Hi-C tabanlı Genom Düzeneği
Hizmet Avantajları
Hi-C'ye Genel Bakış
(Lieberman-Aiden E ve diğerleri,Bilim, 2009)
● Bitişik sabitleme için genetik popülasyon oluşturmaya gerek yok;
● %90'ın üzerinde daha yüksek bitişik sabitleme oranına yol açan daha yüksek işaretleyici yoğunluğu;
● Mevcut genom düzeneklerinin değerlendirilmesine ve düzeltilmesine olanak sağlar;
● Genom birleşiminde daha yüksek doğrulukla daha kısa geri dönüş süresi;
● 500'den fazla tür için oluşturulmuş 1000'den fazla Hi-C kütüphanesi ile zengin deneyim;
● Toplam yayınlanmış etki faktörü 760'ın üzerinde olan 100'ün üzerinde başarılı vaka;
● Poliploid genom için Hi-C bazlı genom birleşimi, önceki projede %100 sabitleme oranına ulaşıldı;
● Hi-C deneyleri ve veri analizi için kurum içi patentler ve yazılım telif hakları;
● Kendi geliştirdiği görselleştirilmiş veri ayarlama yazılımı, manüel blok taşımayı, geri almayı, iptal etmeyi ve yeniden yapmayı mümkün kılar.
Hizmet Özellikleri
|
Kütüphane Türü
|
platformu | Okuma Uzunluğu | Strateji Önerin |
| Merhaba-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Biyoinformatik analizler
● Ham veri kalite kontrolü
● Hi-C kitaplığı kalite kontrolü
● Hi-C tabanlı genom derlemesi
● Montaj sonrası değerlendirme
Numune Gereksinimleri ve Teslimat
Örnek Gereksinimler:
| Hayvan | Mantar | Bitkiler
|
| Dondurulmuş doku: kütüphane başına 1-2g Hücreler: Kitaplık başına 1x 10^7 hücre | Dondurulmuş doku: kütüphane başına 1g | Dondurulmuş doku: kütüphane başına 1-2g
|
| *Hi-C deneyi için en az 2 kısım (her biri 1 g) göndermenizi şiddetle tavsiye ederiz. | ||
Önerilen Numune Teslimatı
Kap: 2 ml santrifüj tüpü (Kalay folyo tavsiye edilmez)
Çoğu numunenin etanolde muhafaza edilmemesini öneririz.
Numune etiketleme: Numunelerin açıkça etiketlenmesi ve gönderilen numune bilgi formuyla aynı olması gerekir.
Sevkiyat: Kuru buz: Numunelerin önce torbalara paketlenmesi ve kuru buza gömülmesi gerekir.
Hizmet İş Akışı
Deney tasarımı
Numune teslimatı
DNA ekstraksiyonu
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
*Burada gösterilen demo sonuçlarının tümü Biomarker Technologies ile yayınlanan genomlardan alınmıştır.
1.Hi-C etkileşim ısı haritasıCamptotheca acuminatagenetik şifre.Haritada gösterildiği gibi, etkileşimlerin yoğunluğu doğrusal mesafeyle negatif ilişkilidir, bu da kromozom düzeyinde son derece doğru bir birleşmeyi gösterir.(Çapalama oranı: %96,03)
Kang M ve diğerleri,Doğa İletişimi, 2021
2.Hi-C, ters çevirmelerin doğrulanmasını kolaylaştırdıGossypium hirsutumL.TM-1 A06 veG. ağaç bahçesiChr06
Yang Z ve diğerleri,Doğa İletişimi, 2019
3. Manyok genomu SC205'in montajı ve bialelik farklılaşması.Hi-C ısı haritası, homolog kromozomlarda net bölünmeyi gösteriyor.
Hu W ve diğerleri,Moleküler Bitki, 2021
4. İki Ficus türünün genom düzeneğindeki Hi-C ısı haritası:F.mikrokarpa(sabitleme oranı: %99,3) veF.hispida (sabitleme oranı: %99,7)
Zhang X ve diğerleri,Hücre, 2020
BMK Davası
Banyan Ağacı ve Tozlayıcı Yaban Arısı Genomları İncir-eşekarısı Birlikte Evrimine İlişkin Bilgiler Sağlıyor
Yayınlanan: Hücre, 2020
Sıralama stratejisi:
F. mikrokarpa genom: Yaklaşık.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenom: Yaklaşık.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenom: Yaklaşık.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Temel sonuçlar
1. PacBio dizilimi, Hi-C ve bağlantı haritası kullanılarak iki banyan ağacı genomu ve bir tozlayıcı yaban arısı genomu oluşturuldu.
(1)F. mikrokarpagenom: 426 Mb'lik bir derleme (tahmini genom boyutunun %97,7'si), 908 Kb'lik bitişik N50, %95,6'lık BUSCO skoru ile oluşturulmuştur.Toplamda 423 Mb dizi, Hi-C ile 13 kromozoma sabitlendi.Genom açıklaması 29.416 protein kodlayan gen ortaya çıkardı.
(2)F. Hispidagenom: 360 Mb'lik bir derleme (tahmini genom boyutunun %97,3'ü), 492 Kb'lik bitişik N50 ve %97,4'lük BUSCO skoru ile elde edildi.Toplam 359 Mb dizi, Hi-C ile 14 kromozom üzerine sabitlendi ve yüksek yoğunluklu bağlantı haritasıyla oldukça özdeşti.
(3)Eupristina verticillatagenom: 3,1 Mb'lik devam N50 ve %97,7'lik BUSCO skoru ile 387 Mb'lik bir derleme (Tahmini genom boyutu: 382 Mb) oluşturuldu.
2. Karşılaştırmalı genomik analiz, iki tür arasında çok sayıda yapı varyasyonu olduğunu ortaya çıkardıFicusUyarlanabilir evrim çalışmaları için paha biçilmez genetik kaynak sağlayan genomlar.Bu çalışma, ilk kez, incir yaban arısının birlikte evrimine genomik düzeyde ışık tuttu.
 İki kişinin genomik özelliklerine ilişkin Circos diyagramıFicuskromozomlar, segmental kopyalar (SD'ler), transpozonlar (LTR, TE'ler, DNA TE'ler), gen ekspresyonu ve sentez dahil olmak üzere genomlar |  Y kromozomunun ve cinsiyet belirleme aday geninin tanımlanması |
Zhang, X. ve diğerleri."Banyan Ağacı ve Tozlayıcı Yaban Arısı Genomları, İncir-Eşek Arısı Birlikte Evrimine İlişkin Bilgiler Sağlıyor."Hücre 183.4(2020).
