Haberler

Transposable element (TE) amplifikasyonu, genom boyutunun genişlemesine ve evrimine aracılık eden itici bir güç olarak kabul edildi, ancak 3D genomik mimariyi şekillendirmenin sonuçları, bitkilerde büyük ölçüde bilinmiyor.Burada, genom büyüklüğü üç kat değişen üç pamuk türü için referans dereceli genom düzeneklerini rapor ediyoruz;Gossypium rotundifolium(K2),G. ağaç bahçesi(A2) veG. raimondii(D5), Oxford Nanopore Teknolojileri kullanılarak.Karşılaştırmalı genom analizleri, büyük genom boyutu farklılıklarına (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb) katkıda bulunan soya özgü TE amplifikasyonunun ayrıntılarını belgelemekte ve genomlar arasındaki nispeten korunmuş gen içeriğini ve sentez ilişkilerini göstermektedir.Sentenik genlerin yaklaşık %17'sinin aktif (“A”) ve aktif olmayan (“B”) bölmeler arasında kromatin durum değişikliği gösterdiğini ve TE amplifikasyonunun gen bölgelerindeki A bölmesi oranının artmasıyla ilişkili olduğunu bulduk (~ 7.000 gen) ) D5'e göre K2 ve A2'de.Üç genom arasında topolojik olarak ilişkili alan (TAD) sınırlarının yalnızca %42'si korunmuştur.Verilerimiz, soya özgü TAD sınırlarının oluşumunu takiben TE'lerin son amplifikasyonunu içermektedir.Bu çalışma, bitkilerde yüksek dereceli kromatin yapısının evriminde transpozon aracılı genom genişlemesinin rolüne ışık tutuyor.