KÖP GENOM TERJIME EDIP BOLANOK
Hytaý ilatynyň gurluş görnüşleri we olaryň fenotiplere, kesellere we ilatyň uýgunlaşmagyna täsiri
Nanopore |PacBio |Bütin genomyň yzygiderliligi |Gurluşyň üýtgemegi çagyryş
Bu gözlegde, “Biomarker Technologies” tarapyndan “Nanopore PromethION” yzygiderliligi üpjün edildi.
Iň esasy pursatlar
Bu gözlegde, Nanopore PromethION platfromynda fenotiplere, kesellere we ewolýusiýa düşünişini çuňlaşdyrýan Nanopore PromethION platfromynda uzak wagtlap okalýan yzygiderliligiň kömegi bilen adam genomynda gurluş üýtgemeleriniň (SV) umumy görnüşi ýüze çykaryldy.
Synag dizaýny
Nusgalar: 68 fenotip we kliniki ölçeg bilen baglanyşykly 405 hytaýly şahsyýetiň (206 erkek we 199 aýal) periferiýa gan leýkositleri.Şahsy adamlaryň arasynda 124 adamyň ata-babalary sebitleri Demirgazyk welaýatlardy, 198 adamyň günortasy, 53-si SouthWest we 30-sy belli däl.
Yzygiderlilik strategiýasy: Nanopore 1D bilen tutuş genom uzak okalýan yzygiderlilik (LRS) we PacBio HiFi okaýar.
Yzygiderlilik platformasy: Nanopore PromethION;PacBio Sequel II
Gurluşyň üýtgemegi çagyryş
Surat 1. SV çagyryşynyň we süzgüçiniň iş tertibi
Esasy üstünlikler
Gurluşyň üýtgeýşini açmak we tassyklamak
Nanopore senesi: “PromethION” yzygiderlilik platformasynda jemi 20,7 Tb arassa okalýar, her nusga üçin ortaça 51 Gb maglumat gazanylýar.17 esse çuňlukda.
Genomyň deňleşdirilmegi (GRCh38): Kartalaşdyrmagyň ortaça derejesi 94.1% -e ýetildi.Orta säwlik derejesi (12,6%), ozalky deňeşdirme gözlegine meňzeýärdi (12,6%) (2b we 2c surat)
Gurluşyň üýtgemegi (SV) çagyryşy: Bu işde ulanylýan SV jaň edijilere Sniffles, NanoVar we NanoSV degişlidir.Confidenceokary ynamly SV-ler azyndan iki jaň ediji tarapyndan kesgitlenýän we çuňlugy, uzynlygy we sebiti boýunça süzgüçler geçirildi.
Her nusgada ortaça 18,489 (15,439-dan 22,505 aralygynda) ýokary ynamly SV-ler kesgitlenildi.(2d, 2e we 2f surat)
Surat 2. Nanopore maglumat bazasy tarapyndan kesgitlenen SV-leriň umumy peýza .y
PacBio tarapyndan barlamak: Bir nusgada kesgitlenen SV-ler (HG002, çaga) PacBio HiFi maglumat bazasy tarapyndan tassyklandy.Nanopore okaýanlaryň has ygtybarly SV kesgitlemesini görkezýän umumy ýalňyş tapyş derejesi (FDR) 3,2% boldy.
Artykmaç SV-ler we genom aýratynlyklary
Gerek däl SV-ler: 67405 DEL, 60,182 INS, 3,956 DUP we 769 INV-ni öz içine alýan ähli nusgalarda SV-leri birleşdirmek arkaly 132,312 sany gereksiz SV-ler toplumy alyndy.(3a surat)
Bar bolan SV maglumat bazalary bilen deňeşdirme: Bu maglumat toplumy neşir edilen TGS ýa-da NGS maglumat toplumy bilen deňeşdirildi.Deňeşdirilen dört maglumat bazasynyň içinde uzak okalýan yzygiderlilik platformasyndan (PacBio) ýeke-täk maglumat toplumy bolan LRS15 bu maglumat bazasy bilen iň uly gabat gelişleri paýlaşdy.Mundan başga-da, bu maglumatlar bazasyndaky SV-leriň 53,3% -i (70,471) ilkinji gezek habar berildi.Her SV görnüşine göz aýlamak bilen, uzak okalýan yzygiderli maglumat toplumy bilen dikeldilen INS-leriň sany gysga okalýanlardan has köpdi, bu bolsa uzak okalýan yzygiderliligiň INS-leri ýüze çykarmakda has täsirli bolandygyny görkezýär.(3b we 3c surat)
Surat 3. Her SV görnüşi üçin artykmaç SV-leriň aýratynlyklary
Genom aýratynlyklary: Hromosoma uzynlygy bilen ep-esli arabaglanyşykda SV-leriň sany tapyldy.Genleriň, gaýtalanmalaryň, DEL-leriň (ýaşyl), INS (gök), DUP (sary) we INV (mämişi) paýlanyşy sirk diagrammasynda görkezildi, bu ýerde hromosoma gollarynyň soňunda SV-de umumy ösüş bolýar.(3d we 3e surat)
SV-leriň uzynlygy: INS-leriň we DEL-leriň uzynlygy, PacBio HiFi maglumat bazasy tarapyndan kesgitlenenler bilen ylalaşylan DUP we INV-lerden ep-esli gysga tapyldy.Identifiedhli kesgitlenen SV-leriň uzynlygy 395,6 Mb-a çenli goşuldy, bu bolsa adam genomynyň 13,2% -ini tutýar.SV-ler ortaça bir adama 23.0 Mb (takmynan 0.8%) täsir etdi.(3f we 3g surat)
SV-leriň funksional, fenotipiki we kliniki täsirleri
Funksiýanyň çak edilýän ýitirilmegi (pLoF) SV-ler: pLoF SV-ler kodlaýyş nukleotidleri ýok edilen ýa-da ORF-ler üýtgedilen CD-ler bilen täsirleşýän SV-ler hökmünde kesgitlenildi.Jemi 1,681 geniň CDS-sine täsir edýän 1,929 pLoF SV-ler düşündirildi.Şolaryň içinde 38 gen, GO baýlaşdyryş derňewinde “immunoglobulin reseptorynyň baglanyşygyny” görkezdi.Bu pLoF SV-ler degişlilikde GWAS, OMIM we COSMIC tarapyndan düşündirildi.(4a we 4b surat)
Fenotipiki we kliniki taýdan ähmiýetli SV-ler: Nanopore maglumatlar bazasyndaky birnäçe SV fenotipiki we kliniki taýdan möhümdigi görkezildi.Alfa-talassemiýa sebäp bolýan 19.3 kb seýrek duş gelýän heterozigot DEL, Hemoglobin Subunit Alpha 1 we 2 (HBA1 we HBA2) genleriniň işlemeýän üç adamda ýüze çykaryldy.Gemoglobin Subunit Beta (HBB) gen kodlaşdyrylyşynda 27,4 kb bolan başga bir DEL kesgitlenildi.Bu SV çynlakaý gemoglobinopatiýa sebäp bolýardy.(4c-nji surat)
Surat 4. fenotipler we keseller bilen baglanyşykly pLoF SV-ler
Ösüş gomone reseptorynyň (GHR) 3-nji eksonynyň doly sebitini öz içine alýan 35 gomosigoz we 67 heterozigot göterijide 2,4 kb umumy DEL syn edildi.Gomosigoz göterijiler heterozigotlardan ep-esli gysga tapyldy (p = 0.033).(4d surat)
Mundan başga-da, bu SV-ler iki sebit toparynyň: Demirgazyk we Günorta Hytaýyň arasynda ilatyň ewolýusiýa barlaglary üçin gaýtadan işlenildi.Hr 1, 2, 3, 6,10,12,14 we 19-da paýlanan ep-esli diferensial SV-ler tapyldy, olaryň içinde iň ýokarkylary IGH, MHC we ş.m. ýaly immunitet sebitleri bilen baglanyşyklydy. Bu SV-lerdäki tapawut, genetiki süýşme we Hytaýda kiçi ilat üçin uzak wagtlap täsir etmek sebäpli bolup biler.
Salgylanma
Wu, ikikun we ş.m."Hytaý ilatynyň gurluş görnüşleri we olaryň fenotiplere, kesellere we ilatyň uýgunlaşmagyna täsiri."bioRxiv(2021).
Habarlar we esasy pursatlar Biomarker Technologies bilen iň soňky üstünlikli wakalary paýlaşmagy, täze ylmy üstünlikleri we gözleg wagtynda ulanylýan görnükli usullary ele almagy maksat edinýär.
Iş wagty: -anwar-06-2022