Deňeşdirme genomikasy sözüň doly manysynda dürli genleriň yzygiderliligini we gurluşlaryny deňeşdirmegi aňladýar.Bu ders, dürli görnüşleri gorap saklaýan ýa-da tapawutlandyrýan yzygiderlilik gurluşlaryny we elementlerini kesgitlemek arkaly genleriň derejesinde ewolýusiýany, gen funksiýasyny, gen kadalaşdyryş mehanizmini ýüze çykarmagy maksat edinýär.Adaty deňeşdirme genomika gözleginde gen maşgalasyndaky analizler, ewolýusiýa ösüşi, genleriň tutuşlygyna köpelmegi, saýlama basyş we ş.m.