YNSAN GENOMIKASY
tebigat genetikasy
Uzak okalýan yzygiderlilik, neýronyň içerki ýadro goşma keseli bilen baglanyşykly NOTCH2NLC-de GGC-iň gaýtalanmagyny kesgitleýär.
ONT yzygiderliligi |Illumina |Exhli ajaýyp yzygiderlilik |CRISPR-Cas9 ONT maksatly yzygiderlilik |RNA-seq |ONT 5mC metilizasiýa çagyryşy
Iň esasy pursatlar
1. Uly NIID maşgalasynda baglanyşyk derňewi arkaly iki baglanyşykly sebit kesgitlenildi.
2.ONT esasly uzak okalýan yzygiderlilik we Cas-9 araçylyk baýlaşdyryş ONT yzygiderliligi NIID-iň genetiki sebäbini ýüze çykardy, GGC NOTCH2NLC-iň 5 ′ UTR-da gaýtalanmagy.Bu gözleg, segmental köpeltmeleriň üsti bilen ilkinji gezek adama mahsus genlerde gaýtalanýan giňelişleri habar berdi.
3.RNA yzygiderliligi, Notch2NLC-de GGC-iň gaýtalanýan sebitlerinde ýa-da içinde adaty bolmadyk antisense ýazgylaryny ýüze çykardy.
Maglumat
Neuronal ýadro ýadro goşma keseli (NIID), merkezi we periferiýa nerw ulgamlarynda eozinofil gialiniň içerki ýadro goşulmalarynyň bolmagy bilen häsiýetlendirilýän progressiw we ölüm howply neýrojeneriki keseldir.Onuň ýokary üýtgeýän kliniki görnüşleri, deriniň biopsiýasy ýüze çykýança diagnoz goýmakda uly kynçylyklary döredýär.Şeýle-de bolsa, gistopatologiýa esaslanýan usullar NIID-e genetiki düşünmäge çagyrýan ýalňyş diagnozdan ejir çekýär.
Üstünlikler
Baglanyşyk derňewi
SUly NIID maşgalasynda (13 täsir eden we 7 sany täsir etmedik agza) genomyň yzygiderliligini (WGS) we tutuşlygyna yzygiderliligi (WES) ýerine ýetirildi.Bu maglumatlardan alnan SNP-lerdäki baglanyşyk derňewi diňe iki baglanyşykly sebiti ýüze çykardy: 1p36.31-p36.22-de 3,5 Mb sebit (iň ýokary LOD = 2.32) we 1p22.1-q21.3-de 58.1 Mb sebit (iň ýokary LOD: 4.21) ).Şeýle-de bolsa, bu baglanyşykly sebitlerde hiç hili patogen SNP ýa-da CNV tapylmady.
GGC NOTCH2NLC-de gaýtalanmalary gaýtalaýar
Nanopore esasly yzygiderlilik, 8 maşgaladan 13 täsir eden we 4 täsir etmedik agzada gaýtadan işlenildi (başga bir täsir eden agza Pacbio uzak wagtlap okalýan yzygiderlilik platformasy bilen yzygiderlilik edildi).Uzak wagtlap okalýan maglumatlar, NOTCH2NLC gen kartasynyň 58.1 Mb baglanyşdyrylan sebitine 5 ′ UTR-da GGC-iň gaýtalanma giňelmegini ýüze çykardy (1-nji surat).Bu gaýtalanýan giňeltmeler, RP-PCR tarapyndan synag edilen 40 sany seýrek NIID hadysasynda hem ýüze çykaryldy.
C“NotCH2NLC” -iň gaýtalanmagynda (100 X-1,795 X) has ýokary okalmagy üpjün etmek üçin nanopore platformasynda 9-lyk araçylyk maksatly yzygiderlilik ulanyldy.Bu ylalaşyk yzygiderliligi, GGC-ni gaýtalamak baradaky öňki netijeler bilen gowy ylalaşdy.Mundan başga-da, {(GGA) n (GGC) n} n gaýtalanmalary gowşaklygy agdyklyk edýän fenotipiň genetiki belligi hökmünde kesgitlenildi (2-nji surat).
Surat 1. NotCH2NLC izoformlarynyň 1-nji eksonynda kesgitlenen kesel bilen baglanyşykly gaýtalanma giňelmesi.
Surat 2. NPIDH2NLC-iň ylalaşyk yzygiderliligi NIID hassalarynda (*) ýa-da gowşak agdyklyk edýän fenotip bolmazdan gaýtalanýar
NOTCH2NL genleri, adamyň beýnisiniň ewolýusiýasynda we newrologiki kesellerde möhüm rol oýnajakdygyna ynanýan genlerdir.Şeýle-de bolsa,> 99.1% yzygiderliligi bolan üç sany NOTCH2 bilen baglanyşykly gen (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB we NOTCH2NLC) adam genomynyň iň soňky ýygnanyşygyna çenli çözülmedi.Nanopore platformasynda sintezsiz we uzak okalýan yzygiderlilik, ýokary meňzeşlikdäki sebitleri çözmekde ep-esli artykmaçlyklary görkezdi we (GGC) n 100% GC baýlygy bilen gaýtalanýar.
GGC NOTCH2NLC-de gaýtalanmalary gaýtalaýar
TRanscriptome yzygiderliligi 2 täsir eden we 2 täsir etmedik agzada gaýtadan işlenildi.Adaty okalýan çuňluk, NOTCH2NL meňzeşleriniň ilkinji eksonlarynyň ýokarky akymynda many we antisense setirleri boýunça hasaplandy.Düşünjä garşy adaty bolmadyk ýazgylar diňe gaýtalanýan giňeliş sebitiniň başynda ýa-da içinde oturýan täsirli ýagdaýlarda tapyldy (F1-14-de gyrmyzy pikler we 3-nji suratda F1-16).Mundan başga-da, 54 DEG kesgitlenildi we hemmesi neýron funksiýalary bilen baglanyşykly GO we MPO terminlerinde baýlaşdyryldy.
3-nji surat
Tehnologiýa
Oksford Nanopore Tehnologiýa (ONT)
Nanopore yzygiderliligi, beýleki yzygiderli platformalardan tapawutlanýar, sebäbi nukleotidler göni DNK sintezi bolmazdan okalýar.Bir setir DNK nano ululykdaky belok gözeneginden (nanopore) geçip barýarka, dürli nukleotidler dürli ion akymlaryny döredýär, olary ele alyp we esaslaryň yzygiderliligine geçirip bolýar.ONT yzygiderlilik platformasynyň özi DNK okamagyň uzynlygyna tehniki çäklendirmäni görkezmeýär.Şonuň üçin ýokary hilli gen ýygnamak üçin Ultra uzyn okalmalar (ULR) bar.Mundan başga-da, çylşyrymly yzygiderlilik aýratynlyklaryny ýa-da gurluş üýtgemelerini kesip geçmek üçin uzyn bolan bu gaty uzyn okalmalar, bu ýerde gysga okalýan yzygiderliligiň çäklendirmelerini ýeňip geçmäge kömek edýär.
Nanopore yzygiderliligi
Gurluşyň üýtgemegi (SV) kesgitlemek
SYnthesiz yzygiderlilik, şablonda DNK metilizasiýa maglumatlary esasan saklanýar.Metilleşdirilen A, T, C we G metilleşdirilmediklerden aýratyn ion akymlaryny döredýär, olary göni platforma okap bolýar.Nanopore yzygiderliligi, bir nukleotid çözgüdi boýunça 5mC we 6mA-nyň tutuş genom profilini güýçlendirýär.
Salgylanma
Iýun Sone we ş.m.al.Uzak okalýan yzygiderlilik, neýronyň içerki ýadro goşma keseli bilen baglanyşykly NOTCH2NLC-de GGC-iň gaýtalanmagyny kesgitleýär.Tebigat genetikasy (2019)
Tehnologiýa we esasy pursatlar Dürli gözleg meýdançasynda dürli ýokary geçişli yzygiderli tehnologiýalaryň iň üstünlikli ulanylyşyny, şeýle hem eksperimental dizaýnda we maglumatlary gazyp almakda ajaýyp pikirleri paýlaşmagy maksat edinýär.
Iş wagty: -anwar-06-2022