GENOM EVRİMİ
Genom De novo
Montaj|Cinsiyet tespiti Tüm dizileme çalışmaları ve kısmi biyoenformatik hizmetleri Biomarker Techonologies tarafından sağlandı.
Soyut
“Deniz ejderlerinin ikonik fenotipi, yaprak benzeri uzantıları, dişsiz boru şeklindeki ağzı ve döllenmiş yumurtaların açık bir "kuluçka alanı" üzerinde kuluçkalanmasını içeren erkek hamileliğini içerir.Yaygın deniz ejderinin (Phyllopteryx taeniolatus) ve onunla yakından ilişkili olan timsah pipefish'in (Syngnathoides biaculeatus) erkek ve dişi genomlarını yeni baştan sıraladık.Evrimsel bir yenilik olan yaprak benzeri uzantılardan elde edilen transkripsiyon profilleri, yüzgeç gelişiminde tipik olarak yer alan bir dizi genin birlikte seçildiğini ve ayrıca potansiyel doku onarımı ve bağışıklık savunma genleri için transkriptlerin zenginleştirildiğini göstermektedir.Tüm syngnathidlerde kaybolan scpp5 için zebra balığı mutantlarında faringeal dişlerin eksik olduğu veya deforme olduğu bulundu; bu da scpp5 kaybının syngnathidlerde diş kaybına katkıda bulunduğu hipotezini desteklemektedir.Yaygın deniz ejderi ve timsah pipefish tarafından paylaşılan, erkeğe özgü bir amhr2y genini kodlayan varsayılan bir cinsiyet belirleyici lokus tanımlandı. ”
Malzemeler ve yöntemler:
Malzemeler
Fortak deniz ejderimiz (P. taeniolatus) ve iki timsah pipefish (S. biaculeatus) örnekler.Tüm genom dizilimi için iki ortak deniz ejderi (bir erkek ve bir dişi) ve iki timsah pipefish (bir erkek ve bir dişi) bireyi kullanıldı ve genom yeniden dizilimi için diğer iki erkek ortak deniz ejderi bireyi kullanıldı.
Genom Sıralama stratejisi
270/350 bp kitaplık (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) veya Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000) dizilimi ve genom yeniden dizilimi için diğer iki erkek ortak deniz ejderi bireyi kullanıldı.
Transkriptom Sıralaması
Fveya deniz ejderi, beyin, göz, solungaç, karaciğer, kalp, böbrek, mezenter, bağırsak, kas, yüzgeç, deri, yaprak benzeri uzantılar, testis ve yumurtalık toplandı.
Genom de novo birleştirme stratejisi
Canu (Düzeltme) + WTDBG2 (Montaj) + Pilon(Lehçe) + Lachesis (Hi-C).
Ana sonuçlar
Şekil 1. Deniz ejderinin (P. taeniolatus) ve timsah pipefish'in (S. biaculeatus) temel özellikleri ve filogenetik konumları.
Şekil 2. Deniz ejderindeki (P. taeniolatus) yaprak benzeri uzantıların morfolojisi ve genetik yapısı.
Şekil 3. Deniz ejderinde (P. taeniolatus) ve timsah pipefish'te (S. biaculeatus) varsayılan cinsiyet belirleme geni.
Şekil 4. Zebra balığı scpp5 homozigot mutantlarında faringeal diş fenotipleri.
Gönderim zamanı: Ocak-08-2022