Mga produkto

Plant/Animal Whole Genome Sequencing

Halaman/Animal Whole Genome Sequencing Itinatampok na Larawan

Ang buong genome re-sequencing, na kilala rin bilang WGS, ay nagbibigay-daan sa pagbubunyag ng parehong karaniwan at bihirang mutasyon sa buong genome kabilang ang Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure variation (SV), at Copy Number Variation (CNV). ).Ang mga SV ay bumubuo ng mas malaking bahagi ng base ng pagkakaiba-iba kaysa sa mga SNP at may mas malaking epekto sa genome, na may malaking epekto sa mga buhay na organismo.Nagbibigay-daan ang long-read resequencing para sa mas tumpak na pagkakakilanlan ng malalaking fragment at kumplikadong variation dahil ang mahabang pagbabasa ay ginagawang mas madali ang chromosomal crossing sa mga kumplikadong rehiyon gaya ng tandem repeats, GC/AT-rich region, at hyper-variable regions.

Platform: Illumina, PacBio, Nanopore

Makipag-ugnayan sa amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Resulta ng Demo

Itinatampok na Publication

1.Mga Kalamangan sa Serbisyo

Malawak na karanasan sa genome sequencing para sa higit sa 1000 species.

Higit sa 800 na-publish na mga kaso na may accumulative effect factor na higit sa 4000.

Comprehensive bioinformatics analysis sa variation calling at function analysis.

2. Mga Detalye ng Serbisyo

Platform		Aklatan	Inirerekumendang seq depth
Illumina		PE 150	Para sa SNP, tumatawag ang InDel ≥ 10x Para sa SV, CNY ang pagtawag ≥ 30x
Nanopore		8 kb	Para sa SV, CNY na tumatawag ≥ 20x
Pacbio	CCS	15 kb	Para sa SNP, InDel, SV, CNY na pagtawag ≥ 10x

3. Mga Sample na Kinakailangan

Platform		Conc.(ng/μL)	Halaga (ng)	Kadalisayan		Agarose gel
				OD260/280	OD260/230	1. I-clear ang pangunahing banda na walang o limitadonaobserbahan ang pagkasira sa gel. 2. Wala o limitadong kontaminasyon ng RNA o protina
Illumina		≥1	≥30	-	-
Nanopore		≥30	Depende sa data yield 10μg/cell	1.7-2.2	≥1.5
Pacbio	CCS	≥50		1.7-2.2	1.8-2.5

4. Pagsusuri ng Bioinformation

5. Daloy ng Trabaho sa Serbisyo

Paghahatid ng sample

Pagkuha ng DNA

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri sa datos

Paghahatid ng data

Nakaraan: BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome

Susunod: Single-nucleus RNA Sequencing

1) Mga Istatistika ng Genome Mapping

Talahanayan 1 Mga istatistika ng resulta ng pagmamapa

Figure 1 Distribution ng insert size at reads coverage.

2) Variate Detection

Figure 2 Mga istatistika at anotasyon ng SNP/INDEL/SV sa mga Sample

Figure 3 Genome-wide distribution ng vatiations

3) Functional na anotasyon ng mga variation

2019	Mga komunikasyon sa kalikasan	Ang whole-genome resequencing ay nagpapakita ng Brassica napus na pinagmulan at genetic loci na kasangkot sa pagpapabuti nito
2020	PNAS	Ang ebolusyonaryong pinagmulan at kasaysayan ng domestication ng goldpis (Carassius auratus)
2021	Plant Biotechnology Journal	Reference genome ng dalawang nilinang jute species
2021	Plant Biotechnology Journal	Mga genomic na lagda ng gulay at oilseed allopolyploid Brassicajuncea at genetic loci na kumokontrol sa akumulasyon ng glucosinolates
2019	Molecular Plant	Ang whole-genome resequencing ng isang pandaigdigang koleksyon ng mga rapeseed accession ay nagpapakita ng genetic na batayan ng kanilang ecotype divergence
2022	Pananaliksik sa Hortikultura	Ang pagsusuri ng asosasyon sa buong genome ay nagbibigay ng mga molecular insight sa natural na pagkakaiba-iba ng laki ng buto ng pakwan
2021	Journal ng Eksperimental na Botany	Ang pag-aaral ng asosasyon sa buong genome ay kinikilala ang mga variant ng GhSAD1 na nagbibigay ng malamig na pagpapaubaya sa koton
2021	Journal ng Eksperimental na Botany	Ang pag-aaral ng asosasyon sa buong genome at paghahambing ng transcriptome ay nagpapakita ng nobelang QTL at mga gen ng kandidato na kumokontrol sa laki ng talulot sa rapeseed