Ang pagsusuri ng genome ng Seadragon ay nagbibigay ng mga insight sa phenotype nito at locus ng pagpapasiya ng kasarian

GENOME EVOLUTION

Genome De novo
Assembly|Pagpapasiya ng kasarian Ang buong pagkakasunud-sunod na mga gawa at bahagyang bioinformatic na serbisyo ay ibinigay ng Biomarker Techonologies.

Abstract

“Kasama sa iconic na phenotype ng seadragons ang mga appendage na parang dahon, walang ngipin na tubular na bibig, at pagbubuntis ng lalaki na kinasasangkutan ng pagpapapisa ng mga fertilized na itlog sa isang bukas na "brood patch."Namin ang mga de novo-sequenced na mga genome ng lalaki at babae ng karaniwang seadragon (Phyllopteryx taeniolatus) at ang malapit na nauugnay na species nito, ang alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Ang mga profile ng transkripsyon mula sa isang evolutionary novelty, ang mga appendage na tulad ng dahon, ay nagpapakita na ang isang set ng mga gene na karaniwang kasangkot sa pag-develop ng palikpik ay na-co-opted pati na rin ang pagpapayaman ng mga tran script para sa potensyal na pag-aayos ng tissue at immune defense na mga gene.Ang zebrafish mutants para sa scpp5, na nawala sa lahat ng syngnathids, ay natagpuang kulang o may deformed pharyngeal teeth, na sumusuporta sa hypothesis na ang pagkawala ng scpp5 ay nag-ambag sa pagkawala ng ngipin sa syngnathids.Natukoy ang isang putative sex-determining locus na naka-encode ng isang male-specific na amhr2y gene na ibinahagi ng karaniwang seadragon at alligator pipefish. ”

Mga materyales at pamamaraan:

Mga materyales

Fang aming karaniwang seadragon (P. taeniolatus) at dalawang alligator pipefish (S. biaculeatus) mga specimen.Dalawang karaniwang seadragon (isang lalaki at isang babae) at dalawang alligator pipefish (isang lalaki at isang babae) na indibidwal ang ginamit para sa whole-genome sequencing, at dalawang iba pang lalaki na karaniwang seadragon na indibidwal ang ginamit para sa genome resequencing.

Diskarte sa Genome Sequencing

270/350 bp library (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) o Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).sequencing, at dalawang iba pang male common seadragon na indibidwal ang ginamit para sa genome resequencing.

Transcriptome Sequencing

Fo karaniwang nakolekta ang seadragon, utak, mata, hasang, atay, puso, bato, mesentery, bituka, kalamnan, palikpik, balat, dahon, testis, at obaryo.

Diskarte sa pagpupulong ng Genome de novo

Canu (Correction) + WTDBG2 (Assembly) + Pilon(Polish) + Lachesis (Hi-C).

Pangunahing Resulta

Fig. 1. Mga pangunahing tampok ng karaniwang seadragon (P. taeniolatus) at ang alligator pipefish (S. biaculeatus) at ang kanilang mga phylogenetic na posisyon.

Fig.-2.-Morpolohiya-at-genetic-makeup-of-the-leaf-like-appendages-in-the-common-seadragon-P

Fig. 2. Morpolohiya at genetic makeup ng mala-dahon na mga appendage sa karaniwang seadragon (P. taeniolatus).

Fig.-3.-Putative-sex-determination-gene-in-the-common-seadragon-P.-taeniolatus-and-the-alligator-pipefish-S.-biaculeatus

Fig. 3. Putative sex determination gene sa karaniwang seadragon (P. taeniolatus) at ang alligator pipefish (S. biaculeatus).

Fig. 4. Pharyngeal tooth phenotypes sa zebrafish scpp5 homozygous mutants.

Sanggunian

Qu M, Liu Y, Zhang Y, et al.Ang pagsusuri ng genome ng Seadragon ay nagbibigay ng mga insight sa phenotype nito at locus ng pagpapasiya ng kasarian.Sci Adv.2021;7(34):eabg5196.Na-publish noong 2021 Agosto 18. doi:10.1126/sciadv.abg5196

Oras ng post: Ene-08-2022

Balita

GENOME EVOLUTION

Genome De novo
Assembly|Pagpapasiya ng kasarian Ang buong pagkakasunud-sunod na mga gawa at bahagyang bioinformatic na serbisyo ay ibinigay ng Biomarker Techonologies.

Abstract

Mga materyales at pamamaraan:

Mga materyales

Diskarte sa Genome Sequencing

Transcriptome Sequencing

Diskarte sa pagpupulong ng Genome de novo

Pangunahing Resulta

Fig. 1. Mga pangunahing tampok ng karaniwang seadragon (P. taeniolatus) at ang alligator pipefish (S. biaculeatus) at ang kanilang mga phylogenetic na posisyon.

Fig. 2. Morpolohiya at genetic makeup ng mala-dahon na mga appendage sa karaniwang seadragon (P. taeniolatus).

Fig. 3. Putative sex determination gene sa karaniwang seadragon (P. taeniolatus) at ang alligator pipefish (S. biaculeatus).

Fig. 4. Pharyngeal tooth phenotypes sa zebrafish scpp5 homozygous mutants.

Sanggunian

Qu M, Liu Y, Zhang Y, et al.Ang pagsusuri ng genome ng Seadragon ay nagbibigay ng mga insight sa phenotype nito at locus ng pagpapasiya ng kasarian.Sci Adv.2021;7(34):eabg5196.Na-publish noong 2021 Agosto 18. doi:10.1126/sciadv.abg5196

Ipadala ang iyong mensahe sa amin:

Balita

GENOME EVOLUTION

Genome De novoAssembly|Pagpapasiya ng kasarian Ang buong pagkakasunud-sunod na mga gawa at bahagyang bioinformatic na serbisyo ay ibinigay ng Biomarker Techonologies.

Abstract

Mga materyales at pamamaraan:

Mga materyales

Diskarte sa Genome Sequencing

Transcriptome Sequencing

Diskarte sa pagpupulong ng Genome de novo

Pangunahing Resulta

Fig. 1. Mga pangunahing tampok ng karaniwang seadragon (P. taeniolatus) at ang alligator pipefish (S. biaculeatus) at ang kanilang mga phylogenetic na posisyon.

Fig. 2. Morpolohiya at genetic makeup ng mala-dahon na mga appendage sa karaniwang seadragon (P. taeniolatus).

Fig. 3. Putative sex determination gene sa karaniwang seadragon (P. taeniolatus) at ang alligator pipefish (S. biaculeatus).

Fig. 4. Pharyngeal tooth phenotypes sa zebrafish scpp5 homozygous mutants.

Sanggunian

Qu M, Liu Y, Zhang Y, et al.Ang pagsusuri ng genome ng Seadragon ay nagbibigay ng mga insight sa phenotype nito at locus ng pagpapasiya ng kasarian.Sci Adv.2021;7(34):eabg5196.Na-publish noong 2021 Agosto 18. doi:10.1126/sciadv.abg5196

Ipadala ang iyong mensahe sa amin:

Genome De novo
Assembly|Pagpapasiya ng kasarian Ang buong pagkakasunud-sunod na mga gawa at bahagyang bioinformatic na serbisyo ay ibinigay ng Biomarker Techonologies.