KÖP GENOM TERJIME EDIP BOLANOK
SARS-CoV-2-iň genomik gözegçiligi I interferon jogabyny modullaýan Nsp1 öçürmek wariantyny açýar.
Nanopore |Illumina |Genhli genomyň yzygiderliligi |metagenomika |RNA-Seq |Sanger
Biomarker Technologies, bu gözlegde nusga yzygiderliligi boýunça tehniki goldaw berdi.
Iň esasy pursatlar
1.SARS-CoV-2 genleriň yzygiderliligi we filognetiki derňewi 31 SNP we 4 Indels ýaly 35 gaýtalanýan mutasiýa kesgitleýär.
2. 117 kliniki fenotip bilen birleşmek potensialy ýüze çykarýar
möhüm mutasiýa.
Nsp1 kodlaýyş sebitinde 00500-532 pes wirus bilen baglanyşdyrylýar
3. IFN-serum ýüklemek we serum.
4.Wirus ∆500-532 mutasiýa bilen izolýasiýa edýär, IFN-I pes bolýar
ýokaşan öýjüklerde jogap.
Synag dizaýny
Üstünlikler
1. COVID-19 epidemiologiki we genom gözegçiligi
2020-nji ýylyň 22-nji ýanwaryndan 2020-nji ýylyň 20-nji fewraly aralygynda Hytaýyň Siçuan welaýatynda kliniki maglumatlar ýygnaldy. Siçuanda geçirilen qPCR synaglary bilen jemi 538 COVID-19 hadysasy tassyklandy, bularyň 28,8% -i welaýatdan. paýtagty.Siçuanda tassyklanan ýagdaýlar 30-njy ýanwarda iň ýokary derejä ýetdi.Şeýle hem, maglumatlar sosial aralygyň wirusyň ýaýramagynyň öňüni almakda esasy faktor bolup biljekdigini tassyklaýar.
Surat 1. Hytaýyň Siçuan welaýatynda COVID-19 epidemiologiki gözleg
2. SARS-CoV-2 gen gurluşy we wariantlary kesgitlemek
Multiplex PCR güýçlendirilmegi bilen, nanopore yzygiderliligi bilen, takmynan 248 näsagdan jemi 310 ýakyn ýa-da bölekleýin doly genom döredildi.10 okalýan genomlaryň 80% -i (Ortaça çuňlugy: her nusga üçin 0,39 M okalýar).
Surat 2. Siçuan koortundaky her wariantyň ýygylygy
SARS-CoV-2 genomlaryndan jemi 104 SNP we 18 Indels, 31 SNP we 4 Indels gaýtalanýan genetiki wariantlar hökmünde kesgitlenildi.Olary Wuhan-dan 169 nusga we GISAID-de 81,391 ýokary hilli neşir genom yzygiderliligi bilen deňeşdirip, beýleki yklymlarda görkezilen 35 wariantyň 29-sy.Ablyeri gelende aýtsak, ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 we T13243C ýaly dört wariant diňe Siçuan we Wuhan-da bar we GISAID maglumatlarynda ýok, bu wariantlaryň Wuhan-dan gabat geljekdigini görkezýär. näsaglaryň syýahat ýazgylary.
Iň ýokary ähtimallyk bilen ewolýusiýa derňewi we Baýesian molekulýar sagady çemeleşmeleri Siçuandan 88 sany täze wirusda we beýleki sebitlerden 250 sany genomda gaýtadan işlenildi.∆500-532 bolan genomlar (Nsp1 kodlaýyş sebitindäki öçürmeler) filogenetiki agaçda seýrek paýlandy.Nsp1 wariantlaryndaky gaplotip derňewi, olaryň 5-sini birnäçe şäherden kesgitledi.Bu netijeler ∆500-532-iň birnäçe şäherde bolup geçendigini we Wuhandan birnäçe gezek import edilip bilinjekdigini görkezdi.
Surat 2. SARS-CoV-2 genomlarynda gaýtalanýan genetiki wariantlar we filogenetiki derňew
3. Kliniki täsiri bolan gaýtalanýan genetiki wariantlaryň birleşmesi
117 kliniki fenotip COVID-19 agyrlygy bilen baglanyşyklydy, bu ýerde 19 agyrlyk bilen baglanyşykly fenotipler agyr we agyr däl aýratynlyklara bölünipdi.Bu häsiýetler bilen 35 gaýtalanýan genetiki wariantlaryň arasyndaky baglanyşyk iki toparlaýyn ýylylyk kartasynda janlandyryldy.GSEA meňzeş derejeli baýlaşdyryş derňewi, 00500-532-iň ESR, ganyň düzümindäki IFN-β we CD3 + CD8 + T öýjük sanlary bilen negatiw arabaglanyşygyny görkezdi.Mundan başga-da, qPCR synaglary ∆500-532 wirusy ýokaşan hassalaryň iň ýokary Ct bahasyna, ýagny wirusyň iň pes derejesine eýe bolandygyny görkezdi.
Surat 3. Kliniki fenotipler bilen gaýtalanýan 35 genetiki wariantyň birleşmesi
4. Wirus mutasiýa bilen baglanyşykly kliniki fenotipleri barlamak
∆500-532-iň Nsp1 funksiýalaryna edýän täsirine düşünmek üçin HEK239T öýjükleri doly uzynlygy, WT Nsp1 we pozulmagy bilen mutant görnüşleri aňladýan plazmidler bilen ýokaşdy.Her bejerilen HEK239T öýjükleriniň transkripsiýa profilleri PCA derňewi üçin gaýtadan işlenildi, öçürmek mutantlarynyň has ýakynlaşandygyny we WT Nsp1-den düýpgöter tapawutlydygyny görkezýär.Mutantlarda ep-esli tertipleşdirilen genler esasan “peptid biosintetiki / metabolik prosesde”, “ribonukleoprotein çylşyrymly biogenezinde”, “membrana / ER-e gönükdirilen belok” we ş.m. baýlaşdyryldy. Mundan başga-da, iki pozulma WT-den tapawutly ekspression görnüşini görkezdi.
Surat 4. WT Nsp1 tarapyndan ýok edilen HEK239T öýjüklerinde transkripsiýa derňewi
Öçürmeleriň IFN-1 jogabyna edýän täsiri aşa aşa gysylan barlagda hem synag edildi.Barlanylan ähli pozulmalar, transkripsiýa derejesinde we belok derejesinde transfeksion HEK239T we A549 öýjüklerinde IFN-1 gaýtalanmagyny azaltmak üçin görkezildi.Inglyeri gelende aýtsak, pozulmalarda ep-esli derejede kadalaşdyrylan genler “wirusa garşy gorag”, “wirusly genleriň köpelmegi”, “RNA polimeraza II-iň transkripsiýasyny kadalaşdyrmak” we “I interferon görnüşine jogap” bilen baýlaşdyryldy.
Surat 5. ∆500-532 mutantda interferon signalizasiýa ýollarynyň pes düzgünleşdirilmegi
Bu gözlegde, bu öçürmeleriň wirusa edýän täsiri wirus ýokaşmasy barlaglary bilen hasam tassyklandy.Käbir mutantlary bolan wiruslar kliniki nusgalardan izolirlenip, Calu-3 öýjüklerine ýokaşdy.Wirus ýokançlygyny öwrenmek boýunça jikme-jik netijeleri kagyzdan okap bilersiňiz.
doi:10.1016 / j.chom.2021.01.015
Salgylanma
Lin J, Tang C, Wei H we ş.m.SARS-CoV-2-iň genom gözegçiligi I interferon jogabyny modullaýan Nsp1 öçürmek wariantyny açýar.Öýjük öý eýesi we mikrob, 2021.
Habarlar we esasy pursatlar Biomarker Technologies bilen iň soňky üstünlikli wakalary paýlaşmagy, täze ylmy üstünlikleri we gözleg wagtynda ulanylýan görnükli usullary ele almagy maksat edinýär.
Iş wagty: -anwar-06-2022