Mga produkto

circRNA sequencing-Illumina

Ang circular RNA sequencing (circRNA-seq) ay ang pag-profile at pag-analisa ng mga circular RNA, isang klase ng RNA molecules na bumubuo ng mga closed loops dahil sa mga non-canonical splicing event, na nagbibigay sa RNA na ito ng mas mataas na stability.Habang ang ilang mga circRNA ay ipinakita na kumikilos bilang mga microRNA na sponge, nagse-sequest ng mga microRNA at pinipigilan ang mga ito sa pag-regulate ng kanilang mga target na mRNA, ang ibang mga circRNA ay maaaring makipag-ugnayan sa mga protina, baguhin ang expression ng gene, o may mga tungkulin sa mga proseso ng cellular.Ang pagsusuri sa expression ng circRNA ay nagbibigay ng mga pananaw sa mga tungkulin ng regulasyon ng mga molekulang ito at ang kanilang kahalagahan sa iba't ibang mga proseso ng cellular, yugto ng pag-unlad, at mga kondisyon ng sakit, na nag-aambag sa isang mas malalim na pag-unawa sa pagiging kumplikado ng regulasyon ng RNA sa konteksto ng expression ng gene.

Makipag-ugnayan sa amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Bioinformatics

Mga Resulta ng Demo

Mga Tampok na Lathalain

Mga tampok

● pag-ubos ng rRNA na sinusundan ng paghahanda ng direksyon ng library, na nagpapagana ng data ng sequencing na partikular sa strand.

● Ang bioinformatic workflow ay nagbibigay-daan sa circRNA prediction at expression quantification

Mga Kalamangan sa Serbisyo

●Mas komprehensibong RNA library:gumagamit kami ng rRNA depletion sa halip na linear RNA depletion sa aming pre-library preparation, na tinitiyak na ang sequencing data ay kasama hindi lamang ang circRNA kundi pati na rin ang mRNA at lncRNA, na nagpapagana ng pinagsamang pagsusuri sa mga dataset na ito

●Opsyonal na pagsusuri ng mapagkumpitensyang endogenous RNA (ceRNA) network: pagbibigay ng mas malalim na mga insight sa mga mekanismo ng regulasyon ng cellular

●Malawak na Dalubhasa: na may track record ng pagpoproseso ng mahigit 20,000 sample sa BMK, na sumasaklaw sa magkakaibang uri ng sample at mga proyekto ng lncRNA, ang aming team ay nagdadala ng maraming karanasan sa bawat proyekto.

●Mahigpit na Kontrol sa Kalidad: nagpapatupad kami ng mga pangunahing control point sa lahat ng yugto, mula sa paghahanda ng sample at library hanggang sa sequencing at bioinformatics.Tinitiyak ng maselang pagsubaybay na ito ang paghahatid ng patuloy na mataas na kalidad na mga resulta.

● Suporta sa Post-Sales: Ang aming pangako ay umaabot nang lampas sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta.Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na nauugnay sa mga resulta.

Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid

Aklatan	Platform	Inirerekomendang data	Data QC
Poly A enriched	Illumina PE150	16-20 Gb	Q30≥85%

Mga Sample na Kinakailangan:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

Halaga (μg)

Kadalisayan

Integridad

≥ 100

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Limitado o walang protina o kontaminasyon ng DNA na ipinapakita sa gel.

Para sa mga halaman: RIN≥6.5;

Para sa mga hayop: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

limitado o walang baseline elevation

● Mga halaman:

Root, Stem o Petal: 450 mg

Dahon o Binhi: 300 mg

Prutas: 1.2 g

● Hayop:

Puso o Bituka: 450 mg

Viscera o Utak: 240 mg

Kalamnan: 600 mg

Mga buto, Buhok o Balat: 1.5g

● Mga Arthropod:

Mga Insekto: 9g

Crustacea: 450 mg

● Buong dugo:2 tubo

● Mga cell: 10⁶mga selula

● Serum at Plasma: 6 ML

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

Lalagyan: 2 ml centrifuge tube (Hindi inirerekomenda ang tin foil)

Sample na pag-label: Pangkat+kopya hal. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Pagpapadala:

1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga bag at ibaon sa dry-ice.

2. RNAstable tubes: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa RNA stabilization tube(hal. RNAstable®) at ipadala sa room temperature.

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Eksperimento na disenyo

Paghahatid ng sample

Pagkuha ng RNA

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri sa datos

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Nakaraan: Buong transcriptome sequencing - Illumina

Susunod: Maliit na RNA sequencing-Illumina

Bioinformatics

hula ng circRNA: pamamahagi ng chromosomal

Differentially Expressed circRNAs – Volcano plot

Differentially Expressed circRNAs – hierarchical clustering

Functional enrichment ng mga host genes ng circRNA

Galugarin ang mga pagsulong sa pananaliksik na pinadali ng mga serbisyo ng circRNA sequencing ng BMKGene sa pamamagitan ng na-curate na koleksyon ng mga publikasyon.

Wang, X. et al.(2021) 'Kinukontrol ng CPSF4 ang pagbuo ng circRNA at ang microRNA mediated gene silencing sa hepatocellular carcinoma', Oncogene 2021 40:25, 40(25), pp. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.

Xia, K. et al.(2023) 'Ang X oo-responsive transcriptome ay nagpapakita ng papel ng pabilog na RNA133 sa paglaban sa sakit sa pamamagitan ng pag-regulate ng pagpapahayag ng OsARAB sa bigas', Phytopathology Research, 5(1), pp. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.

Y, H. et al.(2023) 'Pinagbabago ng CPSF3 ang balanse ng mga pabilog at linear na transcript sa hepatocellular carcinoma'.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.

Zhang, Y. et al.(2023) 'Komprehensibong pagsusuri ng mga circRNA sa cirrhotic cardiomyopathy bago at pagkatapos ng paglipat ng atay', International Immunopharmacology, 114, p.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.