Balita

Ang transposable element (TE) amplification ay kinilala bilang isang puwersang nagtutulak na namamagitan sa pagpapalawak at ebolusyon ng laki ng genome, ngunit ang mga kahihinatnan para sa paghubog ng 3D genomic architecture ay nananatiling higit na hindi kilala sa mga halaman.Dito, nag-uulat kami ng reference-grade genome assemblies para sa tatlong species ng cotton na may tatlong beses na laki ng genome, laloGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), atG. raimondii(D5), gamit ang Oxford Nanopore Technologies.Ang mga pagsusuri sa paghahambing na genome ay nagdodokumento ng mga detalye ng pagpapalaki ng TE na partikular sa linya na nag-aambag sa malalaking pagkakaiba sa laki ng genome (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), at nagpapahiwatig ng medyo natipid na nilalaman ng gene at mga relasyon ng synteny sa mga genome.Natagpuan namin na humigit-kumulang 17% ng mga syntenic genes ang nagpapakita ng pagbabago sa katayuan ng chromatin sa pagitan ng mga aktibo ("A") at hindi aktibo ("B") na mga compartment, at ang TE amplification ay nauugnay sa pagtaas ng proporsyon ng A compartment sa mga rehiyon ng gene (~ 7,000 genes ) sa K2 at A2 na may kaugnayan sa D5.42% lamang ng mga hangganan ng topologically associating domain (TAD) ang na-conserve sa tatlong genome.Ang aming data ay nagpapahiwatig ng kamakailang pagpapalakas ng mga TE kasunod ng pagbuo ng mga hangganan ng TAD na tukoy sa lahi.Ang pag-aaral na ito ay nagbibigay-liwanag sa papel ng transposon-mediated genome expansion sa ebolusyon ng mas mataas na pagkakasunud-sunod na istraktura ng chromatin sa mga halaman.