-
Bitki/Hayvan De novo Genom Dizilimi
De novodizileme, bir referans genomun yokluğunda, örneğin PacBio, Nanopore, NGS, vb. dizileme teknolojileri kullanılarak bir türün tüm genomunun oluşturulması anlamına gelir.Üçüncü nesil dizileme teknolojilerinin okuma uzunluğundaki dikkate değer gelişme, yüksek heterozigosite, yüksek oranda tekrarlayan bölgeler, poliploidler, vb. gibi karmaşık genomların bir araya getirilmesinde yeni fırsatlar getirdi. Onlarca kilobaz düzeyinde okuma uzunluğu ile bu dizileme okumaları, tekrarlayan öğelerin, anormal GC içeriğine sahip bölgelerin ve diğer oldukça karmaşık bölgelerin çözümlenmesi.
Platform: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C tabanlı Genom Meclisi
Hi-C, yakınlık tabanlı etkileşimleri ve yüksek verimli sıralamayı birleştirerek kromozom konfigürasyonunu yakalamak için tasarlanmış bir yöntemdir.Bu etkileşimlerin yoğunluğunun, kromozomlar üzerindeki fiziksel mesafe ile negatif ilişkili olduğuna inanılmaktadır.Bu nedenle, Hi-C verileri, bir taslak genomdaki birleştirilmiş dizilerin kümelenmesine, sıralanmasına ve yönlendirilmesine ve bunları belirli sayıda kromozom üzerine tutturmasına rehberlik edebilir.Bu teknoloji, popülasyona dayalı genetik haritanın yokluğunda kromozom düzeyinde bir genom derlemesini güçlendirir.Her bir genomun bir Hi-C'ye ihtiyacı vardır.
Platform：Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evrimsel Genetik
Evrimsel genetik, SNP'ler, InDels, SV'ler ve CNV'ler dahil olmak üzere genetik varyasyonlara dayalı olarak belirli materyallerin evrimsel bilgileri hakkında kapsamlı bir yorum sağlamak için tasarlanmış paketlenmiş bir dizileme hizmetidir.Popülasyon yapısı, genetik çeşitlilik, filogeni ilişkileri vb. gibi popülasyonların evrimsel değişimlerini ve genetik özelliklerini tanımlamak için gerekli tüm temel analizleri sağlar. Ayrıca, etkin popülasyon büyüklüğü, sapma süresi tahminini güçlendiren gen akışı üzerine çalışmaları içerir.
-
Karşılaştırmalı Genomik
Karşılaştırmalı genomik, kelimenin tam anlamıyla, farklı türlerin tüm genom dizilerini ve yapılarını karşılaştırmak anlamına gelir.Bu disiplin, farklı türler arasında korunan veya farklılaşan dizi yapılarını ve öğelerini tanımlayarak tür evrimini, gen işlevini, gen düzenleyici mekanizmayı genom düzeyinde ortaya çıkarmayı amaçlar.Tipik karşılaştırmalı genomik çalışması, gen ailesi, evrimsel gelişim, tüm genom çoğaltması, seçici basınç vb.'deki analizleri içerir.
-
Toplu Segregant analizi
Toplu segregant analizi (BSA), fenotiple ilişkili genetik belirteçleri hızlı bir şekilde tanımlamak için kullanılan bir tekniktir.BSA'nın ana iş akışı, son derece zıt fenotiplere sahip iki birey grubunun seçilmesini, tüm bireylerin DNA'sının iki yığın DNA oluşturmak için bir araya getirilmesini, iki havuz arasındaki diferansiyel dizilerin tanımlanmasını içerir.Bu teknik, bitki/hayvan genomlarında hedeflenen genler tarafından güçlü bir şekilde ilişkilendirilen genetik belirteçlerin tanımlanmasında yaygın olarak kullanılmıştır.
