Evrimsel Genetik
Hizmet Avantajları
Takagi ve diğerleri,Bitki günlüğü2013
● Nükleotid ve amino asit düzeyindeki değişikliklere dayalı olarak türlerin ayrılma süresini ve hızını tahmin etmek
● Yakınsak evrim ve paralel evrimin etkisinin en aza indirildiği türler arasında daha güvenilir filogenetik ilişkinin ortaya çıkarılması
● Özellikle ilgili genleri ortaya çıkarmak için genetik değişiklikler ve fenotipler arasında bağlantılar oluşturmak
● Türlerin evrimsel potansiyelini yansıtan genetik çeşitliliğin tahmin edilmesi
● Daha hızlı Geri Dönüş süresi
● Kapsamlı deneyim: BMK, 12 yılı aşkın süredir yüzlerce türü vb. kapsayan popülasyon ve evrimle ilgili projelerde muazzam bir deneyim biriktirmiştir ve Nature Communications, Molecular Plants, Plant Bioteknoloji Dergisi vb. dergilerde yayınlanan 80'den fazla üst düzey projeye katkıda bulunmuştur.
Hizmet Özellikleri
Malzemeler:
Normalde en az üç alt popülasyon (örn. alt tür veya suş) önerilir.Her alt popülasyon en az 10 birey içermelidir (Bitkiler >15, nadir türler için azaltılabilir).
Sıralama stratejisi:
* WGS, yüksek kaliteli referans genomu olan türler için kullanılabilirken, SLAF-Seq, referans genomu olan veya olmayan türler veya düşük kaliteli referans genomu olan türler için uygulanabilir.
| Genom boyutuna uygulanabilir | WGS | SLAF-Etiketler (×10.000) |
| ≤ 500 Mb | 10×/bireysel | WGS daha çok tavsiye edilir |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Biyoinformatik analizler
● Evrimsel analiz
● Seçici tarama
● Gen akışı
● Demografik geçmiş
● Uzaklaşma süresi
Numune Gereksinimleri ve Teslimat
Örnek Gereksinimler:
| Türler | Doku | WGS-NGS | SLAF |
| Hayvan
| Visseral doku |
0.5~1g
|
0.5g
|
| Kas dokusu | |||
| Memeli kanı | 1,5mL
| 1,5mL
| |
| Kümes hayvanları/Balık kanı | |||
| Bitki
| Taze Yaprak | 1~2g | 0.5~1g |
| Yaprak / Kök | |||
| Kök/Tohum | |||
| Hücreler | Kültürlenmiş hücre |
| gDNA | Konsantrasyon | Miktar (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1,6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0,1 | - |
Hizmet İş Akışı
Deney tasarımı
Numune teslimatı
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
*Burada gösterilen demo sonuçlarının tümü BMKGENE ile yayınlanan genomlardan alınmıştır.
1.Evrim analizi, genetik varyasyonlara dayalı olarak filogenetik ağacın, popülasyon yapısının ve PCA'nın oluşturulmasını içerir.
Filogenetik ağaç, ortak atası olan türler arasındaki taksonomik ve evrimsel ilişkileri temsil eder.
PCA, alt popülasyonlar arasındaki yakınlığı görselleştirmeyi amaçlamaktadır.
Popülasyon yapısı, alel frekansları açısından genetik olarak farklı alt popülasyonun varlığını göstermektedir.
Chen ve diğerleri.al.,PNAS2020
2.Seçici tarama
Seçici tarama, avantajlı bir sahanın seçildiği ve bağlantılı nötr sahaların sıklığının artırıldığı, bağlantısız sahaların sıklığının ise azaltılarak bölgesel azalmanın sağlandığı bir süreci ifade eder.
Seçici tarama bölgelerinde genom çapında tespit, belirli bir adımda (10 Kb) kayan bir pencere (100 Kb) içindeki tüm SNP'lerin popülasyon genetik indeksinin (π，Fst, Tajima's D) hesaplanmasıyla işlenir.
Nükleotid çeşitliliği(π）
Tajima'nın D'si
Sabitleme indeksi (Fst)
Wu ve et.al.,Moleküler Bitki, 2018
3.Gen Akışı
Wu ve et.al.,Moleküler Bitki, 2018
4.Demografik tarih
Zhang ve diğerleri.al.,Doğa Ekolojisi ve Evrimi, 2021
5. Ayrışma süresi
Zhang ve diğerleri.al.,Doğa Ekolojisi ve Evrimi, 2021
BMK Davası
Genomik bir varyasyon haritası, Bahar Çin Lahanası (Brassica rapa ssp. Pekinensis) seçiminin genetik temeline ilişkin bilgiler sağlar
Yayınlanan: Moleküler Bitki, 2018
Sıralama stratejisi:
Yeniden sıralama: sıralama derinliği: 10×
Temel sonuçlar
Bu çalışmada, 194 Çin lahanası, ortalama 10x derinlikte yeniden sıralama için işlendi; bu, 1.208.499 SNP ve 416.070 InDel verdi.Bu 194 hat üzerindeki filogenetik analiz, bu hatların ilkbahar, yaz ve sonbahar olmak üzere üç ekotipe ayrılabileceğini göstermiştir.Ayrıca popülasyon yapısı ve PCA analizi, bahar Çin lahanasının Çin'in Shandong kentindeki bir sonbahar lahanasından kaynaklandığını gösterdi.Bunlar daha sonra Kore ve Japonya'ya tanıtıldı, yerel çizgilerle çaprazlandı ve bunların bazı geç olgunlaşan çeşitleri Çin'e geri getirildi ve sonunda Bahar Çin lahanası oldu.
İlkbahar Çin lahanaları ve sonbahar lahanaları üzerinde yapılan genom çapında tarama, güçlü seçilimden geçen 23 genomik lokus ortaya çıkardı; bunlardan ikisi, QTL haritalamasına dayalı cıvatalama zamanı kontrol bölgesi ile örtüşüyordu.Bu iki bölgenin çiçeklenmeyi düzenleyen anahtar genleri, BrVIN3.1 ve BrFLC1'i içerdiği bulundu.Bu iki genin ayrıca transgenik deneyler ve transgenik deneylerle cıvatalama süresine dahil olduğu doğrulandı.
 Çin lahanalarında popülasyon yapısı analizi |  Çin lahanası seçimine ilişkin genetik bilgi |
Tongbing ve diğerleri."Genomik Bir Varyasyon Haritası Bahar Çin Lahanası (Brassica rapa ssp.pekinensis) Seçiminin Genetik Temeline İlişkin Bilgiler Sağlıyor."Moleküler Bitkiler,11(2018):1360-1376.
