-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Nagbibigay ang ChIP-Seq ng genome-wide profiling ng mga target ng DNA para sa pagbabago ng histone, transcription factor, at iba pang mga protina na nauugnay sa DNA.Pinagsasama nito ang selectivity ng chromatin immuno-precipitation (ChIP) para mabawi ang mga partikular na protina-DNA complex, na may kapangyarihan ng next-generation sequencing (NGS) para sa high-throughput sequencing ng na-recover na DNA.Bilang karagdagan, dahil ang mga protina-DNA complex ay nakuhang muli mula sa mga buhay na selula, ang mga nagbubuklod na site ay maaaring ihambing sa iba't ibang uri ng cell at mga tisyu, o sa ilalim ng iba't ibang mga kondisyon.Ang mga aplikasyon ay mula sa transcriptional regulation hanggang sa developmental pathways hanggang sa mga mekanismo ng sakit at higit pa.
Platform: Plataporma ng Illumina NovaSeq
-
Metagenomic Sequencing -NGS
Ang metagenome ay tumutukoy sa isang koleksyon ng kabuuang genetic na materyal ng isang halo-halong komunidad ng mga organismo, tulad ng environmental metagenome, metagenome ng tao, atbp. Naglalaman ito ng mga genome ng parehong cultivatable at uncultivatable microorganisms.Ang metagenomic sequencing ay isang molekular na tool na ginagamit upang pag-aralan ang pinaghalong genomic na materyales na nakuha mula sa mga sample ng kapaligiran, na nagbibigay ng detalyadong impormasyon sa pagkakaiba-iba at kasaganaan ng mga species, istraktura ng populasyon, phylogenetic na relasyon, functional na mga gene at correlation network na may mga kadahilanan sa kapaligiran.
Platform:Plataporma ng Illumina NovaSeq
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Ang metagenomics ay isang molecular tool na ginagamit upang pag-aralan ang pinaghalong genomic na materyales na nakuha mula sa mga sample ng kapaligiran, na nagbibigay ng detalyadong impormasyon sa pagkakaiba-iba at kasaganaan ng mga species, istraktura ng populasyon, phylogenetic na relasyon, functional na mga gene at network ng ugnayan na may mga salik sa kapaligiran, atbp. Ang mga platform ng pagkakasunud-sunod ng Nanopore ay ipinakilala kamakailan. sa metagenomic studies.Ang pambihirang pagganap nito sa haba ng pagbasa ay higit na pinahusay ang down stream metagenomic analysis, lalo na ang metagenome assembly.Ang pagkuha ng mga bentahe ng read-length, Nanopore-based metagenomic na pag-aaral ay nakakamit ng mas tuluy-tuloy na pagpupulong kumpara sa shot-gun metagenomics.Nai-publish na ang Nanopore-based metagenomics ay matagumpay na nakabuo ng kumpleto at saradong bacterial genome mula sa microbiomes (Moss, EL, et. al,Kalikasan Biotech, 2020)
Platform:Nanopore PromethION P48
-
Buong genome bisulfite sequencing
Ang DNA methylation sa ikalimang posisyon sa cytosine (5-mC) ay may pangunahing impluwensya sa pagpapahayag ng gene at aktibidad ng cellular.Ang mga abnormal na pattern ng methylation ay nauugnay sa ilang mga kondisyon at sakit, tulad ng cancer.Ang WGBS ay naging pamantayang ginto para sa pag-aaral ng genome-wide methylation sa solong base resolution.
Platform: Plataporma ng Illumina NovaSeq
-
Assay para sa Transposase-Accessible Chromatin na may High Throughput Sequencing (ATAC-seq)
Ang ATAC-seq ay isang high-throughput sequencing method para sa pagsusuri ng genome-wide chromatin accessibility, na mahalaga para sa pandaigdigang epigenetic control ng gene expression.Ang mga sequencing adapter ay ipinapasok sa mga bukas na rehiyon ng chromatin sa pamamagitan ng hyperactive Tn5 transposase.Pagkatapos ng PCR amplification, isang sequencing library ay itinayo.Ang lahat ng mga bukas na rehiyon ng chromatin ay maaaring makuha sa ilalim ng isang partikular na kondisyon ng space-time, hindi lamang limitado sa mga nagbubuklod na site ng isang transcription factor, o isang partikular na histone modified na rehiyon.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Ang subunit sa 16S at 18S rRNA na naglalaman ng parehong lubos na natipid at hyper-variable na mga rehiyon ay isang perpektong molekular na fingerprint para sa prokaryotic at eukaryotic organism identification.Sinasamantala ang pagkakasunud-sunod, ang mga amplicon na ito ay maaaring ma-target batay sa mga conserved na bahagi at ang mga hyper-variable na rehiyon ay maaaring ganap na mailalarawan para sa microbial identification na nag-aambag sa mga pag-aaral na sumasaklaw sa microbial diversity analysis, taxonomy, phylogeny, atbp. Single-molecule real-time(SMRT ) ang pagkakasunud-sunod ng platform ng PacBio ay nagbibigay-daan sa pagkuha ng napakatumpak na mahabang pagbabasa, na maaaring sumaklaw sa mga full-length na amplicon (tinatayang 1.5 Kb).Ang pagpapalawak ng pagtingin sa genetic field ay lubos na nagpahusay sa resolusyon sa anotasyon ng mga species sa komunidad ng bakterya o fungi.
Platform:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Ang 16S/18S/ITS amplicon sequencing ay naglalayong ipakita ang kasaganaan ng phylogeny, taxonomy, at species sa isang microbial na komunidad sa pamamagitan ng pagsisiyasat sa mga PCR na produkto ng mga housekeeping genetic marker na naglalaman ng mga bahaging lubos na pinag-uusapan at hypervariable.Ang pagpapakilala ng perpektong molekular na fingerprint na ito ni Woeses et al,(1977) ay nagbibigay ng kapangyarihan sa isolation-free microbiome profiling.Ang pagkakasunud-sunod ng 16S (bacteria), 18S (fungi) at Internal na na-transcribe na spacer (ITS, fungi) ay nagbibigay-daan sa pagkilala sa parehong masaganang species pati na rin ang mga bihirang at hindi natukoy na mga species.Ang teknolohiyang ito ay naging malawakang ginagamit at pangunahing tool sa pagtukoy ng differential microbial composition sa iba't ibang kapaligiran, tulad ng bibig ng tao, bituka, dumi, atbp.
Platform:Plataporma ng Illumina NovaSeq
-
Bacterial at Fungal Whole Genome Re-Sequencing
Ang bacterial at fungal whole genome re-sequencing ay isang kritikal na tool para kumpletuhin ang mga genome ng kilalang bacterium at fungi, pati na rin ang pagkumpara ng maraming genome o para mag-map ng mga genome ng mga bagong organismo.Napakahalaga ng pagkakasunud-sunod ng buong genome ng bacterium at fungi upang makabuo ng tumpak na reference na mga genome, upang gawin ang microbial identification at iba pang mga comparative genome studies.
Platform:Illumina NovaSeq Platform
-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Ang platform ng Amplicon (16S/18S/ITS) ay binuo na may mga taon ng karanasan sa pagtatasa ng proyekto ng microbial diversity, na naglalaman ng standardized basic analysis at personalized analysis: sinasaklaw ng basic analysis ang mainstream analysis content ng kasalukuyang microbial research, ang analysis content ay mayaman at komprehensibo, at ang mga resulta ng pagsusuri ay ipinakita sa anyo ng mga ulat ng proyekto;Ang nilalaman ng personalized na pagsusuri ay magkakaiba.Maaaring pumili ng mga sample at ang mga parameter ay maaaring itakda nang may kakayahang umangkop ayon sa pangunahing ulat ng pagsusuri at layunin ng pananaliksik, upang mapagtanto ang mga personalized na pangangailangan.Windows operating system, simple at mabilis.
-
PacBio-Full-length Transcriptome (Non-Reference)
Ang pagkuha ng Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sequencing data bilang input, nagagawa ng App na ito na tukuyin ang mga full-length na transcript sequence (nang walang assembly).Sa pamamagitan ng pagmamapa ng mga full-length na sequence laban sa reference na genome, ang mga transcript ay maaaring i-optimize ng mga kilalang gene, transcript, coding region, atbp. Sa kasong ito, mas tumpak na pagkakakilanlan ng mga istruktura ng mRNA, tulad ng alternatibong splicing, atbp, ay maaaring makamit.Ang pinagsamang pagsusuri sa NGS transcriptome sequencing data ay nagbibigay-daan sa mas komprehensibong annotation at mas tumpak na quantification sa expression sa transcript level, na higit na nakikinabang sa downstream differential expression at functional analysis.
-
Pinababang Representasyon ng Bisulfite Sequencing (RRBS)
Ang pananaliksik sa DNA methylation ay palaging isang mainit na paksa sa pananaliksik sa sakit, at malapit na nauugnay sa pagpapahayag ng gene at mga pheno-typic na katangian.Ang RRBS ay isang tumpak, mahusay at matipid na pamamaraan para sa pananaliksik sa DNA methylation.Ang pagpapayaman ng promoter at mga rehiyon ng isla ng CpG sa pamamagitan ng enzymatic cleavage (Msp I), na sinamahan ng Bisulfite sequencing, ay nagbibigay ng mataas na resolution ng DNA methylation detection.
Platform: Plataporma ng Illumina NovaSeq
-
Prokaryotic mRNA sequencing
Ang pagkakasunud-sunod ng mRNA ay nagbibigay ng kapangyarihan sa komprehensibong pag-profile ng lahat ng mga transcript ng mRNA sa loob ng mga cell sa ilalim ng mga partikular na kundisyon.Ang makabagong teknolohiyang ito ay nagsisilbing isang makapangyarihang kasangkapan, na naglalahad ng masalimuot na mga profile ng expression ng gene, mga istruktura ng gene, at mga mekanismo ng molekular na nauugnay sa magkakaibang biological na proseso.Malawakang pinagtibay sa pangunahing pananaliksik, klinikal na diagnostic, at pagpapaunlad ng gamot, ang pagkakasunud-sunod ng mRNA ay nag-aalok ng mga insight sa mga intricacies ng cellular dynamics at genetic regulation.Ang aming prokaryotic mRNA sample processing ay iniakma para sa prokaryotic transcriptomes, na kinasasangkutan ng rRNA depletion at directional library preparation.
Platform: Illumina NovaSeq X
