UMUMY Ewolýusiýa
PNAS
Altyn balyklaryň ewolýusiýa gelip çykyşy we öý hojalygy taryhy (Carassius auratus)
PacBio |Illumina |Bionano genom kartasy |Salam-C genom ýygnagy |Genetiki karta |GWAS |RNA-Seq
Iň esasy pursatlar
1.Goldfish genomy ýokary hilli gurnama wersiýasy bilen täzelendi, 50 pseudohromosoma (Scaffold N50 = 31.84 Mb) kontigleriň 95,75% -ini dakdy.Iki sany subgenom aýryldy.
2. Öý hojalygynda saýlama arassalamalaryň umumy sebitleri, 201 adamyň şahsyýet maglumatlaryna laýyk gelýän maglumatlardan kesgitlenildi, öý hojalygynyň aýratynlyklary bilen baglanyşykly bolmagy ähtimal 390-dan gowrak kandidat genini açdy.
3.GWAS öý altyn balyklarynda dorsal fin bilen baglanyşykly bolup biljek 378 kandidat genini ýüze çykardy.Tirozin-belok kinase habarçysy, aç-açanlyk bilen baglanyşykly kandidat sebäbiniň geni hökmünde kesgitlenildi
Maglumat
Altyn balyk (Carassius auratus) gadymy Hytaýda haly karpyndan eldekileşdirilen iň möhüm ekerançylyk balyklaryndan biridir.Olara Çarlz Darwin "Reňkleriň çäksiz dürlüligini geçip, gurluşyň iň üýtgeşik üýtgeşmelerine duş gelýäris" diýip teswir berdiler.Örän dürli-dürli aýratynlyklar we eldekileşdirmegiň we köpeltmegiň uzak taryhy altyn balyklary balyk fiziologiýasy we ewolýusiýasy üçin ajaýyp genetiki model ulgamyna öwürýär.
Üstünlikler
Altyn balyk genomy
J“PacBio” we “Illumina” jübüt ahyrky yzygiderli maglumatlaryň seljermesi başlangyç 1.657 G taslama ýygnagyny berýär (Contig N50 = 474 Kb).Bionano optiki karta döredildi we ýygnanyşygy 1,73 Gb ululykda düzedildi (Takmynan genomyň ululygy: 1.8 Gb).“Hi-C” gurnama, N50 skafini 606 Kb-dan 31,84 Mb-a çenli hasam gowulaşdyrdy we 95,75% -e (1,65 Gb) ugrukdyryldy we labyr tizligini sargyt etdi.Genom 56,251 kodlaşdyryş genini we 10,098 uzyn kodlaşdyrma transkripsiýasyny öz içine alýar.Mundan başga-da, 50 hromosomdan 38 sany potensial merkezi sebit çak edilýärdi.
1-nji surat Altyn balyk genomy
Tgadymy gibridizasiýa hadysasynyň netijesinde ýüze çykan 50 sany altyn balyk hromosomynda subgenomlaryň anyk toplumy ýüze çykaryldy.Altyn balyk bilen Barbinanyň arasynda deňleşdirilen okalýan has köp mukdarda hromosomlar toplumy A (ChrA01 ~ A25), ýagny Barbinae üçin umumy subgenome, galyndylary bolsa B (ChrB01 ~ B25) hökmünde kesgitlenildi.
Öý hojalygy we saýlama süpürişler
Ajemi 16 sany ýabany görnüşli halys karpasy we 185 sany altyn balyk görnüşi, ortaça yzygiderlilik çuňlugy takmynan 12.5X bolup, 4.3 terabaza maglumat döredýär.Filogenetik rekonstruksiýa we PCA seljermesi umumy altyn balyk bilen haçly karpyň arasynda beýleki altyn balyklara garanyňda has ýakyn arabaglanyşygy tassyklady.
LDört sany subpopulýasiýa boýunça çüýremegiň derňewi, öý hojalygynda ilatyň genetiki päsgelçilikleriniň we altyn balyklarda güýçli emeli seçimleriň bardygyny tassyklady.Genetiki dürlüligiň (π) haçly karpdan umumy altyn balyklara, Wen altyn balyklaryna we gumurtga altyn balyklaryna çenli köpelmegi, öýlerinde genetiki üýtgeşmeleriň ep-esli ýygnanandygyny görkezýär.Wekilçilikli maglumatlardan 25.2 Mb we 946 geni öz içine alýan 50 sany saýlama genom sebiti kesgitlenildi (33 sany altyn balyk we 16 sany çig mal).Derňewi 201 adama giňeltmek, 393 gen gutarnykly saýlama süpüriş sebitlerini görkezdi.Bu genler altyn dürlüligiň esasy öý aýratynlyklary bilen baglanyşykly fenotiplere goşant goşan pes dürlüligi tapdy.
3-nji surat Genom bilen öý hojalygyna bagly derňew
Öýde ýasalan altyn balyklarda GWAS
Dorsal fin Wen altyn balyklaryny ýumurtga altyn balyklaryndan tapawutlandyrýan esasy aýratynlykdyr.96 Wen altyn balyk we 87 ýumurtga altyn balyk, GWAS 13 hromosoma ýaýradylan 378 kandidat genini ýüze çykardy we bu genleriň subgenomlaryň arasynda deň däl paýlanyşy ýüze çykdy.Bu kandidat genleri boýunça funksional derňew, “Öýjügiň üstündäki reseptor duýduryşy”, “Transmembranany daşamak”, “Süňk ulgamynyň ösüşi” we ş.m. ýaly biologiki amallary görkezdi.
Öýde ýasalan altyn balyklaryň üstünde GWAS 4-nji surat
In GWAS aç-açan masştab bilen baglanyşykly häsiýetleriň, ýekeje güýçli birleşigiň ýokary derejesi tapyldy.Dalaşgär sebitleriň birinde tirozin-belok kinaz reseptoryny kodlaýan gen kesgitlenildi.
5-nji surat, aç-açan masştab bilen baglanyşykly häsiýetleriň GWAS
Salgylanma
Ctowuk D we ş.m.Altyn balyklaryň ewolýusiýa gelip çykyşy we öý hojalygy taryhy (Carassius auratus).PNAS (2020)
Habarlar Biomarker Technologies bilen iň soňky üstünlikli wakalary paýlaşmagy, täze ylmy üstünlikleri we gözleg wagtynda ulanylýan görnükli usullary ele almagy maksat edinýär.
Iş wagty: -anwar-04-2022