●Mga Platform:Illumina NovaSeq 6000, NovaSeq , HiSeq X Ten at BGI-DNB-T7
●Mga mode ng pagkakasunud-sunod:PE50, PE100, PE150, PE250
●Kontrol sa kalidad ng mga aklatan bago ang pagkakasunud-sunod
●Pagsusunod-sunod ng paghahatid ng data at QC:paghahatid ng QC report at raw data sa fastq na format pagkatapos ng demultiplexing at pag-filter ng Q30 reads.
●Kakayahan ng mga serbisyo ng Sequencing:maaaring piliin ng customer na mag-sequence ayon sa lane, flow cell o dami ng data.
●Kakayahan ng mga platform:Ang mga aklatan ng DNB ay maaaring ilipat sa mga platform ng Illumina
●Malawak na karanasan sa platform ng pagkakasunud-sunod ng Illumina:na may libu-libong saradong proyekto na may iba't ibang uri ng hayop.
●Paghahatid ng sequencing na ulat ng QC:na may mga sukatan ng kalidad, katumpakan ng data at pangkalahatang pagganap ng sequencing project.
●Mature na proseso ng sequencing:na may maikling turn-around time.
●Mahigpit na Kontrol sa Kalidad: nagpapatupad kami ng mahigpit na mga kinakailangan sa QC upang magarantiya ang paghahatid ng patuloy na mataas na kalidad na mga resulta.
Dami ng Data (X) | Konsentrasyon (qPCR/nM) | Dami |
X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 20 μl |
50 Gb ≤ X < 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 20 μl |
X ≥ 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 20 μl |
Platform | Konsentrasyon (qPCR/nM) | Dami |
HiSeq X Ten | ≥ 2 nM | ≥ 20 μl |
NovaSeq 6000 SP | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
NovaSeq 6000 S4 | ≥ 1.5 nM | ≥ 25 μl |
NovaSeq X | ≥ 1.5 nM | ≥ 25 μl |
BGI-DNBSEQ-T7 | ≥ 1.5 nM | ≥ 25 μl |
Bilang karagdagan sa konsentrasyon at kabuuang halaga, kinakailangan din ang angkop na peak pattern.
Ang isang ulat sa kalidad ng aklatan ay ibinibigay bago ang pagkakasunud-sunod, pagtatasa ng halaga ng aklatan, at pagkakapira-piraso.
Talahanayan 1. Mga istatistika sa sequencing data.
Sample ID | BMKID | Mga hilaw na nabasa | Raw Data (bp) | Malinis na nabasa (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
C_01 | BMK_01 | 22,870,120 | 6,861,036,000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
C_02 | BMK_02 | 14,717,867 | 4,415,360,100 | 96.00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
Figure 1. Pamamahagi ng kalidad kasama ang mga nabasa sa bawat sample
Larawan 2. Batayang pamamahagi ng nilalaman
Figure 3. Distribusyon ng mga binasang nilalaman sa sequencing data