Hi-C based na Genome Assembly
Mga Kalamangan sa Serbisyo
Pangkalahatang-ideya ng Hi-C
(Lieberman-Aiden Et al.,Agham, 2009)
● Hindi na kailangan sa pagbuo ng genetic na populasyon para sa contig anchoring;
● Mas mataas na marker density na humahantong sa mas mataas na contigs anchoring ratio sa itaas ng 90%;
● Pinapagana ang pagsusuri at pagwawasto sa mga kasalukuyang genome assemblies;
● Mas maikling turn-around time na may mas mataas na katumpakan sa genome assembly;
● Masaganang karanasan sa mahigit 1000 Hi-C library na ginawa para sa mahigit 500 species;
● Higit sa 100 matagumpay na mga kaso na may accumulative published impact factor na higit sa 760;
● Hi-C based genome assembly para sa polyploid genome, 100% anchoring rate ay nakamit sa nakaraang proyekto;
● Mga in-house na patent at software copyright para sa mga eksperimento sa Hi-C at pagsusuri ng data;
● Self-developed visualized data tuning software, nagbibigay-daan sa manual block moving, reversing, revoking at redoing.
Mga Detalye ng Serbisyo
|
Uri ng Aklatan
|
Platform | Haba ng Pagbasa | Magrekomenda ng Diskarte |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Pagsusuri ng bioinformatics
● Kontrol sa kalidad ng raw data
● Hi-C library quality control
● Hi-C based genome assembly
● Pagsusuri pagkatapos ng pagpupulong
Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid
Mga Sample na Kinakailangan:
| Hayop | Halamang-singaw | Mga halaman
|
| Frozen tissue: 1-2g bawat library Mga cell: 1x 10^7 cell bawat library | Frozen tissue: 1g bawat library | Frozen tissue: 1-2g bawat library
|
| *Lubos naming inirerekomenda ang pagpapadala ng hindi bababa sa 2 aliquot (1 g bawat isa) para sa eksperimento sa Hi-C. | ||
Inirerekomendang Paghahatid ng Sample
Lalagyan: 2 ml centrifuge tube (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Para sa karamihan ng mga sample, inirerekumenda namin na huwag itago sa ethanol.
Sample na pag-label: Ang mga sample ay kailangang malinaw na may label at magkapareho sa isinumiteng sample na form ng impormasyon.
Pagpapadala: Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay muna sa mga bag at ibaon sa dry-ice.
Daloy ng Trabaho ng Serbisyo
Eksperimento na disenyo
Paghahatid ng sample
Pagkuha ng DNA
Paggawa ng aklatan
Pagsusunod-sunod
Pagsusuri sa datos
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
*Ang mga resulta ng demo na ipinakita dito ay mula sa mga genome na na-publish gamit ang Biomarker Technologies
1.Hi-C interaction heat map ngCamptotheca acuminatagenome.Tulad ng ipinapakita sa mapa, ang intensity ng mga pakikipag-ugnayan ay negatibong nauugnay sa linear na distansya, na nagpapahiwatig ng isang napaka-tumpak na chromosome-level na pagpupulong.(Angkla ratio: 96.03%)
Kang M et al.,Komunikasyon sa Kalikasan, 2021
Pinadali ng 2.Hi-C ang pagpapatunay ng mga inversion sa pagitanGossypium hirsutumL. TM-1 A06 atG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Komunikasyon ng Kalikasan, 2019
3.Assembly at biallelic differentiation ng cassava genome SC205.Ang Hi-C heatmap ay nagpakita ng malinaw na paghahati sa mga homologous chromosome.
Hu W et al.,Molecular Plant, 2021
4.Hi-C heatmap sa dalawang Ficus species genome assembly:F.microcarpa(angkla ratio: 99.3%) atF.hispida (anchoring ratio: 99.7%)
Zhang X et al.,Cell, 2020
Kaso ng BMK
Ang Mga Genome ng Banyan Tree At Pollinator Wasp ay Nagbibigay ng Mga Insight sa Fig-wasp Coevolution
Nai-publish: Cell, 2020
Diskarte sa pagkakasunud-sunod:
F. microcarpa genome: Tinatayang.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenome: Tinatayang.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenome: Tinatayang.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Mga pangunahing resulta
1. Dalawang banyan tree genome at isang pollinator wasp genome ang ginawa gamit ang PacBio sequencing, Hi-C at linkage map.
(1)F. microcarpagenome: Isang pagpupulong na 426 Mb (97.7% ng tinantyang laki ng genome) ay itinatag na may contig N50 na 908 Kb, BUSCO na marka ng 95.6%.Sa kabuuan ng 423 Mb na pagkakasunud-sunod ay naka-angkla sa 13 chromosome ng Hi-C.Ang genome annotation ay nagbunga ng 29,416 protein-coding genes.
(2)F. Hispidagenome: Isang pagpupulong na 360 Mb (97.3% ng tinantyang laki ng genome) ay nagbunga na may contig N50 na 492 Kb at BUSCO na marka na 97.4%.Isang kabuuan ng 359 Mb na mga pagkakasunud-sunod ay naka-angkla sa 14 na chromosome ng Hi-C at lubos na magkapareho sa high-density linkage map.
(3)Eupristina verticillatagenome: Isang pagpupulong na 387 Mb (Tinantyang laki ng genome: 382 Mb) ay itinatag na may contig N50 na 3.1 Mb at BUSCO na marka na 97.7%.
2. Ang paghahambing na pagsusuri ng genomics ay nagsiwalat ng malaking bilang ng mga pagkakaiba-iba ng istraktura sa pagitan ng dalawaFicusgenome, na nagbigay ng napakahalagang genetic resource para sa adaptive evolution studies.Ang pag-aaral na ito, sa unang pagkakataon, ay nagbigay ng mga insight sa Fig-wasp coevolution sa genomic-level.
 Circos diagram sa genomic features ng dalawaFicusgenome, kabilang ang mga chromosome, segmental duplications (SDs), transposon(LTR, TEs, DNA TEs), gene expression at synteny |  Pagkilala sa Y chromosome at gene ng kandidato sa pagpapasiya ng kasarian |
Zhang, X. , et al."Ang mga Genome ng Banyan Tree at Pollinator Wasp ay Nagbibigay ng Mga Insight sa Fig-Wasp Coevolution."Cell 183.4(2020).
