GEÇIRMEK
tebigat
ARAGATNAŞYK
Dowamly lenfositiki leýkozda SF3B1 mutasiýa-nyň doly uzynlykly transkripsiýasy, saklanylýan içegeleriň kadalaşdyrylmagyny görkezýär
Doly uzynlykdaky ýazgylar |Nanopore yzygiderliligi |Alternatiw izoform derňewi
Maglumat
SBölüniş faktorynda omatiki mutasiýa, dowamly lenfositik leýkemi (CLL), uveal melanoma, döş rak we ş.m. ýaly dürli düwnük keselleri bilen baglanyşýandygy barada giňişleýin habar berildi. Mundan başga-da, gysga okalýan transkriptomiki gözlegler SF3B1 mutasiýa sebäpli ýüze çykýan bölüniş usullaryny ýüze çykardy.Şeýle-de bolsa, bu alternatiw bölüniş nagyşlary boýunça geçirilen gözlegler gysga wagtlyk ýygnalan ýazgylaryň çäklendirilmegi sebäpli hadysalaryň derejesi we izoform derejesinde bilimleriň ýoklugy bilen çäklenýär.Bu ýerde, AS izoformlarynda inwersiýany güýçlendirýän doly uzynlykly ýazgylary döretmek üçin nanopore yzygiderlilik platformasy hödürlendi.
Synag dizaýny
Synaglar
Toparlamak:1. CLL-SF3B1 (WT) 2. CLL-SF3B1 (K700E mutasiýa);3. Adaty B öýjükleri
Yzygiderlilik strategiýasy:MinION 2D kitaphananyň yzygiderliligi, PromethION 1D kitaphananyň yzygiderliligi;şol bir nusgalardan gysga okalýan maglumatlar
Yzygiderli platforma:ONT Minion;ONT wada;
Bioinformatiki derňew
Netijeler
A.6 sany CLL nusgasyndan we 3 sany B öýjükden jemi 257 million okaldy.Bu okalýanlaryň ortaça 30.5% -i doly göwrümli ýazgylar hökmünde kesgitlenildi.
FRNK-nyň (FLAIR) uzynlykdaky alternatiw izoform derňewi ýokary ynamly izoformlar toplumyny döretmek üçin işlenip düzüldi.FLAIR-i şeýle jemläp bolar:
Nanopore deňleşdirmäni okaýar: salgylanma genomyna esaslanýan umumy transkripsiýa gurluşyny kesgitläň;
Sbölejik çatryklaryny düzetmek: yzygiderli yzygiderli ýalňyşlyklary (gyzyl) düşündirişli içerki böleklerden, gysga okalýan maglumatlardan ýa-da ikisinden hem bölek sahypasy bilen düzüň;
Collapse: bölünen çatryk zynjyrlary esasynda wekilçilikli izoformlary jemläň (birinji geçiş toplumy).Goldaw okalýanlaryň sanyna baglylykda ýokary ynamly izofromy saýlaň (Bosgun: 3).
Surat 1. CLL-de SF3B1 mutasiýa bilen baglanyşykly doly lentli izoformlary kesgitlemek üçin FLAIR derňewi
FLAIR 326,699 ýokary ynamly bölünen izoformlary kesgitledi, olaryň 90% -i täze izoformlar.Bu bellige alynmadyk izoformlaryň köpüsiniň belli bölek bölekleriniň (142,971) täze birleşmesi bolandygy, galan romanyň izoformlarynda bolsa saklanan intron (21,700) ýa-da roman eksony (3594) bar.
Long-read yzygiderliligi mutant SF3B1-K700E üýtgedilen bölek ýerlerini izoform derejesinde kesgitlemäge mümkinçilik berýär.35 alternatiw 3'SS we 10 alternatiw 5'SS SF3B1-K700E bilen SF3B1-WT arasynda ep-esli bölünen tapyldy.35 üýtgeşmäniň 33-si uzak wagtlap okalýan yzygiderlilik bilen täze açyldy.Nanopore maglumatlarynda, SF3B1-K700E üýtgedilen 3'S-leriň kanoniki saýtlaryň iň ýokary derejesine paýlanyşy -20 bp töweregi, bu gözegçilik paýlanyşyndan ep-esli tapawutlanýar, CLL gysga okalýan yzygiderlilikde habar berilýär.ERGIC3 geniniň izoformlary derňeldi, bu ýerde SF3B1-K700E-de proksimal bölüniş ýerini öz içine alýan täze izoform tapyldy.Proksimal we distal 3'S ikisi hem köp izoform döredýän tapawutly AS nagyşlary bilen baglanyşyklydy.
Surat 2. Nanopore yzygiderliligi maglumatlary bilen kesgitlenen alternatiw 3 ′ bölüniş nagyşlary
IR hadysasynyň ulanylyşynyň derňewi, IR kesgitlemesine we mukdaryna bolan ynam sebäpli gysga okalýan derňewde uzak wagtlap çäklendirildi.IR izoformlarynyň SF3B1-K700E we SF3B1-WT görnüşlerinde görkezilmegi nanopore yzygiderliligine esaslanyp, SF3B1-K700E-de IR izoformlarynyň global derejede kadalaşdyrylýandygyny görkezdi.
Surat 4. Üç ekerançylyk ulgamy (A we B) boýunça oba hojalygynyň intensiwligi we tor baglanyşygy;Tötänleýin tokaý derňewi (C) we oba hojalygynyň intensiwligi bilen AMF kolonizasiýasynyň arasyndaky baglanyşyk (D)
Surat 3. Içerki kärende hadysalary CLL SF3B1-K700E-de has berk düzgünleşdirilýär
Tehnologiýa
Nanopore Uzak okalýan yzygiderlilik
Nanopore yzygiderliligi, bir molekulanyň hakyky wagtlaýyn elektrik signalyny yzygiderlilik tehnologiýasydyr.
Diki gatly DNK ýa-da RNK biofilmde ýerleşdirilen we motorly belogyň ýolbaşçylygynda açylmaýan nanoporoz belok bilen baglanyşar.
DNA / RNA süýümleri naprýa .eniýe tapawudynyň täsiri astynda belli bir derejede nanopore kanal belogyndan geçýär.
Molekulalar himiki gurluşyna görä dürli elektrik signallaryny döredýär.
Ryzygiderliligi e-wagt kesgitlemek esasy çagyryş arkaly gazanylýar.
Doly uzynlykdaky transkriptom yzygiderliliginiň ýerine ýetirilişi
√ Maglumatlaryň doýmagy
Deňeşdirilýän maglumatlary doýmak üçin 7 esse az okalýar.
Cript Transkripsiýa gurluşyny kesgitlemek
Her transkripsiýany doly okamak bilen ylalaşylan dürli gurluş wariantlaryny kesgitlemek
√ Transkripsiýa derejeli diferensial derňew - Üýtgeşmeler gysga okalýar
Salgylanma
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV we ş.m.Dowamly lenfositik leýkozda SF3B1 mutasiýa-nyň doly uzynlykly transkripsiýasy, saklanylýan içegeleriň kadalaşdyrylmagyny görkezýär [J].Tebigat aragatnaşyklary.
Tehnologiýa we esasy pursatlar Dürli gözleg meýdançasynda dürli ýokary geçişli yzygiderli tehnologiýalaryň iň üstünlikli ulanylyşyny, şeýle hem eksperimental dizaýnda we maglumatlary gazyp almakda ajaýyp pikirleri paýlaşmagy maksat edinýär.
Iş wagty: -anwar-08-2022