16S/18S/ITS Amplikon Sıralaması-NGS
Hizmet Avantajları
● Çevresel numunelerdeki mikrobiyal kompozisyonun izolasyon gerektirmeden ve hızlı bir şekilde tanımlanması
● Çevresel numunelerdeki az miktardaki bileşenlerde yüksek çözünürlük
● Veritabanı, ek açıklama, OTU/ASV açısından çeşitli analizlere sahip en son QIIME2 analiz akışı.
● Yüksek verim, daha yüksek doğruluk
● Çeşitli mikrobiyal topluluk çalışmalarına uygulanabilir
● BMK, toprak, su, gaz, çamur, dışkı, bağırsak, deri, fermantasyon suyu, böcekler, bitkiler vb. kapsayan yılda 100.000'den fazla numuneyle kapsamlı deneyime sahiptir.
● BMKCloud, 45 kişiselleştirilmiş analiz aracı içeren veri yorumlamayı kolaylaştırdı
Hizmet Özellikleri
| Sıralamaplatformu | Kütüphane | Önerilen veri verimi | Tahmini dönüş süresi |
| Illumina NovaSeq Platformu | PE250 | 50K/100K/300K Etiketler | 30 gün |
Biyoinformatik analizler
● Ham veri kalite kontrolü
● OTU kümeleme/Gürültü Giderme(ASV)
● OTU ek açıklaması
● Alfa çeşitliliği
● Beta çeşitliliği
● Gruplar arası analiz
● Deneysel faktörlere karşı ilişki analizi
● Fonksiyon gen tahmini
Numune Gereksinimleri ve Teslimat
Örnek Gereksinimler:
İçinDNA ekstraktları:
| Örnek tip | Miktar | Konsantrasyon | Saflık |
| DNA ekstraktları | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Çevresel numuneler için:
| Örnek tip | Önerilen numune alma prosedürü |
| Toprak | Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Kalan solmuş maddenin yüzeyden uzaklaştırılması gerekir;Büyük parçaları öğütün ve 2 mm'lik filtreden geçirin;Rezervasyon için steril EP tüpü veya sirotüp içindeki örnekler. |
| Dışkı | Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Numuneleri rezervasyon için steril EP tüpü veya kriyotüpte toplayın ve bölün. |
| Bağırsak içeriği | Numunelerin aseptik koşullar altında işlenmesi gerekir.Toplanan dokuyu PBS ile yıkayın;PBS'yi santrifüj edin ve çökelticiyi EP tüplerinde toplayın. |
| Çamur | Numune alma miktarı: yakl.5 gram;Rezervasyon için çamur numunesini steril EP tüpünde veya kriyotüpte toplayın ve bölün. |
| Su kütlesi | Musluk suyu, kuyu suyu vb. gibi sınırlı miktarda mikrobiyal içeren numuneler için, en az 1 L su toplayın ve membrandaki mikrobiyal zenginleştirmeyi sağlamak için 0,22 μm filtreden geçirin.Membranı steril tüpte saklayın. |
| Deri | Steril pamuklu çubuk veya cerrahi bıçakla cilt yüzeyini dikkatlice kazıyın ve steril tüpe yerleştirin. |
Önerilen Numune Teslimatı
Numuneleri 3-4 saat boyunca sıvı nitrojende dondurun ve uzun süreli rezervasyon için sıvı nitrojende veya -80 derecede saklayın.Kuru buzla numune gönderimi gereklidir.
Hizmet İş Akışı
Numune teslimatı
Kütüphane inşaatı
Sıralama
Veri analizi
Satış sonrası hizmetler
1. Tür dağılımı
2. Isı haritası: Tür zenginliği kümelenmesi
3. Nadir hizip eğrisi
4.NMDS analizi
5.Lefse analizi
BMK Davası
Tip 2 Diyabeti olan ve olmayan Obez Bireyler farklı bağırsak mikrobiyal fonksiyonel kapasitesi ve bileşimi gösterir
Yayınlanan:Hücre Konağı ve Mikrobu, 2019
Sıralama stratejisi:
Zayıf diyabet dışı (n=633);Diyabet dışı obez (n=494);Obez-Tip 2 diyabet (n=153);
Hedef bölge: 16S rDNA V1-V2
Platform: Illumina Miseq (NGS tabanlı amplikon dizilimi)
DNA ekstraktlarının alt kümesi, Illumina Hiseq'te metagenomik dizilime tabi tutuldu
Temel sonuçlar
Bu metabolik hastalıkların mikrobiyal profilleri başarıyla ayırt edildi.
16S dizilimi ile oluşturulan mikrobiyal özellikler karşılaştırıldığında, obezitenin mikrobiyal kompozisyondaki değişikliklerle, bireysel özelliklerle, özellikle de Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes vb.'deki anlamlı azalmayla ilişkili olduğu bulundu. Ayrıca, T2D'nin Escherichia/shigella'daki artışla ilişkili olduğu bulundu. .
Referans
Thingholm, LB ve diğerleri."Tip 2 Diyabeti Olan ve Olmayan Obez Bireyler Farklı Bağırsak Mikrobiyal Fonksiyonel Kapasitesi ve Kompozisyonu Gösteriyor."Hücre Konağı ve Mikrop26.2(2019).
