Özellikle büyük ölçekli popülasyonda yüksek verimli genotipleme, fonksiyonel gen keşfi, evrimsel analiz vb. için genetik temel sağlayan genetik ilişkilendirme çalışmalarında temel bir adımdır. Derin tüm genomun yeniden dizilenmesi yerine, azaltılmış temsilli genom dizilimi (RRGS) ), genetik işaretleyici keşfinde makul verimliliği korurken, numune başına sıralama maliyetini en aza indirmek için tanıtıldı.Bu genellikle, azaltılmış gösterim kitaplığı (RRL) olarak adlandırılan, belirli boyut aralığında kısıtlama parçasının çıkarılmasıyla elde edilir.Spesifik lokusla güçlendirilmiş parça dizilimi (SLAF-Seq), büyük popülasyonların de novo SNP keşfi ve SNP genotiplemesi için kendi geliştirdiği bir stratejidir.
Teknik iş akışı
SLAF ve Mevcut RRL yöntemleri
SLAF'ın avantajları
Daha yüksek genetik işaretleyici keşif verimliliği– Yüksek verimli sıralama teknolojisiyle birleştirilen SLAF-Seq, referans genomu olsun ya da olmasın, çeşitli araştırma projelerinin taleplerini yerine getirmek için tüm genom içinde keşfedilen yüz binlerce etiketi elde edebilir.
Özelleştirilmiş ve Esnek deney tasarımı– Farklı araştırma hedefi veya türler için, tek enzimli, ikili enzimli ve çoklu enzimli sindirim dahil olmak üzere farklı enzimatik sindirim stratejileri mevcuttur.Optimum enzim tasarımını sağlamak için sindirim stratejisi silico'da önceden değerlendirilecektir.
Enzimatik sindirimde yüksek verimlilik– Önceden tasarlanmış enzimatik sindirim, SLAF'ların kromozom üzerinde daha eşit şekilde dağılmasını sağlar.Parça toplama verimliliği %95'in üzerine çıkabilir.
Tekrarlanan dizilerden kaçının– SLAF-Seq verilerinde tekrarlayan dizi yüzdesi, özellikle buğday, mısır vb. gibi yüksek seviyede tekrarlayan elementlere sahip türlerde %5'in altına düşürülür.
Kendi geliştirdiği biyoenformatik iş akışı– BMK, nihai çıktının güvenilirliğini ve doğruluğunu sağlamak için SLAF-Seq teknolojisine uygulanabilen entegre bir biyoinformatik iş akışı geliştirdi.
SLAF Uygulaması
Genetik bağlantı haritası
Yüksek yoğunluklu genetik harita yapımı ve Krizantem (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)'daki çiçek tipi özellikleri kontrol eden lokusların tanımlanması
Dergi: Bahçe Bitkileri Araştırması Yayınlanma Tarihi: 2020.7
GWAS
Genom çapında birleşme ve bağlantı haritalaması kullanılarak soya fasulyesi tohumlarındaki izofavon içeriğiyle ilişkili aday genin tanımlanması
Dergi: Bitki Dergisi Yayınlanma Tarihi: 2020.08
Evrimsel Genetik
Popülasyon genomik analizi ve yeni derleme, yabani otlu pirincin kökenini evrimsel bir oyun olarak ortaya koyuyor
Dergi: Moleküler Bitki Yayınlanma Tarihi: 2019.5
Toplu Segregant Analizi (BSA)
Bir sülfotransferazı kodlayan GmST1, soya fasulyesi mozaik virüsü G2 ve G3 türlerine karşı direnç kazandırır
Dergi: Plant, Cell&Environment Yayınlanma: 2021.04
Referans
Sun X, Liu D, Zhang X ve diğerleri.SLAF-Seq: yüksek verimli dizilemeyi [J] kullanarak büyük ölçekli de novo SNP keşfi ve genotiplemenin etkili bir yöntemi.Plos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K ve diğerleri.Yüksek yoğunluklu genetik harita yapımı ve Krizantem'de (Krizantem × morifolium Ramat.) Çiçek tipi özellikleri kontrol eden lokusların tanımlanması.Hortik Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X ve diğerleri.Genom çapında birleşme ve bağlantı haritalaması kullanılarak soya fasulyesi tohumlarındaki izoflavon içeriğiyle ilişkili aday genin tanımlanması.Bitki J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, ve diğerleri.Nüfus Genomik Analizi ve De Novo Toplantısı, Weedy Rice'ın Evrimsel Bir Oyun Olarak Kökenini Ortaya Çıkarıyor.Mol Fabrikası.2019;12(5):632-647.Mol Fabrikası.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z ve diğerleri.Bir sülfotransferazı kodlayan GmST1, soya fasulyesi mozaik virüsü G2 ve G3 türlerine karşı direnç kazandırır.Bitki Hücresi Ortamı.2021;10.1111/pce.14066
Gönderim zamanı: Ocak-04-2022