Toplu Segregant analizi
Hizmet Avantajları
Takagi ve diğerleri, Bitki dergisi, 2013
● Doğru yerelleştirme: Arka plan gürültüsünü en aza indirmek için yığınları 30+30 ila 200+200 bireyle karıştırmak;eşanlamlı olmayan mutantlara dayalı aday bölge tahmini.
● Kapsamlı analiz: NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG vb. dahil olmak üzere derinlemesine aday gen fonksiyonu açıklaması.
● Daha Hızlı Geri Dönüş Süresi: 45 iş günü içinde hızlı gen lokalizasyonu.
● Kapsamlı deneyim: BMK, mahsuller, su ürünleri, orman, çiçekler, meyveler vb. gibi çeşitli türleri kapsayan binlerce özelliğin yerelleştirilmesine katkıda bulunmuştur.
Hizmet Özellikleri
Nüfus:
Zıt fenotiplere sahip ebeveynlerin yavrularını ayırmak.
örneğin F2 nesli, Geri melezleme (BC), Rekombinant kendilenmiş soy (RIL)
Karıştırma havuzu
Niteliksel özellikler için: 30 ila 50 birey (minimum 20)/toplu
Kantitatif özellikler için: tüm popülasyonda aşırı fenotiplerden herhangi birine sahip ilk %5 ila %10'luk bireyler (minimum 30+30).
Önerilen sıralama derinliği
En az 20X/ebeveyn ve 1X/yavru birey (örneğin 30+30 bireyden oluşan yavru karıştırma havuzu için, sıralama derinliği toplu başına 30X olacaktır)
Biyoinformatik analizler
● Tüm genomun yeniden dizilenmesi
● Veri işleme
● SNP/Indel araması
● Aday bölge taraması
● Aday gen fonksiyonu açıklaması
Numune Gereksinimleri ve Teslimat
Örnek Gereksinimler:
Nükleotidler:
| gDNA örneği | Doku numunesi |
| Konsantrasyon: ≥30 ng/μl | Bitkiler: 1-2 gr |
| Miktar: ≥2 μg (Hacim ≥15 μl) | Hayvanlar: 0,5-1 gr |
| Saflık: OD260/280= 1,6-2,5 | Tam kan: 1,5 ml |
Hizmet İş Akışı
Deney tasarımı
Numune teslimatı
RNA ekstraksiyonu
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
1. Aday bölgeyi belirlemek için Öklid Mesafesini (ED) temel alan ilişki analizi.Aşağıdaki şekilde
X ekseni: Kromozom sayısı;Her nokta bir SNP'nin ED değerini temsil eder.Siyah çizgi takılan ED değerine karşılık gelir.Daha yüksek bir ED değeri, bölge ile fenotip arasında daha anlamlı bir ilişkiyi gösterir.Kırmızı çizgi çizgisi, anlamlı ilişkinin eşiğini temsil eder.
2. SNP indeksine dayalı ilişki analizi
X ekseni: Kromozom sayısı;Her nokta SNP indeks değerini temsil eder.Siyah çizgi, takılı SNP indeksi değerini temsil eder.Değer ne kadar büyük olursa, ilişki o kadar anlamlı olur.
BMK Davası
Ana etkili kantitatif özellik lokusu Fnl7.1, salatalıkta meyve boynu uzunluğu ile ilişkili geç embriyojenezde bol miktarda bulunan bir proteini kodlar
Yayınlanan: Bitki Biyoteknolojisi Dergisi2020
Sıralama stratejisi:
Ebeveynler (Jin5-508, YN): 34× ve 20× için tüm genomun yeniden dizilenmesi.
DNA havuzları (50 Uzun boyunlu ve 50 kısa boyunlu): 61× ve 52× için yeniden sıralama
Temel sonuçlar
Bu çalışmada, uzun boyunlu salatalık hattı Jin5-508 ile kısa boyunlu YN'nin çaprazlanmasıyla ayrıştırıcı popülasyon (F2 ve F2:3) oluşturuldu.50 aşırı uzun boyunlu birey ve 50 aşırı kısa boyunlu birey tarafından iki DNA havuzu oluşturuldu.Ana etki QTL, Chr07'de BSA analizi ve geleneksel QTL haritalaması ile tanımlandı.Aday bölge, ince haritalama, gen ekspresyonu ölçümü ve transgenik deneylerle daha da daraltıldı; bu, boyun uzunluğunun kontrolünde anahtar gen olan CsFnl7.1'i ortaya çıkardı.Ayrıca CsFnl7.1 promoter bölgesindeki polimorfizmin karşılık gelen ifadeyle ilişkili olduğu bulundu.Daha ileri filogenetik analiz, Fnl7.1 lokusunun büyük olasılıkla Hindistan kaynaklı olduğunu ileri sürdü.
 Salatalık boyun uzunluğuyla ilişkili aday bölgeyi belirlemek için BSA analizinde QTL haritalaması |  Chr07'de tanımlanan salatalık boyun boyu QTL'nin LOD profilleri |
Xu, X. ve diğerleri."Ana etkili kantitatif özellik lokusu Fnl7.1, salatalıkta meyve boynu uzunluğuyla ilişkili, geç embriyogenezde bol miktarda bulunan bir proteini kodlar."Bitki Biyoteknolojisi Dergisi 18.7(2020).
