-
Metagenomic Sequencing (NGS)
Ang metagenome ay tumutukoy sa isang koleksyon ng kabuuang genetic na materyal ng isang halo-halong komunidad ng mga organismo, tulad ng environmental metagenome, human metagenome, atbp. Naglalaman ito ng mga genome ng parehong cultivatable at uncultivatable microorganisms.Ang metagenomic sequencing ay isang molekular na tool na ginagamit upang pag-aralan ang pinaghalong genomic na materyales na nakuha mula sa mga sample ng kapaligiran, na nagbibigay ng detalyadong impormasyon sa pagkakaiba-iba at kasaganaan ng mga species, istraktura ng populasyon, phylogenetic na relasyon, functional na mga gene at correlation network na may mga kadahilanan sa kapaligiran.
Platform:Illumina NovaSeq6000
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Ang metagenomics ay isang molecular tool na ginagamit upang pag-aralan ang pinaghalong genomic na materyales na nakuha mula sa mga sample ng kapaligiran, na nagbibigay ng detalyadong impormasyon sa pagkakaiba-iba at kasaganaan ng mga species, istraktura ng populasyon, phylogenetic na relasyon, functional na mga gene at network ng ugnayan na may mga kadahilanan sa kapaligiran, atbp. Ang mga platform ng pagkakasunud-sunod ng Nanopore ay ipinakilala kamakailan. sa metagenomic studies.Ang pambihirang pagganap nito sa haba ng pagbasa ay higit na pinahusay ang down stream metagenomic analysis, lalo na ang metagenome assembly.Ang pagkuha ng mga bentahe ng read-length, Nanopore-based metagenomic na pag-aaral ay nakakamit ng mas tuluy-tuloy na pagpupulong kumpara sa shot-gun metagenomics.Nai-publish na ang Nanopore-based metagenomics ay matagumpay na nakabuo ng kumpleto at saradong bacterial genome mula sa microbiomes (Moss, EL, et. al,Kalikasan Biotech, 2020)
Platform:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Ang subunit sa 16S at 18S rRNA na naglalaman ng parehong lubos na conserved at hyper-variable na mga rehiyon ay isang perpektong molecular fingerprint para sa prokaryotic at eukaryotic organism identification.Sinasamantala ang pagkakasunud-sunod, ang mga amplicon na ito ay maaaring ma-target batay sa mga conserved na bahagi at ang mga hyper-variable na rehiyon ay maaaring ganap na mailalarawan para sa microbial identification na nag-aambag sa mga pag-aaral na sumasaklaw sa microbial diversity analysis, taxonomy, phylogeny, atbp. Single-molecule real-time(SMRT ) ang pagkakasunud-sunod ng platform ng PacBio ay nagbibigay-daan sa pagkuha ng napakatumpak na mahabang pagbabasa, na maaaring sumasakop sa mga full-length na amplicon (tinatayang 1.5 Kb).Ang lumawak na pagtingin sa genetic field ay lubos na nagpahusay sa resolution sa anotasyon ng species sa bacteria o fungi community.
Platform:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Ang 16S/18S/ITS amplicon sequencing ay naglalayong ipakita ang kasaganaan ng phylogeny, taxonomy, at species sa isang microbial na komunidad sa pamamagitan ng pagsisiyasat sa mga PCR na produkto ng housekeeping genetic marker na naglalaman ng parehong mga bahaging lubos na pinag-uusapan at hypervariable.Ang pagpapakilala ng perpektong molekular na fingerprint na ito ni Woeses et al,(1977) ay nagbibigay ng kapangyarihan sa isolation-free microbiome profiling.Ang pagkakasunud-sunod ng 16S (bacteria), 18S (fungi) at Internal na na-transcribe na spacer(ITS, fungi) ay nagbibigay-daan sa pagtukoy ng parehong masaganang species pati na rin ang mga bihirang at hindi natukoy na mga species.Ang teknolohiyang ito ay naging malawakang ginagamit at pangunahing tool sa pagtukoy ng differential microbial composition sa iba't ibang kapaligiran, tulad ng bibig ng tao, bituka, dumi, atbp.
Platform:Illumina NovaSeq6000
-
Bacterial at Fungal Whole Genome Re-sequencing
Ang bacterial at fungal whole genome re-sequencing ay isang kritikal na tool para kumpletuhin ang mga genome ng kilalang bacterium at fungi, pati na rin ang pagkumpara ng maraming genome o para mag-map ng mga genome ng mga bagong organismo.Napakahalaga ng pagkakasunud-sunod ng buong genome ng bacterium at fungi upang makabuo ng mga tumpak na reference na genome, upang gawin ang microbial identification at iba pang mga comparative genome studies.
Platform:Illumina NovaSeq 6000
-
Fungal Genome
Nagbibigay ang Biomarker Technologies ng genome survey, fine genome at pene-complete genome ng fungal depende sa partikular na layunin ng pananaliksik.Ang pagkakasunud-sunod ng genome, pagpupulong at functional na anotasyon ay maaaring makamit sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng Next-generation sequencing + Third generation sequencing upang makamit ang mataas na antas ng genome assembly.Ang teknolohiyang Hi-C ay maaari ding gamitin upang mapadali ang pagpupulong ng genome sa antas ng chromosome.
Platform:PacBio Sequel II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Bakterya Kumpletong Genome
Nagbibigay ang Biomarker Technologies ng sequencing service sa pagbuo ng kumpletong genome ng bacteria na may zero gap.Ang pangunahing daloy ng trabaho ng bacteria na kumpletong genome construction ay kinabibilangan ng third generation sequencing, assembly, functional annotation at advanced bioinformatic analysis na tumutupad sa mga partikular na layunin ng pananaliksik.Ang isang mas komprehensibong profiling ng bacteria genome ay nagbibigay ng kapangyarihan sa pagbubunyag ng mga pangunahing mekanismo na pinagbabatayan ng kanilang mga biological na proseso, na maaari ding magbigay ng mahalagang sanggunian para sa genomic na pananaliksik sa mas mataas na eukaryotic species
Platform:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio Sequel II
