Karşılaştırmalı Genomik
Hizmet Avantajları
● En sık ihtiyaç duyulan sekiz analizi içeren kapsamlı analiz paketi
● Sonuçların ayrıntılı ve kolay anlaşılır yorumlanmasıyla analizde yüksek güvenilirlik
● İyi tasarlanmış yayına hazır rakamlar
● Yüksek vasıflı biyoenformatik ekibi, çeşitli kişiselleştirilmiş analiz taleplerini karşılar
● Analizde daha yüksek doğrulukla daha kısa geri dönüş süresi
● 900'ün üzerinde yayınlanmış birikimli etki faktörüne sahip 90'ı aşkın başarılı vakayla zengin deneyim
Hizmet Özellikleri
| Tahmini dönüş süresi | Tür sayısı | Analizler |
| 30 iş günü | 6 - 12 | Gen ailesi kümelenmesi Gen ailesi genişlemesi ve daralması Filogenetik ağaç yapısı Uzaklaşma süresi tahmini (Fosil kalibrasyonu gereklidir) LTR yerleştirme süresi (Bitkiler için) Tüm genom kopyalanması (Bitkiler için) Seçici basınç Sentez analizi |
Biyoinformatik analizler
● Gen ailesi
● Filogenetik
● Uzaklaşma süresi
● Seçici basınç
● Sentez analizi
Numune Gereksinimleri ve Teslimat
Örnek Gereksinimler:
Genom dizilimi ve montajı için doku veya DNA
Doku için
| Türler | Doku | Anket | PacBio CCS |
| Hayvan | Visseral doku | 0,5 ~ 1g | ≥ 3,5g |
| Kas dokusu | |||
| ≥ 5,0g | |||
| ≥ 5,0 mL | |||
| Memeli kanı | |||
| ≥ 0,5 mL | |||
| Kümes hayvanları/Balık kanı | |||
| Bitki | Taze Yaprak | 1 ~ 2g | ≥ 5,0g |
| Yaprak / Kök | 1 ~ 2g | ≥ 10,0g | |
| Kök/Tohum | 1 ~ 2g | ≥ 20,0g | |
| Hücreler | Kültürlenmiş hücre | - | ≥ 1x108 |
Veri
Yakından ilişkili türlerin genom dizisi dosyaları (.fasta) ve ek açıklama dosyaları (.gff3)
Hizmet İş Akışı
Deney tasarımı
Numune teslimatı
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
*Burada gösterilen demo sonuçlarının tümü Biomarker Technologies ile yayınlanan genomlardan alınmıştır.
1.LTR ekleme süresi tahmini: Şekil, diğer türlerle karşılaştırıldığında Weining çavdar genomunda LTR-RT'lerin yerleştirme sürelerinde benzersiz bir çift modlu dağılım göstermektedir.En son zirve yaklaşık 0,5 milyon yıl önce ortaya çıktı.
Li Guang ve diğerleri,Doğa Genetiği, 2021
2. Çakal otu (Sechium edule) üzerinde filogeni ve gen ailesi analizi: Çakal otu ve gen ailesindeki diğer 13 ilgili tür analiz edilerek, Chayote'nin yılan kabağı (Trichosanthes anguina) ile en yakın akraba olduğu bulunmuştur.Yaklaşık 27-45 Mya'da yılan kabaktan türetilen chayote ve tüm genom çoğalması (WGD), cucuibitaceae'deki üçüncü WGD olayı olan 25 ± 4 Mya'da chayote'de gözlendi.
Fu A ve diğerleri,Bahçıvanlık Araştırması, 2021
3.Senteni analizi: Chayote, yılan kabağı ve kabakta meyve gelişimindeki fitohormonlarla ilgili bazı genler bulunmuştur.Çakal ile kabak arasındaki korelasyon, çakal ile yılan kabağı arasındaki korelasyondan biraz daha yüksektir.
Fu A ve diğerleri,Bahçıvanlık Araştırması, 2021
4.Gen ailesi analizi: G.thurberi ve G.davidsonii genomlarında gen ailesi genişlemesi ve daralması üzerine KEGG zenginleşmesi, steroid biyosentezi ve brassinosteroid biyosentezi ile ilgili genlerin genişlediğini gösterdi.
Yang Z ve diğerleri,BMC Biyoloji, 2021
5.Tüm genom çoğaltma analizi: 4DTV ve Ks dağılım analizi, tüm genom çoğaltma olayını göstermiştir.Türler arası zirveler çoğaltma olaylarını gösterdi.Türler arası zirveler türleşme olaylarını gösteriyor.Analiz, yakın akraba olan diğer üç türle karşılaştırıldığında O. europaea'nın daha yakın zamanda büyük ölçekli bir gen kopyalanmasından geçtiğini gösterdi.
Rao G ve diğerleri,Bahçıvanlık Araştırması, 2021
BMK Davası
Dikensiz gül: nem adaptasyonuyla bağlantılı genomik bilgiler
Yayınlanan: Ulusal Bilim İncelemesi, 2021
Sıralama stratejisi:
'Basye'ninDikensiz' (R.Wichurainan) genetik şifre:
Yaklaşık.93 X PacBio + yakl.90 X Nanogözenek + 267 X Illumina
Temel sonuçlar
1. Yüksek kaliteli R.wichuraiana genomu, 530,07 Mb'lik bir derleme sağlayan uzun okumalı sıralama teknikleri kullanılarak oluşturuldu (Tahmini genom boyutu, akış sitometrisine göre yaklaşık 525,9 Mb ve genom araştırmasına göre 525,5; Heterozigotluk %1,03 civarındaydı).BUSCO'nun tahmini puanı %93,9'du."Eski allık" (haploOB) ile karşılaştırıldığında, bu genomun kalitesi ve bütünlüğü, temel tek bazlı doğruluk ve LTR montaj indeksi (LAI=20.03) ile doğrulandı.R.wichuraiana genomu 32.674 protein kodlayan gen içerir.
2. Karşılaştırmalı genomik, transkriptomik ve genetik popülasyonun QTL analizinden oluşan çoklu omik ortak analiz, R. wichuraiana ve Rosa chinensis arasındaki önemli türleşmeyi ortaya çıkardı.Ayrıca, QTL'deki ilgili genlerin ekspresyon varyasyonunun kök karıncalanma modeliyle ilişkili olması muhtemeldir.
Basye's Thornless ve Rosa chinensis arasındaki senteny analizi, gen ailesi kümesi, genişleme ve daralma analizini içeren karşılaştırmalı genomik analiz, güllerdeki önemli özelliklerle ilgili çok sayıda varyasyonu ortaya çıkardı.NAC ve FAR1/FRS gen ailesindeki benzersiz genişlemenin, büyük ihtimalle kara noktaya karşı dirençle ilişkili olduğu görüldü.
BT ve haploOB genomları arasında karşılaştırmalı genomik analiz.
Zhong, M. ve diğerleri.“Dikensiz gül: nem adaptasyonuyla bağlantılı genomik bilgiler”Ulusal Bilim İncelemesi, 2021;, nwab092.
