Metagenomik Dizileme -NGS
Hizmet Avantajları
● Mikrobiyal topluluk profili oluşturma için izolasyon ve ekim gerektirmeyen
● Çevresel örneklerde az miktarda bulunan türlerin tespitinde yüksek çözünürlük
● “Meta-” fikri işlevsel düzeyde, tür düzeyinde ve gen düzeyinde tüm biyolojik özellikleri bir araya getirerek gerçeğe daha yakın, dinamik bir bakış açısı yansıtmaktadır.
● BMK, işlenen 10.000'den fazla numuneyle çeşitli numune türlerinde muazzam bir deneyime sahiptir.
Hizmet Özellikleri
| platformu | Sıralama | Önerilen veriler | Geri dönüş süresi |
| Illumina NovaSeq Platformu | PE150 | 6G/10G/20G | 45 iş günü |
Biyoinformatik analizler
● Ham veri kalite kontrolü
● Metagenom derlemesi
● Yedeksiz gen seti ve açıklama
● Tür çeşitliliği analizi
● Genetik fonksiyon çeşitliliği analizi
● Gruplar arası analiz
● Deneysel faktörlere karşı ilişki analizi
Numune Gereksinimleri ve Teslimat
Örnek Gereksinimler:
İçinDNA ekstraktları:
| Örnek tip | Miktar | Konsantrasyon | Saflık |
| DNA ekstraktları | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Çevresel numuneler için:
| Örnek tip | Önerilen numune alma prosedürü |
| Toprak | Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Kalan solmuş maddenin yüzeyden uzaklaştırılması gerekir;Büyük parçaları öğütün ve 2 mm'lik filtreden geçirin;Rezervasyon için steril EP tüpü veya sirotüp içindeki örnekler. |
| Dışkı | Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Numuneleri rezervasyon için steril EP tüpü veya kriyotüpte toplayın ve bölün. |
| Bağırsak içeriği | Numunelerin aseptik koşullar altında işlenmesi gerekir.Toplanan dokuyu PBS ile yıkayın;PBS'yi santrifüj edin ve çökelticiyi EP tüplerinde toplayın. |
| Çamur | Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Rezervasyon için çamur numunesini steril EP tüpünde veya kriyotüpte toplayın ve bölün. |
| Su kütlesi | Musluk suyu, kuyu suyu vb. gibi sınırlı miktarda mikrobiyal içeren numuneler için, en az 1 L su toplayın ve membrandaki mikrobiyal zenginleştirmeyi sağlamak için 0,22 μm filtreden geçirin.Membranı steril tüpte saklayın. |
| Deri | Steril pamuklu çubuk veya cerrahi bıçakla cilt yüzeyini dikkatlice kazıyın ve steril tüpe yerleştirin. |
Önerilen Numune Teslimatı
Numuneleri 3-4 saat boyunca sıvı nitrojende dondurun ve uzun süreli rezervasyon için sıvı nitrojende veya -80 derecede saklayın.Kuru buzla numune gönderimi gereklidir.
Hizmet İş Akışı
Numune teslimatı
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
1.Histogram: Tür dağılımı
2. KEGG metabolik yollarına eklenen fonksiyonel genler
3. Isı haritası: Göreceli gen bolluğuna dayalı diferansiyel fonksiyonlar
4. CARD antibiyotik direnç genlerinin sirkleri
BMK Davası
Toprak-mangrov kökü sürekliliği boyunca antibiyotik direnç genlerinin ve bakteriyel patojenlerin yaygınlığı
Yayınlanan:Tehlikeli Maddeler Dergisi, 2021
Sıralama stratejisi:
Malzemeler: Mangrov kökü ile ilişkili örneklerin dört parçasının DNA ekstraktları: ekilmemiş toprak, rizosfer, episfer ve endosfer bölmeleri
Platform: Illumina HiSeq 2500
Hedefler: Metagenom
16S rRNA geni V3-V4 bölgesi
Temel sonuçlar
Antibiyotik direnç genlerinin (ARG'ler) topraktan bitkilere yayılmasını incelemek amacıyla mangrov fidanlarının toprak-kök sürekliliği üzerinde metagenomik dizileme ve metabarkodlama profili işlendi.Metagenomik veriler, antibiyotik direnç genlerinin %91,4'ünün yukarıda belirtilen dört toprak bölümünün tamamında yaygın olarak tanımlandığını ve bunun sürekli bir şekilde olduğunu ortaya çıkardı.16S rRNA amplikon dizilimi, 346 türü temsil eden 29.285 dizi üretti.Amplikon dizilimi yoluyla tür profili oluşturma ile birleştirildiğinde, bu yayılmanın kökle ilişkili mikrobiyotadan bağımsız olduğu ancak genetik elemanların hareketliliğiyle kolaylaştırılabileceği bulundu.Bu çalışma, birbirine bağlı toprak-kök sürekliliği yoluyla ARG'lerin ve patojenlerin topraktan bitkilere akışını tanımladı.
Referans
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. ve Shu, L. .(2020).Toprak-mangrov kök sürekliliği boyunca antibiyotik direnç genlerinin ve bakteriyel patojenlerin yaygınlığı.Tehlikeli Maddeler Dergisi, 408, 124985.
