstraksiyonu
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
*Burada gösterilen demo sonuçlarının tümü Biomarker Technologies ile yayınlanan genomlardan alınmıştır.
1.Kromozom seviyesinde genom birleşimine ilişkin sirklerG. rotundifoliumNanopore sıralama platformu tarafından
Wang M ve diğerleri,Moleküler Biyoloji ve Evrim, 2021
2. Weining çavdar genomunun toplanması ve ek açıklamasının istatistikleri
Li G ve diğerleri,Doğa Genetiği, 2021
3. Gen tahminiSechium edulegenom, üç tahmin yönteminden türetilmiştir:De novotahmin, Homoloji bazlı tahmin ve RNA-Sıra veri bazlı tahmin
Fu A ve diğerleri,Bahçıvanlık Araştırması, 2021
4. Üç pamuk genomunda sağlam uzun terminal tekrarlarının tanımlanması
Wang M ve diğerleri,Moleküler Biyoloji ve Evrim, 2021
5. Hi-C ısı haritasıC. acuminatagenom çapında tüm etkileşimleri gösteren genom.Hi-C etkileşimlerinin yoğunluğu, bitişikler arasındaki doğrusal mesafeyle orantılıdır.Bu ısı haritasındaki temiz bir düz çizgi, kromozomlardaki bitişiklerin oldukça doğru bir şekilde sabitlendiğini gösterir.(Bitişik sabitleme oranı: %96,03)
kang M ve diğerleri,Doğa İletişimi,2021
BMK Davası
Yüksek kaliteli bir genom derlemesi, çavdarın genomik özelliklerini ve tarımsal açıdan önemli genleri vurgular
Yayınlanan: Doğa Genetiği, 2021
Sıralama stratejisi:
Genom derlemesi: 20 kb kitaplığa sahip PacBio CLR modu (497 Gb, yaklaşık 63×)
Dizi düzeltmesi: Illumina platformunda 270 bp DNA kitaplığına (430 Gb, yaklaşık 54×) sahip NGS
Contigs sabitleme: Illumina platformunda Hi-C kitaplığı (560 Gb, yaklaşık 71×)
Optik harita: (779,55 Gb, yaklaşık 99×) Bionano Irys'te
Temel sonuçlar
1.Weining çavdar genomunun bir derlemesi, toplam genom boyutu 7,74 Gb (akış sitometrisine göre tahmini genom boyutunun %98,74'ü) olacak şekilde yayınlandı.Bu düzeneğin N50 iskelesi 1,04 Gb'ye ulaştı.Devamlıların %93,67'si 7 sahte kromozoma başarıyla sabitlendi.Bu montaj bağlantı haritası, LAI ve BUSCO tarafından değerlendirildi ve bu da tüm değerlendirmelerde yüksek puanlarla sonuçlandı.
2.Bu genom temel alınarak karşılaştırmalı genomik, genetik bağlantı haritası, transkriptomik çalışmalar yapıldı.Genom çapında gen kopyaları ve bunların nişasta biyosentezi genleri üzerindeki etkileri dahil olmak üzere genomik özelliklerle ilgili bir dizi özellik ortaya çıkarıldı;karmaşık prolamin lokuslarının fiziksel organizasyonu, erken yönlenme özelliğinin altında yatan gen ekspresyon özellikleri ve çavdardaki varsayılan evcilleştirmeyle ilişkili kromozomal bölgeler ve lokuslar.
 Weining çavdar genomunun genomik özelliklerine ilişkin Circos diyagramı |  Çavdar genomunun evrimsel ve kromozom sentezi analizleri |
Li, G., Wang, L., Yang, J.ve ark.Yüksek kaliteli bir genom derlemesi, çavdarın genomik özelliklerini ve tarımsal açıdan önemli genleri vurgular.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
