Mataas na kahusayan sa pagtuklas ng marker- Ang teknolohiya ng high-throughput na sequencing ay tumutulong sa SLAF-Seq sa pagtuklas ng daan-daang libong mga tag sa loob ng buong genome.
Mababang pag-asa sa genome- Maaari itong ilapat sa mga species na mayroon man o walang reference na genome.
Flexible na disenyo ng scheme- Single-enzyme, dual-enzyme, multi-enzyme digestion at iba't ibang uri ng enzymes, lahat ay maaaring piliin upang matugunan ang iba't ibang layunin ng pananaliksik o species.Ang paunang pagsusuri sa silico ay ginagamit upang tiyakin ang isang pinakamainam na disenyo ng enzyme.
Mahusay na enzymatic digestion- Isinagawa ang paunang eksperimento upang ma-optimize ang mga kundisyon, na ginagawang matatag at maaasahan ang pormal na eksperimento.Ang kahusayan sa koleksyon ng fragment ay maaaring makamit ang higit sa 95%.
Pantay na ipinamahagi ang mga SLAF tag- Ang mga tag ng SLAF ay pantay na ipinamahagi sa lahat ng chromosome sa pinakamalawak, na nakakamit ng average na 1 SLAF bawat 4 kb.
Epektibong pag-iwas sa mga paulit-ulit- Ang paulit-ulit na pagkakasunud-sunod sa data ng SLAF-Seq ay binabawasan sa mas mababa sa 5%, lalo na sa mga species na may mataas na antas ng pag-uulit, tulad ng trigo, mais, atbp.
Malawak na karanasan-Higit sa 2000 saradong proyekto ng SLAF-Seq sa daan-daang species na sumasaklaw sa mga halaman, mammal, ibon, insekto, aqua-organism, atbp.
Self-developed bioinformatic workflow- Isang pinagsama-samang bioinformatic workflow para sa SLAF-Seq ay binuo ng BMKGENE upang matiyak ang pagiging maaasahan at katumpakan ng huling output.
Platform | Conc.(ng/gl) | Kabuuan (ug) | OD260/280 |
Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Tomo>15μl) | 1.6-2.5 |
Depth ng sequencing: 10X/Tag
Sukat ng Genome | Inirerekomendang SLAF Tag |
< 500 Mb | 100K o WGS |
500 Mb- 1 Gb | 100 K |
1 Gb -2 Gb | 200 K |
Mga higante o kumplikadong genome | 300 - 400K |
Mga aplikasyon
| Inirerekomenda Skala ng Populasyon
| Diskarte sa pagkakasunud-sunod at lalim
| |
Lalim
| Numero ng Tag
| ||
GWAS
| Halimbawang numero ≥ 200
| 10X
|
Ayon kay laki ng genome
|
Genetic Evolution
| Mga indibidwal ng bawat isa subgroup ≥ 10; kabuuang sample ≥ 30
| 10X
|
Lalagyan: 2 ml centrifuge tube
Para sa karamihan ng mga sample, inirerekumenda namin na huwag itago sa ethanol.
Sample na pag-label: Ang mga sample ay kailangang malinaw na may label at magkapareho sa isinumiteng sample na form ng impormasyon.
Pagpapadala: Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay muna sa mga bag at ibaon sa dry-ice.
1. Mga istatistika ng resulta ng mapa
2. Pag-unlad ng SLAF marker
3. Variation annotation
taon | Talaarawan | IF | Pamagat | Mga aplikasyon |
2022 | Mga komunikasyon sa kalikasan | 17.694 | Genomic na batayan ng giga-chromosome at giga-genome ng tree peony Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
2015 | Bagong Phytologist | 7.433 | Domestication footprints anchor genomic rehiyon ng agronomic kahalagahan sa soybeans | SLAF-GWAS |
2022 | Journal ng Advanced na Pananaliksik | 12.822 | Genome-wide artificial introgressions ng Gossypium barbadense sa G. hirsutum ipakita ang superior loci para sa sabay-sabay na pagpapabuti ng kalidad at ani ng cotton fiber mga katangian | SLAF-Evolutionary genetics |
2019 | Molecular Plant | 10.81 | Ang Pagsusuri ng Genomic ng Populasyon at De Novo Assembly ay Inihayag ang Pinagmulan ng Weedy Rice bilang isang Evolutionary Game | SLAF-Evolutionary genetics |
2019 | Genetika ng Kalikasan | 31.616 | Genome sequence at genetic diversity ng karaniwang carp, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage na mapa |
2014 | Genetika ng Kalikasan | 25.455 | Ang genome ng cultivated peanut ay nagbibigay ng insight sa legume karyotypes, polyploid ebolusyon at crop domestication. | SLAF-Linkage na mapa |
2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Ang pagkakakilanlan ng ST1 ay nagpapakita ng isang seleksyon na kinasasangkutan ng hitchhiking ng seed morphology at nilalaman ng langis sa panahon ng soybean domestication | Pag-unlad ng SLAF-Marker |
2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Identification at DNA Marker Development para sa isang Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomic Chromosome Substitution | Pag-unlad ng SLAF-Marker |