-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Nagbibigay ang ChIP-Seq ng genome-wide profiling ng mga target ng DNA para sa pagbabago ng histone, transcription factor, at iba pang mga protinang nauugnay sa DNA.Pinagsasama nito ang selectivity ng chromatin immuno-precipitation (ChIP) para mabawi ang mga partikular na protina-DNA complex, na may kapangyarihan ng next-generation sequencing (NGS) para sa high-throughput sequencing ng na-recover na DNA.Bilang karagdagan, dahil ang mga protina-DNA complex ay nakuhang muli mula sa mga buhay na selula, ang mga nagbubuklod na site ay maaaring ihambing sa iba't ibang uri ng cell at mga tisyu, o sa ilalim ng iba't ibang mga kondisyon.Ang mga aplikasyon ay mula sa transcriptional regulation hanggang sa developmental pathways hanggang sa mga mekanismo ng sakit at higit pa.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Buong genome bisulfite sequencing
Ang DNA methylation sa ikalimang posisyon sa cytosine (5-mC) ay may pangunahing impluwensya sa pagpapahayag ng gene at aktibidad ng cellular.Ang mga abnormal na pattern ng methylation ay nauugnay sa ilang mga kondisyon at sakit, tulad ng cancer.Ang WGBS ay naging pamantayang ginto para sa pag-aaral ng genome-wide methylation sa solong base resolution.
Platform: Illumina NovaSeq6000
-
Assay para sa Transposase-Accessible Chromatin na may High Throughput Sequencing (ATAC-seq)
Ang ATAC-seq ay isang high-throughput sequencing method para sa pagsusuri ng genome-wide chromatin accessibility, na mahalaga para sa pandaigdigang epigenetic control ng gene expression.Ang mga sequencing adapter ay ipinapasok sa mga bukas na rehiyon ng chromatin sa pamamagitan ng hyperactive Tn5 transposase.Pagkatapos ng PCR amplification, gagawa ng sequencing library.Ang lahat ng mga bukas na rehiyon ng chromatin ay maaaring makuha sa ilalim ng isang partikular na kondisyon ng space-time, hindi lamang limitado sa mga nagbubuklod na site ng isang transcription factor, o isang partikular na histone modified na rehiyon.
-
Pinababang Representasyon ng Bisulfite Sequencing (RRBS)
Ang pananaliksik sa DNA methylation ay palaging isang mainit na paksa sa pananaliksik sa sakit, at malapit na nauugnay sa pagpapahayag ng gene at mga pheno-typic na katangian.Ang RRBS ay isang tumpak, mahusay at matipid na pamamaraan para sa pananaliksik sa DNA methylation.Ang pagpapayaman ng promoter at mga rehiyon ng isla ng CpG sa pamamagitan ng enzymatic cleavage (Msp I), na sinamahan ng Bisulfite sequencing, ay nagbibigay ng mataas na resolution ng DNA methylation detection.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
