-
Single-nucleus RNA Sequencing
Ang advance sa single cell capturing at individual library construction technique na pinagsama sa high-throughput sequencing ay nagbibigay-daan sa pag-aaral ng gene expression sa cell-by-cell na batayan.Nagbibigay-daan ito ng mas malalim at kumpletong pagsusuri ng system sa mga kumplikadong populasyon ng cell, kung saan higit nitong iniiwasan ang pag-mask ng kanilang heterogeneity sa pamamagitan ng pagkuha ng average ng lahat ng mga cell.
Gayunpaman, ang ilang mga cell ay hindi angkop na gawin sa single-cell suspension, kaya iba pang mga sample na paraan ng paghahanda - ang nucleus extraction mula sa mga tissue ay kailangan, iyon ay, ang nucleus ay direktang kinuha mula sa mga tissue o cell at inihanda sa single-nucleus suspension para sa single- pagkakasunud-sunod ng cell.
Nagbibigay ang BMK ng 10× Genomics ChromiumTM based na single-cell RNA sequencing service.Ang serbisyong ito ay malawakang ginagamit sa mga pag-aaral sa mga pag-aaral na may kaugnayan sa sakit, tulad ng immune cell differentiation, tumor heterogeneity, tissue development, atbp.
Spatial transcriptome chip: 10× Genomics
Platform: Plataporma ng Illumina NovaSeq
-
Plant/Animal Whole Genome Sequencing
Ang buong genome re-sequencing, na kilala rin bilang WGS, ay nagbibigay-daan sa pagbubunyag ng parehong karaniwan at bihirang mutasyon sa buong genome kabilang ang Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure variation (SV), at Copy Number Variation (CNV). ).Ang mga SV ay bumubuo ng mas malaking bahagi ng base ng pagkakaiba-iba kaysa sa mga SNP at may mas malaking epekto sa genome, na may malaking epekto sa mga buhay na organismo.Nagbibigay-daan ang long-read resequencing para sa mas tumpak na pagkakakilanlan ng malalaking fragment at kumplikadong variation dahil ang mahabang pagbabasa ay ginagawang mas madali ang chromosomal crossing sa mga kumplikadong rehiyon gaya ng tandem repeats, GC/AT-rich region, at hyper-variable regions.
Platform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
Ang spatial transcriptomics ay nangunguna sa makabagong siyentipiko, na nagbibigay ng kapangyarihan sa mga mananaliksik na suriin ang masalimuot na mga pattern ng pagpapahayag ng gene sa loob ng mga tisyu habang pinapanatili ang kanilang spatial na konteksto.Sa gitna ng iba't ibang platform, binuo ng BMKGene ang BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip, na ipinagmamalaki ang isangpinahusay na resolutionng 5µM, na umaabot sa subcellular range, at nagpapaganamga setting ng multi-level na resolution.Ang S1000 chip, na nagtatampok ng humigit-kumulang 2 milyong mga spot, ay gumagamit ng mga microwell na pinahiran ng mga kuwintas na puno ng mga spatially barcoded capture probe.Ang isang library ng cDNA, na pinayaman ng mga spatial na barcode, ay inihanda mula sa S1000 chip at pagkatapos ay pinagsunod-sunod sa platform ng Illumina NovaSeq.Tinitiyak ng kumbinasyon ng mga spatially barcoded sample at UMI ang katumpakan at pagiging tiyak ng data na nabuo.Ang natatanging katangian ng BMKManu S1000 chip ay nakasalalay sa versatility nito, na nag-aalok ng mga multi-level na setting ng resolution na maaaring maayos na ibagay sa iba't ibang mga tissue at antas ng detalye.Ang kakayahang umangkop na ito ay nagpoposisyon sa chip bilang isang natatanging pagpipilian para sa magkakaibang pag-aaral ng spatial transcriptomics, na tinitiyak ang tumpak na spatial clustering na may kaunting ingay.
Gamit ang BMKManu S1000 chip at iba pang mga spatial transcriptomics na teknolohiya, ang mga mananaliksik ay makakakuha ng mas mahusay na pag-unawa sa spatial na organisasyon ng mga cell at sa mga kumplikadong molekular na pakikipag-ugnayan na nagaganap sa loob ng mga tisyu, na nagbibigay ng napakahalagang mga insight sa mga mekanismong pinagbabatayan ng mga biological na proseso sa isang malawak na hanay ng mga larangan, kabilang ang oncology, neuroscience, developmental biology, immunology at botanical studies.
Platform: BMKManu S1000 chip at Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Ang spatial transcriptomics ay isang makabagong teknolohiya na nagbibigay-daan sa mga mananaliksik na magsiyasat ng mga pattern ng pagpapahayag ng gene sa loob ng mga tisyu habang pinapanatili ang kanilang spatial na konteksto.Ang isang malakas na platform sa domain na ito ay ang 10x Genomics Visium kasama ng pagkakasunud-sunod ng Illumina.Ang prinsipyo ng 10X Visium ay nakasalalay sa isang espesyal na chip na may itinalagang lugar ng pagkuha kung saan inilalagay ang mga seksyon ng tissue.Ang lugar ng pagkuha na ito ay naglalaman ng mga barcoded spot, bawat isa ay tumutugma sa isang natatanging spatial na lokasyon sa loob ng tissue.Ang mga nakuhang molekula ng RNA mula sa tissue ay nilalagyan ng mga natatanging molecular identifier (UMIs) sa panahon ng reverse transcription process.Ang mga barcoded spot at UMI na ito ay nagbibigay-daan sa tumpak na spatial mapping at quantification ng gene expression sa isang solong-cell na resolution.Tinitiyak ng kumbinasyon ng mga spatially barcoded sample at UMI ang katumpakan at pagiging tiyak ng data na nabuo.Sa pamamagitan ng paggamit ng teknolohiyang ito ng Spatial Transcriptomics, ang mga mananaliksik ay makakakuha ng mas malalim na pag-unawa sa spatial na organisasyon ng mga cell at ang mga kumplikadong molekular na interaksyon na nagaganap sa loob ng mga tisyu, na nag-aalok ng napakahalagang mga insight sa mga mekanismong pinagbabatayan ng mga biological na proseso sa maraming larangan, kabilang ang oncology, neuroscience, developmental biology, immunology , at botanikal na pag-aaral.
Platform: 10X Genomics Visium at Illumina NovaSeq
-
Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore
Habang ang pagkakasunud-sunod ng mRNA na nakabase sa NGS ay nagsisilbing isang maraming nalalaman na tool para sa dami ng expression ng gene, ang pag-uumasa nito sa mga maikling pagbabasa ay naghihigpit sa pagiging epektibo nito sa mga kumplikadong pagsusuri sa transcriptomic.Ang pagkakasunud-sunod ng nanopore, sa kabilang banda, ay gumagamit ng teknolohiyang matagal nang nabasa, na nagpapagana sa pagkakasunud-sunod ng mga full-length na mRNA transcript.Pinapadali ng diskarteng ito ang isang komprehensibong pag-explore ng alternatibong splicing, gene fusions, poly-adenylation, at ang quantification ng mRNA isoforms.
Ang pagkakasunud-sunod ng nanopore ay umaasa sa nanopore single-molecule real-time na electrical signal.Ginagabayan ng mga protina ng motor, ang double-stranded na DNA ay nagbubuklod sa mga nanopore na protina na naka-embed sa isang biofilm, na nakakapagpapahinga habang dumadaan ito sa nanopore channel sa ilalim ng pagkakaiba ng boltahe.Ang mga natatanging electrical signal na nabuo ng iba't ibang base sa DNA strand ay nakita at inuri sa real-time, na nagpapadali sa tumpak at tuluy-tuloy na nucleotide sequencing.Ang makabagong diskarte na ito ay nagtagumpay sa mga limitasyon sa maikling pagbasa at nagbibigay ng isang dinamikong plataporma para sa masalimuot na pagsusuri ng genomic, kasama ang mga kumplikadong transcriptomic na pag-aaral.
Platform: Nanopore Promethion P48
-
Full-length mRNA sequencing -PacBio
Habang ang pagkakasunud-sunod ng mRNA na nakabatay sa NGS ay isang maraming nalalaman na tool para sa pagbibilang ng expression ng gene, ang pag-uumasa nito sa maiikling pagbabasa ay naghihigpit sa paggamit nito sa mga kumplikadong transcriptomic na pagsusuri.Ang PacBio sequencing (Iso-Seq), sa kabilang banda, ay gumagamit ng matagal na nabasa na teknolohiya, na nagpapagana sa pagkakasunud-sunod ng mga full-length na mRNA transcript.Ang diskarte na ito ay nagpapadali sa isang komprehensibong paggalugad ng alternatibong splicing, gene fusions at poly-adenylation bagaman hindi ito ang pangunahing pagpipilian para sa dami ng expression ng gene, dahil sa mataas na halaga ng data na kinakailangan.
Ang teknolohiya ng sequencing ng PacBio ay umaasa sa single-molecule, real-time (SMRT) sequencing, na nagbibigay ng natatanging kalamangan sa pagkuha ng mga full-length na mRNA transcript.Ang makabagong diskarte na ito ay nagsasangkot ng paggamit ng mga zero-mode waveguides (ZMWs), mga microfabricated na balon na nagbibigay-daan sa real-time na pagmamasid sa aktibidad ng DNA polymerase sa panahon ng sequencing.Sa loob ng mga ZMW na ito, ang DNA polymerase ng PacBio ay nag-synthesize ng isang komplementaryong strand ng DNA, na bumubuo ng mahabang pagbabasa na sumasaklaw sa kabuuan ng mga transcript ng mRNA.Ang pagpapatakbo ng PacBio sa Circular Consensus sequencing (CCS) mode ay nagpapahusay ng katumpakan sa pamamagitan ng paulit-ulit na pagkakasunud-sunod sa parehong molekula.Ang nabuong HiFi reads ay may katumpakan na maihahambing sa NGS, na higit na nag-aambag sa isang komprehensibo at maaasahang pagsusuri ng mga kumplikadong tampok na transcriptomic.Platform: PacBio Sequel II
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
Ang pagkakasunud-sunod ng mRNA ay nagbibigay ng kapangyarihan sa komprehensibong pag-profile ng lahat ng mga transcript ng mRNA sa loob ng mga cell sa ilalim ng mga partikular na kundisyon.Ang makabagong teknolohiyang ito ay nagsisilbing isang makapangyarihang kasangkapan, na naglalahad ng masalimuot na mga profile ng expression ng gene, mga istruktura ng gene, at mga mekanismo ng molekular na nauugnay sa magkakaibang biological na proseso.Malawakang pinagtibay sa pangunahing pananaliksik, klinikal na diagnostic, at pagpapaunlad ng gamot, ang pagkakasunud-sunod ng mRNA ay nag-aalok ng mga insight sa mga intricacies ng cellular dynamics at genetic regulation.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Non-Reference based mRNA Sequencing-Illumina
Ang pagkakasunud-sunod ng mRNA ay nagbibigay ng kapangyarihan sa komprehensibong pag-profile ng lahat ng mga transcript ng mRNA sa loob ng mga cell sa ilalim ng mga partikular na kundisyon.Ang makabagong teknolohiyang ito ay nagsisilbing isang makapangyarihang kasangkapan, na naglalahad ng masalimuot na mga profile ng expression ng gene, mga istruktura ng gene, at mga mekanismo ng molekular na nauugnay sa magkakaibang biological na proseso.Malawakang pinagtibay sa pangunahing pananaliksik, klinikal na diagnostic, at pagpapaunlad ng gamot, ang pagkakasunud-sunod ng mRNA ay nag-aalok ng mga insight sa mga intricacies ng cellular dynamics at genetic regulation.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Mahabang non-coding sequencing-Illumina
Ang mga long non-coding RNAs (lncRNAs) ay mga RNA na mas mahaba sa 200 nucleotides na nagtataglay ng minimal na coding potential at mga pivotal elements sa loob ng non-coding RNA.Natagpuan sa nucleus at cytoplasm, ang mga RNA na ito ay gumaganap ng mga mahahalagang tungkulin sa epigenetic, transcriptional, at post-transcriptional na regulasyon, na binibigyang-diin ang kanilang kahalagahan sa paghubog ng mga proseso ng cellular at molekular.Ang LncRNA sequencing ay isang makapangyarihang tool sa Cell differentiation, Ontogenesis, at Human disease.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Maliit na RNA sequencing-Illumina
Ang maliliit na molekula ng RNA (sRNA), karaniwang wala pang 200 nucleotide ang haba, ay kinabibilangan ng mga microRNA (miRNAs), maliliit na interfering RNA (siRNAs), at mga piwi-interacting RNA (piRNAs).Kabilang sa mga ito, ang mga miRNA, sa paligid ng 20-24 nucleotides ang haba, ay partikular na kapansin-pansin para sa kanilang mga pivotal na tungkulin sa regulasyon sa iba't ibang mga proseso ng cellular.Sa mga pattern ng expression na tukoy sa tissue at tukoy sa yugto, ang mga miRNA ay nagpapakita ng mataas na konserbasyon sa iba't ibang species.
Platform: Illumina NovaSeq
-
circRNA sequencing-Illumina
Ang circular RNA sequencing (circRNA-seq) ay ang pag-profile at pag-analisa ng mga circular RNA, isang klase ng RNA molecules na bumubuo ng mga closed loops dahil sa mga non-canonical splicing event, na nagbibigay sa RNA na ito ng mas mataas na stability.Habang ang ilang mga circRNA ay ipinakita na kumikilos bilang mga microRNA na sponge, nagse-sequest ng mga microRNA at pinipigilan ang mga ito sa pag-regulate ng kanilang mga target na mRNA, ang ibang mga circRNA ay maaaring makipag-ugnayan sa mga protina, baguhin ang expression ng gene, o may mga tungkulin sa mga proseso ng cellular.Ang pagsusuri sa expression ng circRNA ay nagbibigay ng mga pananaw sa mga tungkulin ng regulasyon ng mga molekulang ito at ang kanilang kahalagahan sa iba't ibang mga proseso ng cellular, yugto ng pag-unlad, at mga kondisyon ng sakit, na nag-aambag sa isang mas malalim na pag-unawa sa pagiging kumplikado ng regulasyon ng RNA sa konteksto ng expression ng gene.
-
Buong transcriptome sequencing - Illumina
Ang buong transcriptome sequencing ay nag-aalok ng komprehensibong diskarte sa pag-profile ng magkakaibang molekula ng RNA, na sumasaklaw sa parehong coding (mRNA) at non-coding RNAs (lncRNA, circRNA, at miRNA).Kinukuha ng diskarteng ito ang buong transcriptome ng mga partikular na cell sa isang partikular na sandali, na nagbibigay-daan para sa isang holistic na pag-unawa sa mga proseso ng cellular.Kilala rin bilang "kabuuang pagkakasunud-sunod ng RNA," nilalayon nitong ipakita ang masalimuot na mga network ng regulasyon sa antas ng transcriptome, na nagpapagana ng malalim na pagsusuri tulad ng nakikipagkumpitensyang endogenous RNA (ceRNA) at pinagsamang pagsusuri sa RNA.Ito ay nagmamarka ng paunang hakbang patungo sa functional characterization, lalo na sa pag-unrave ng mga regulatory network na kinasasangkutan ng circRNA-miRNA-mRNA-based na mga pakikipag-ugnayan ng ceRNA.
