1) Sub-cellular resolution: Ang bawat capture area ay naglalaman ng >2 million spatial Barcoded Spots na may diameter na 2.5 µm at isang spacing na 5 µm sa pagitan ng mga spot center, na nagpapagana ng spatial transcriptome analysis na may sub-cellular resolution (5 µm).
2) Multi-level resolution analysis: Flexible multi-level analysis mula 100 μm hanggang 5 μm para malutas ang magkakaibang feature ng tissue sa pinakamainam na resolution.
3) Comprehensive transcriptome profiling: Maaaring masuri ang mga transcript na nakuha mula sa buong tissue slide, nang walang paghihigpit sa bilang ng mga target na gene at target na lugar.
Aklatan | Diskarte sa pagkakasunud-sunod | Inirerekomenda ang Output ng Data |
S1000 cDNA library | BMKMANU S1000-Illumina PE150 | 60Gb/sample |
Sample | Numero | Sukat | Kalidad ng RNA |
OCT na naka-embed na tissue block | 2-3 bloke/ sample | Tinatayang6.8x6.8x6.8 mm3 | RIN≥7 |
Para sa higit pang mga detalye sa gabay sa paghahanda ng sample at daloy ng trabaho sa serbisyo, mangyaring huwag mag-atubiling makipag-usap sa aDalubhasa sa BMKGENE
Ang data na nabuo ng BMKMANU S1000 ay sinusuri gamit ang software na "BSTMatrix", na independiyenteng idinisenyo ng BMKGENE, kabilang ang:
1) Gene expression matrix generation
2) HE image processing
3) Tugma sa downstream na third-party na software para sa pagsusuri
4) Ang online na "BSTViewer" ay tumutulong upang makakuha ng mga resulta ng visualization sa iba't ibang mga resolusyon.
1.Spot clustering
2.Spatial na pamamahagi
Note: Resolusyonantas=13 (100 µm, umalis); 7 (50 µm, tama)
3.Heatmap ng clustering ng clustering ng kasaganaan ng expression ng marker
4. Inter-sample na pagsusuri ng data