Mga produkto

Full-length mRNA sequencing -PacBio

De novofull-length transcriptome sequencing, na kilala rin bilangDe novoKinukuha ng Iso-Seq ang mga bentahe ng PacBio sequencer sa haba ng pagbasa, na nagbibigay-daan sa pagkakasunud-sunod ng buong-haba na mga molekula ng cDNA nang walang anumang mga break.Ito ay ganap na nag-iwas sa anumang mga error na nabuo sa mga hakbang sa pagpupulong ng transcript at bumubuo ng mga unigene set na may resolusyon sa antas ng isoform.Ang unigene set na ito ay nagbibigay ng makapangyarihang genetic na impormasyon bilang "reference genome" sa transcriptome-level.Bilang karagdagan, kasama ang susunod na henerasyong data ng pagkakasunud-sunod, binibigyang kapangyarihan ng serbisyong ito ang isang tumpak na dami ng pagpapahayag sa antas ng isoform.

Platform: PacBio Sequel II

Aklatan: SMRT bell library

Makipag-ugnayan sa amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Mga Resulta ng Demo

Pag-aaral ng Kaso

Mga Kalamangan sa Serbisyo

● Direktang read-out ng full-length na molekula ng cDNA mula 3'- dulo hanggang 5'- dulo

● Iso-form level resolution sa sequence structure

● Mga transcript na may mataas na katumpakan at integridad

● Lubos na katugma sa mga species ng vaiours

● Malaking sequencing capacity na may 4 na PacBio Sequel II sequencing platform na nilagyan

● Lubos na may karanasan sa higit sa 700 na nakabatay sa Pacbio na mga proyekto sa pagkakasunud-sunod ng RNA

● Paghahatid ng resulta na nakabatay sa BMKCloud: Available sa platform ang customized na data-mining.

● Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta na may bisa sa loob ng 3 buwan pagkatapos makumpleto ang proyekto

Mga Detalye ng Serbisyo

Platform: PacBio Sequel II

Sequencing library: Poly A- enriched mRNA library

Inirerekomendang yield ng data: 20 Gb/sample (Depende sa species)

FLNC（%）： ≥75%

*FLNC: Full-length non-chimeric transcipts

Pagsusuri ng bioinformatics

● Raw data processing

● Transcript identification

● Estruktura ng pagkakasunud-sunod

● Pagbibilang ng Expression

● Function Annotation

Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid

Mga Sample na Kinakailangan:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

Halaga (μg)

Kadalisayan

Integridad

≥ 120

≥ 0.6

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Limitado o walang protina o kontaminasyon ng DNA na ipinapakita sa gel.

Para sa mga halaman: RIN≥7.5;

Para sa mga hayop: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

limitado o walang baseline elevation

Tissue: Timbang(tuyo):≥1 g
*Para sa tissue na mas maliit sa 5 mg, inirerekomenda naming magpadala ng flash frozen(sa liquid nitrogen) sample ng tissue.

Suspensyon ng cell:Bilang ng cell = 3×10⁶- 1×10⁷
*Inirerekomenda naming ipadala ang frozen cell lysate.Kung sakaling mas maliit ang cell na iyon sa 5×10⁵, inirerekomenda ang flash frozen sa liquid nitrogen, na mas mainam para sa micro extraction.

Sampol ng dugo:Dami≥1 mL

Microorganism:Mass ≥ 1 g

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

Lalagyan:
2 ml centrifuge tube (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Sample na pag-label: Pangkat+kopya hal. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Pagpapadala:

1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga bag at ibaon sa dry-ice.
2. RNAstable tubes: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa RNA stabilization tube(hal. RNAstable®) at ipadala sa room temperature.

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Eksperimento na disenyo

Paghahatid ng sample

Pagkuha ng RNA

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri sa datos

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Nakaraan: Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina

Susunod: Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore

1.Pamamahagi ng haba ng FLNC

Ang haba ng full-length na non-chimeric read(FLNC) ay nagpapahiwatig ng haba ng cDNA sa pagtatayo ng library.Ang pamamahagi ng haba ng FLNC ay isang mahalagang tagapagpahiwatig sa pagsusuri ng kalidad ng pagtatayo ng aklatan.

mRNA-FLNC-read-length-distribution

FLNC read length distribution

2. Kumpletuhin ang pamamahagi ng haba ng rehiyon ng ORF

Gumagamit kami ng TransDecoder upang mahulaan ang mga rehiyon ng coding ng protina at kaukulang mga sequence ng amino acid upang makabuo ng mga unigene set, na naglalaman ng kumpletong hindi kalabisan na impormasyon ng transcript sa lahat ng mga sample.

mRNA-Complete-ORF-length-distribution

Kumpletuhin ang pamamahagi ng haba ng rehiyon ng ORF

3.KEGG pathway enrichment analysis

Ang mga differentially expressed transcript (DETs) ay maaaring matukoy sa pamamagitan ng pag-align ng NGS-based RNA sequencing data sa mga full-length na transcript set na nabuo ng PacBio sequencing data.Ang mga DET na ito ay maaaring higit pang maproseso para sa iba't ibang functional analysis, hal. KEGG pathway enrichment analysis.

mRNA-DEG-KEGG-pathway-enrichment

DET KEGG pathway enrichment -Dot plot

Kaso ng BMK

Ang dinamika ng pag-unlad ng Populus stem transcriptome

Nai-publish: Plant Biotechnology Journal, 2019

Diskarte sa pagkakasunud-sunod:
Sample ng koleksyon:mga rehiyon ng stem: tugatog, unang internode(IN1), pangalawang internode(IN2), pangatlong internode(IN3), internode(IN4) at internode(IN5) mula sa Nanlin895
NGS-sequence:Ang RNA ng 15 indibidwal ay pinagsama bilang isang biological sample.Tatlong biological na mga replika ng bawat puntos ang naproseso para sa pagkakasunud-sunod ng NGS
TGS-sequence:Ang mga rehiyon ng stem ay nahahati sa tatlong rehiyon, ie apex, IN1-IN3 at IN4-IN5.Ang bawat rehiyon ay naproseso para sa PacBio sequencing na may apat na uri ng mga aklatan: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb at 3-10 kb.

Mga pangunahing resulta

1. May kabuuang 87150 full-length na transcript ang natukoy, kung saan, 2081 novel isoform at 62058 novel alternative spliced isoform ang natukoy.
Natukoy ang 2.1187 lncRNA at 356 fusion genes.
3.Mula sa pangunahing paglaki hanggang sa pangalawang paglago, natukoy ang 15838 mga transcript na naiiba ang ipinahayag mula sa 995 na mga gene na naiiba ang ipinahayag.Sa lahat ng mga DEG, 1216 ay mga salik ng transkripsyon, na karamihan ay hindi pa naiulat.
4. Ang pagsusuri sa pagpapayaman ng GO ay nagsiwalat ng kahalagahan ng paghahati ng cell at proseso ng pagbabawas ng oksihenasyon sa pangunahin at pangalawang paglaki.