-
Metagenomiki yzygiderlilik-Nanopore
Metagenomika, daşky gurşawyň nusgalaryndan alnan garyşyk genom materiallaryny seljermek üçin ulanylýan molekulýar guraldyr, görnüşleriň dürlüligi we bolçulygy, ilatyň gurluşy, filogenetik gatnaşygy, funksional genler we daşky gurşaw faktorlary bilen korrelýasiýa ulgamy we ş.m. barada jikme-jik maglumat berýän Nanopore yzygiderli platformalary. metagenomiki gözleglere.Okalýan uzynlykdaky ajaýyp ýerine ýetiriş, esasan metagenom ýygnanyşygynyň aşaky akym metagenomiki derňewini güýçlendirdi.Okalýan uzynlygyň artykmaçlyklaryndan peýdalanyp, Nanopore esasly metagenomiki gözleg, ýaragly metagenomika bilen deňeşdirilende has üznüksiz ýygnanyşyga ýetmegi başarýar.Nanopore esasly metagenomikanyň mikrobiomalardan doly we ýapyk bakterial genomlaryny üstünlikli döredendigi (Moss, EL we ş.m.,Tebigat biotehniki, 2020)
Platforma ：Nanopore PromethION P48
-
Bütin genom bisul fi yzygiderliligi
Sitosiniň (5-mC) bäşinji orunda DNK metilizasiýasy geniň aňladylyşyna we öýjükli işjeňlige düýpli täsir edýär.Anormal metilizasiýa nagyşlary, düwnük ýaly birnäçe şertler we keseller bilen baglanyşyklydyr.WGBS ýeke-täk esasy ölçegde genom giň metilizasiýany öwrenmek üçin altyn standart boldy.
Platforma: Illumina NovaSeq6000
-
Transokary geçiş yzygiderliligi bilen transpozaza elýeterli hromatin üçin analiz (ATAC-seq)
ATAC-seq, geniň aňladylyşyna global epigenetiki gözegçilik üçin möhüm bolan genom giň hromatin elýeterliligini derňemek üçin ýokary geçiş yzygiderliligi usulydyr.Yzygiderli adapterler giperaktiw Tn5 transposaza arkaly açyk hromatin sebitlerine girizilýär.PCR güýçlendirilenden soň yzygiderli kitaphana gurulýar.Openhli açyk hromatin sebitlerini diňe bir transkripsiýa faktorynyň hökmany ýerleri ýa-da belli bir giston üýtgedilen sebiti bilen çäklenmän, belli bir wagt şertinde alyp bolýar.
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S we 18S rRNA-da ýokary konserwirlenen we aşa üýtgeýän sebitleri öz içine alýan subunit, prokaryotik we eukariotik organizmleri kesgitlemek üçin ajaýyp molekulýar barmak yzydyr.Yzygiderlilikden peýdalanyp, bu amplikonlar konserwirlenen böleklere esaslanyp nyşana alnyp bilner we mikroblaryň dürlüligini seljermek, taksonomiýa, filogeniýa we ş.m. öz içine alýan barlaglara goşant goşýan giper üýtgeýän sebitler doly häsiýetlendirilip bilner. ) “PacBio” platformasynyň yzygiderliligi, doly uzynlykdaky amplikonlary (takmynan 1,5 Kb) örtüp bilýän ýokary takyk uzyn okamaga mümkinçilik berýär.Genetiki meýdanyň giň görnüşi bakteriýalarda ýa-da kömelekler jemgyýetinde görnüşleriň düşündirişinde çözgüdi ep-esli ýokarlandyrdy.
Platforma ：PacBio Sequel II
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S / 18S / ITS amplikon yzygiderliligi, ýokary gürleşilýän we ýokary derejeli bölekleri öz içine alýan öý genetiki bellikleriniň PCR önümlerini derňemek arkaly mikrob jemgyýetinde filogeniýany, taksonomiýany we görnüşleriň köplügini ýüze çykarmagy maksat edinýär.Woeses we başganyň (1977) bu ajaýyp molekulýar barmak yzynyň girizilmegi, izolýasiýa erkin mikrobiome profilini güýçlendirýär.16S (bakteriýalar), 18S (kömelekler) we Içerki transkripsiýaly spacer (ITS, kömelekler) yzygiderliligi, köp görnüşi, şeýle hem seýrek we näbelli görnüşleri kesgitlemäge mümkinçilik berýär.Bu tehnologiýa, adamyň agzy, içege, nejis we ş.m. ýaly dürli gurşawda diferensial mikrob düzümini kesgitlemekde giňden ulanylýan we esasy gurala öwrüldi.
Platforma ：Illumina NovaSeq6000
-
Bakterial we kömelekli genomyň yzygiderliligi
Bakterial we kömelekli genomyň gaýtadan yzygiderliligi belli bakteriýalaryň we kömelekleriň genomlaryny tamamlamak, şeýle hem birnäçe genomlary deňeşdirmek ýa-da täze organizmleriň genomlaryny kartalaşdyrmak üçin möhüm guraldyr.Takyk salgylanma genomlaryny döretmek, mikroblary kesgitlemek we beýleki deňeşdirme genom barlaglaryny geçirmek üçin bakteriýalaryň we kömelekleriň ähli genomlaryny yzygiderlilikde yzarlamak möhümdir.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
PacBio-Doly uzynlykdaky transkriptom (salgylanma däl)
Amplicon (16S / 18S / ITS) platformasy, mikroblaryň dürlüligi taslamasynyň derňewinde köp ýyllyk tejribe toplap, standartlaşdyrylan esasy derňewi we şahsylaşdyrylan derňewi öz içine alýar: esasy derňew häzirki mikrob gözlegleriniň esasy derňew mazmunyny öz içine alýar, derňew mazmuny baý we giňişleýin, we derňew netijeleri taslama hasabatlary görnüşinde berilýär;Şahsylaşdyrylan derňewiň mazmuny dürli-dürli.Nusgalar saýlanyp bilner we şahsylaşdyrylan talaplary durmuşa geçirmek üçin esasy derňew hasabatyna we gözleg maksadyna görä parametrler çeýe düzülip bilner.Windows operasiýa ulgamy, ýönekeý we çalt.
-
PacBio-Doly uzynlykdaky transkriptom (salgylanma däl)
“Pacific Biosciences” (PacBio) “Isoform” yzygiderli maglumatlary giriş hökmünde kabul edip, bu programma doly uzynlykdaky transkripsiýa yzygiderliligini kesgitläp bilýär (gurnamazdan).Salgy genomyna garşy doly uzynlykly yzygiderliligi düzmek bilen, transkripsiýalary belli genler, transkripsiýalar, kodlaýyş sebitleri we ş.m. optimizirläp bolýar, bu ýagdaýda alternatiw bölüniş we ş.m. ýaly mRNA gurluşlaryny has takyk kesgitlemek mümkin.NGS transkriptom yzygiderliligi maglumatlary bilen bilelikde seljerme has giňişleýin düşündiriş bermäge we transkripsiýa derejesinde has takyk kesgitlemäge mümkinçilik berýär, bu esasan aşaky diferensial aňlatma we funksional derňew üçin peýdalydyr.
-
Wekilçiligiň azalmagy Bisulfit yzygiderliligi (RRBS)
DNK metilizasiýa gözlegleri kesel gözleglerinde elmydama gyzgyn tema bolup, gen aňlatmasy we feno-tipiki aýratynlyklar bilen ýakyndan baglanyşyklydyr.RRBS DNK metilizasiýa gözlegleri üçin takyk, täsirli we tygşytly usul.Öndürijiniň we CpG adalarynyň sebitlerini ferment bölünişi bilen baýlaşdyrmak, Bisulfit yzygiderliligi bilen bilelikde ýokary çözgütli DNK metilizasiýasyny kesgitleýär.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Prokaryotik RNK yzygiderliligi
Prokaryotik RNK yzygiderliligi, üýtgeýän öýjükli transkriptomany seljermek bilen belli bir pursatda RNK-nyň barlygyny we mukdaryny ýüze çykarmak üçin indiki nesil yzygiderliligini (NGS) ulanýar.Kompaniýamyzyň prokaryotik RNK yzygiderliligi, esasan, genomlar bilen prokaryotlary maksat edinýär, transkriptor profilini, gen gurluşynyň derňewini we ş.m. üpjün edýär. Esasy ylym gözleglerinde, neşe gözleglerinde we beýlekilerde giňden ulanyldy.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
