Comparative Genomics
Mga Kalamangan sa Serbisyo
● Comprehensive analysis package, na naglalaman ng walong pinakakaraniwang kinakailangang pagsusuri
● Mataas na pagiging maaasahan sa pagsusuri na may detalyado at madaling maunawaan na interpretasyon sa mga resulta
● Mahusay na idinisenyong handa-sa-i-publish na mga numero
● Ang koponan ng bioinformatics na may mataas na kasanayan ay tumutupad sa iba't ibang mga personalized na kahilingan sa pagsusuri
● Mas maikling turn-around time na may mas mataas na katumpakan sa pagsusuri
● Masaganang karanasan sa mahigit 90 matagumpay na kaso na may accumulative published impact factor na mahigit 900
Mga Detalye ng Serbisyo
| Tinatayang oras ng turn-around | Bilang ng mga species | Nagsusuri |
| 30 araw ng trabaho | 6 - 12 | Kumpol ng pamilya ng Gene Pagpapalawak at pagliit ng pamilya ng Gene Konstruksyon ng phylogenetic tree Pagtatantya ng oras ng divergence (kinakailangan ang pag-calibrate ng fossil) Oras ng pagpapasok ng LTR (Para sa mga halaman) Buong genome duplication (Para sa mga halaman) Pinili na presyon Pagsusuri ng synteny |
Pagsusuri ng bioinformatics
● Pamilya ng Gene
● Phylogenetics
● Oras ng divergence
● Selective pressure
● Pagsusuri ng synteny
Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid
Mga Sample na Kinakailangan:
Tissue o DNA para sa genome sequencing at assembly
Para sa Tissue
| Mga species | Tissue | Survey | PacBio CCS |
| Hayop | Visceral tissue | 0.5 ~ 1g | ≥ 3.5g |
| tissue ng kalamnan | |||
| ≥ 5.0g | |||
| ≥ 5.0mL | |||
| Dugo ng mammalian | |||
| ≥ 0.5mL | |||
| Dugo ng manok/isda | |||
| Halaman | Sariwang Dahon | 1 ~ 2g | ≥ 5.0g |
| Petal/Stem | 1 ~ 2g | ≥ 10.0g | |
| Ugat/Buhi | 1 ~ 2g | ≥ 20.0g | |
| Mga cell | Kultura na cell | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Genome sequence files(.fasta) at annotation file (.gff3) ng malapit na nauugnay na species
Daloy ng Trabaho ng Serbisyo
Eksperimento na disenyo
Paghahatid ng sample
Paggawa ng aklatan
Pagsusunod-sunod
Pagsusuri sa datos
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
*Ang mga resulta ng demo na ipinakita dito ay mula sa mga genome na na-publish gamit ang Biomarker Technologies
1.LTR insert time estimation: Nagpakita ang figure ng kakaibang bimodal distribution sa mga LTR-RT na oras ng pagpapasok sa Weining rye genome, kumpara sa ibang species.Ang pinakahuling peak ay lumitaw sa paligid ng 0.5 milyong taon na ang nakalilipas.
Li Guang et al.,Genetika ng Kalikasan, 2021
2. Phylogeny at gene family analysis on chayote (Sechium edule): Sa pamamagitan ng pagsusuri sa chayote at sa iba pang 13 kaugnay na species sa gene family, ang Chayote ay napag-alamang may malapit na kaugnayan sa snake gourd (Trichosanthes anguina).Chayote na nagmula sa snake gourd sa paligid ng 27-45 Mya at buong genome duplication(WGD) ay na-obserbahan sa chayote sa 25±4 Mya, na siyang pangatlong kaganapan sa WGD sa cucuibitaceae.
Fu A et al.,Pananaliksik sa Hortikultura, 2021
3. Synteny analysis: Ang ilang mga gene na nauugnay sa phytohormones sa pagbuo ng prutas ay natagpuan sa chayote, snake gourd at squash.Ang ugnayan sa pagitan ng chayote at squash ay bahagyang mas mataas kaysa sa pagitan ng chayote at snake gourd.
Fu A et al.,Pananaliksik sa Hortikultura, 2021
4.Pagsusuri ng pamilya ng gene: Ang pagpapayaman ng KEGG sa pagpapalawak at pag-urong ng pamilya ng gene sa mga genome ng G.thurberi at G.davidsonii ay nagpakita na ang mga gene na nauugnay sa biosynthesis ng steroid at brassinosteroid biosynthesis ay pinalawak.
Yang Z et al.,BMC Biology, 2021
5. Buong genome duplication analysis: 4DTV at Ks distribution analysis ay nagpakita ng buong genome duplication na kaganapan.Ang mga taluktok ng mga intraspecies ay nagpakita ng mga kaganapan sa pagdoble.Mga taluktok ng mga interspecies na ipinakita ng mga kaganapan sa speciation.Ipinahiwatig ng pagsusuri na ang paghahambing sa iba pang tatlong malapit na nauugnay na species, ang O. europaea ay dumaan sa isang malaking sukat na pagdoble ng gene kamakailan.
Rao G et al.,Pananaliksik sa Hortikultura, 2021
Kaso ng BMK
Rosas na walang prickle: genomic insight na nauugnay sa moisture adaptation
Nai-publish: Pagsusuri sa Pambansang Agham, 2021
Diskarte sa pagkakasunud-sunod:
'Yung kay BasyeWalang tinik' (R.Wichurainan) genome:
Tinatayang93 X PacBio + tinatayang.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Mga pangunahing resulta
1. Ang mataas na kalidad na R.wichuraiana genome ay ginawa gamit ang matagal nang nabasa na mga diskarte sa pagkakasunud-sunod, na nagbubunga ng isang pagpupulong na 530.07 Mb (Ang tinantyang laki ng genome ay humigit-kumulang 525.9 Mb sa pamamagitan ng flow cytometry at 525.5 sa pamamagitan ng genome survey; Heterozygosity ay nasa paligid ng 1.03%).Ang tinantyang marka ng BUSCO ay 93.9%.Kung ikukumpara sa "Old blush" (haploOB), ang kalidad at pagkakumpleto ng genome na ito ay nakumpirma ng base single-base accuracy at LTR assembly index (LAI=20.03).Ang genome ng R.wichuraiana ay naglalaman ng 32,674 na mga gen ng coding ng protina.
2.Multi-omics joint analysis, na binubuo ng comparative genomics, transcriptomics, QTL analysis ng genetic population, ay nagsiwalat ng mahalagang speciation sa pagitan ng R. wichuraiana at Rosa chinensis.Gayundin, ang pagkakaiba-iba ng expression ng mga kaugnay na gen sa QTL ay malamang na maiugnay sa patterning ng stem prickle.
Ang paghahambing na anasis ng genomics sa pagitan ng Basye;s Thornless at Rosa chinensis kabilang ang pagsusuri ng synteny, kumpol ng pamilya ng gene, pagsusuri sa pagpapalawak at pag-ikli, ay nagsiwalat ng malaking bilang ng mga variation, na nauugnay sa mahahalagang katangian ng mga rosas.Ang natatanging pagpapalawak sa NAC at FAR1/FRS gene family ay malamang na maiugnay sa paglaban sa black spot.
Comparative genomics analysis sa pagitan ng BT at haploOB genome.
Zhong, M. , et al."Rose na walang prickle: genomic insight na nauugnay sa moisture adaptation"Pagsusuri sa Pambansang Agham, 2021;, nwab092.
