Metagenomik Sıralama-Nanopor
Hizmet Avantajları
● Yüksek kaliteli birleştirme - Tür tanımlama ve işlevsel gen tahmininin doğruluğunu artıran
● Kapalı bakteriyel genom izolasyonu
● Patojenik mikroorganizmaların veya antibiyotik direnciyle ilgili genlerin tespiti gibi çeşitli alanlarda daha güçlü ve güvenilir uygulama
● Karşılaştırmalı metagenom analizi
Hizmet Özellikleri
| platformu | Sıralama | Önerilen veriler | Geri Dönüş Süresi |
| Nanogözenek | ONT | 6G/10G | 65 iş günü |
Biyoinformatik analizler
● Ham veri kalite kontrolü
● Metagenom derlemesi
● Yedeksiz gen seti ve açıklama
● Tür çeşitliliği analizi
● Genetik fonksiyon çeşitliliği analizi
● Gruplar arası analiz
● Deneysel faktörlere karşı ilişki analizi
Numune Gereksinimleri ve Teslimat
Numune gereksinimleri ve teslimat
Örnek Gereksinimler:
İçinDNA ekstraktları:
| Örnek tip | Miktar | Konsantrasyon | Saflık |
| DNA ekstraktları | 1-1,5 µg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Çevresel numuneler için:
| Örnek tip | Önerilen numune alma prosedürü |
| Toprak | Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Kalan solmuş maddenin yüzeyden uzaklaştırılması gerekir;Büyük parçaları öğütün ve 2 mm'lik filtreden geçirin;Rezervasyon için steril EP tüpü veya sirotüp içindeki örnekler. |
| Dışkı | Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Numuneleri rezervasyon için steril EP tüpü veya kriyotüpte toplayın ve bölün. |
| Bağırsak içeriği | Numunelerin aseptik koşullar altında işlenmesi gerekir.Toplanan dokuyu PBS ile yıkayın;PBS'yi santrifüj edin ve çökelticiyi EP tüplerinde toplayın. |
| Çamur | Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Rezervasyon için çamur numunesini steril EP tüpünde veya kriyotüpte toplayın ve bölün. |
| Su kütlesi | Musluk suyu, kuyu suyu vb. gibi sınırlı miktarda mikrobiyal içeren numuneler için, en az 1 L su toplayın ve membrandaki mikrobiyal zenginleştirmeyi sağlamak için 0,22 μm filtreden geçirin.Membranı steril tüpte saklayın. |
| Deri | Steril pamuklu çubuk veya cerrahi bıçakla cilt yüzeyini dikkatlice kazıyın ve steril tüpe yerleştirin. |
Önerilen Numune Teslimatı
Numuneleri 3-4 saat boyunca sıvı nitrojende dondurun ve uzun süreli rezervasyon için sıvı nitrojende veya -80 derecede saklayın.Kuru buzla numune gönderimi gereklidir.
Hizmet İş Akışı
Numune teslimatı
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
1.Isı Haritası: Tür zenginliği kümelenmesi
2. KEGG metabolik yollarına eklenen fonksiyonel genler
3. Tür korelasyon ağı
4. CARD antibiyotik direnç genlerinin sirkleri
BMK Davası
Nanopore metagenomik bakteriyel alt solunum yolu enfeksiyonunun hızlı klinik teşhisini sağlar
Yayınlanan:Doğa Biyoteknolojisi, 2019
Teknik Öne Çıkanlar
Sıralama: Nanopore Minion
Klinik metagenomik biyoinformatik: Konakçı DNA tükenmesi, WIMP ve ARMA analizi
Hızlı tespit: 6 saat
Yüksek hassasiyet: %96,6
Temel sonuçlar
2006 yılında alt solunum yolu enfeksiyonu (LR) dünya çapında 3 milyon insanın ölümüne neden oldu.LR1 patojen tespitine yönelik tipik yöntem, duyarlılığı zayıf, geri dönüş süresi uzun olan ve erken antibiyotik tedavisinde rehberlik eksikliği olan ekimdir.Hızlı ve doğru bir mikrobiyal teşhis uzun zamandır acil bir ihtiyaç olmuştur.East Anglia Üniversitesi'nden Dr. Justin ve ortakları, patojen tespiti için Nanopore bazlı metagenomik yöntemi başarıyla geliştirdi.İş akışlarına göre konak DNA'sının %99,99'u tükenebilir.Patojenlerin ve antibiyotiğe dirençli genlerin tespiti 6 saatte tamamlanabiliyor.
Referans
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydın, A. , & O'Grady, J. .(2019).Nanopore metagenomik bakteriyel alt solunum yolu enfeksiyonunun hızlı klinik teşhisini sağlar.Doğa Biyoteknolojisi, 37(7), 1.
