UMUMY Ewolýusiýa
Genome De novo
Assambleýa | Jyns kesgitlemesi Sehli yzygiderlilik işleri we bölekleýin bioinformatiki hyzmatlar Biomarker Techonologies tarapyndan üpjün edildi.
Abstrakt
“Deňiz deňziniň nyşanly fenotipine ýaprak ýaly goşundylar, dişsiz turba agzy we tohumlandyrylan ýumurtgalaryň açyk “tohumly ýama” goşulmagy bilen erkek göwreliligi bar.Biz umumy deňiz deňziniň (Phyllopteryx taeniolatus) erkek we aýal genomlaryny we onuň ýakyn baglanyşykly görnüşlerini, alligator turbageçirijisini (Syngnathoides biaculeatus) yzygiderli tertipleşdirýäris.Ewolýusiýa täzeliginden transkripsiýa profilleri, ýapraga meňzeş goşundylar, adatça fin ösüşine gatnaşýan genleriň toplumynyň bilelikde döredilendigini, şeýle hem dokumalary bejermek we immun gorag genleri üçin tran ýazgylaryny baýlaşdyrmakdygyny görkezýär.Syngnathidleriň hemmesinde ýitirilen scpp5 üçin zebrafiş mutantlary, farange dişleriniň ýoklugy ýa-da deformasiýasy bolup, scpp5-iň ýitmeginiň syngnatidlerde dişleriň ýitmegine sebäp bolandygy baradaky çaklamany goldaýar.Umumy deňiz deňziniň we alligator turbageçirijisiniň paýlaşýan erkeklere mahsus amhr2y genini kodlaýan kesgitleýji jyns kesgitlenildi. "
Materiallar we usullar:
Materiallar
Fumumy deňiz deňzimiz (P. taeniolatus) we iki sany alligator turba balygy (S. biaculeatus) nusgalary.Genomyň yzygiderliligi üçin iki sany umumy deňiz deňzi (bir erkek we bir aýal) we iki sany alligator turba balygy (bir erkek we bir aýal) şahsyýet genomyň yzygiderliligi üçin ulanyldy we beýleki iki sany umumy deňiz deňziniň şahsyýeti genomyň yzygiderliligi üçin ulanyldy.
Genom yzygiderliligi strategiýasy
270/350 bp kitaphanasy (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) ýa-da Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000) .Şundan soň genomyň yzygiderliligi üçin iki sany umumy deňiz deňziniň şahsyýeti ulanyldy.
Transkriptor yzygiderliligi
Fýa-da umumy deňiz deňzi, beýni, göz, gill, bagyr, ýürek, böwrek, mezenteriýa, içege, myşsa, fin, deri, ýaprak ýaly goşundylar, mäz we ýumurtgalyk ýygnaldy.
Genome de novo ýygnamak strategiýasy
Canu (Düzediş) + WTDBG2 (Assambleýa) + Pilon (Polýak) + Laçes (Salam-C).
Esasy netijeler
1-nji surat. Adaty deňiz deňziniň esasy aýratynlyklary (P. taeniolatus) we alligator turba balygy (S. biaculeatus) we olaryň filogenetiki pozisiýalary.
2-nji surat. Orta deňiz deňziniň ýapragyna meňzeş goşundylaryň morfologiýasy we genetiki düzümi (P. taeniolatus).
Umumy deňiz deňzinde (P. taeniolatus) we alligator turbageçirijisinde (S. biaculeatus) jyns kesgitleme geni.
4-nji surat. Zebrafish scpp5 gomozigoz mutantlarynda faringial diş fenotipleri.
Iş wagty: -anwar-08-2022