UMUMY Ewolýusiýa
tebigat genetikasy
Qualityokary hilli gen ýygnamak, çowdary genom aýratynlyklaryny we agronomiki taýdan möhüm genleri görkezýär
PacBio |Illumina |Bionano optiki kartasy |Salam-C genom ýygnagy |Genetiki karta |Saýlanan süpüriş |RNA-Seq |ISO-seq |SLAF
Biomarker Technologies, bu işde Pacbio yzygiderliligi, Hi-C yzygiderliligi we maglumatlar derňewi boýunça tehniki goldaw berdi.
Iň esasy pursatlar
1.Hromosomal derejesindäki ýokary hilli Rye genomy alyndy, ýekeje hromosoma ululygy 1 Gb-dan uly.
2. Tu, Aet we Hv genomlary bilen deňeşdirilende, çowdary genomynyň ulalmagyna jogapkär bolan Rye genomynda soňky LTR-RT hadysasy syn edildi.
3. Çowdary bilen diploid bugdaýlaryň arasyndaky tapawut, arpany bugdaýdan bölüp alandan soň bolup geçdi we iki hadysanyň tapawudy takmynan 9,6 we 15 MYA bolýar.
FT genleriniň fosforilýasiýasy, çowdaryndaky irki sözbaşy häsiýetine gözegçilik edip biler.
4.Saýlaw süpüriş derňewi, ScID1-iň sözbaşy senesini kadalaşdyrmakda we çowdary öý hojalygynda saýlamak mümkinçiligini görkezýär
Maglumat
Maglumat
Çörek gymmatly iýmit we ot-iým ekinidir, bugdaý we tritiki gowulaşdyrmak üçin möhüm genetiki çeşme we otlarda deňeşdirme genomikasyny netijeli öwrenmek üçin aýrylmaz materialdyr.Hytaýda ösdürilip ýetişdirilýän irki gülleýän çowdary, tozan çyglylyga we zolak posyna giň spektrli garşylygy sebäpli ajaýyp.Çowdary elit häsiýetleriniň genetiki we molekulýar esaslaryna düşünmek we çowdary we şuňa meňzeş ekinlerde genom we tohumçylyk barlaglaryny ösdürmek üçin bu ýerde Weining çowdarynyň genomyny yzygiderli we analiz etdik.
Üstünlikler
Rye Genome
“Rye” genomy, PacBio SMRT okalmagy, gysga okalýan “Illumina” yzygiderliligi, şeýle hem hromatin öwrülişigi (Hi-C), genetiki kartalaşdyrmak we BioNano derňewi bilen birleşdirildi.Embygnalan gaplar (7,74 Gb), takmynan genomyň (7,86 Gb) 98,47% -ini, ýedi hromosoma berlen kontigleriň 93,67% -ini (7,25 Gb) düzdi.Gaýtalanýan elementler ýygnanan geniň 90.31% -ini emele getirdi.
Rye Genome
Genetiki baglanyşyk kartasy (WJ) iki çowdary ýeriň kesişmeginden alnan 295 F2 ösümligi ulanyp döredildi (Weining × Jingzhou)
Gurnalan ýedi sany Weining çowdary hromosomynyň “Hi-C” aragatnaşyk kartasy (1R - 7R)
Weining çowdarynyň ýygnanan ýedi hromosomy bilen Lo7 x Lo255 RIL ilatynyň kömegi bilen işlenip düzülen ýedi çowdary baglanyşyk toparynyň arasyndaky deňlik
Rye genomynyň LTR Assambleýa indeksiniň (LAI) bahasy 18,42, ýokary konserwirlenen 1440 BUSCO geniniň 1,393 (96,74%) tapylandygy anyklandy .Bu netijeler Weining çowdary genomynyň yzygiderliliginiň iki intergenikada ýokary hilli bolandygyny görkezýär. we geniki sebitler.Jemi 86,991 belok kodlaýjy gen, şol sanda 45,596 ýokary ynamly (HC) gen we 41,395 pes ynamly gen (LC) geni çaklanylýar.
2. TE-leriň derňewi
TE-leriň derňewi.Weining ýygnagynyň 90.31% -ini emele getirýän jemi 6.99 Gb, 537 maşgala degişli 2,671 941 elementi öz içine alýan TE hökmünde düşündirildi.Bu TE mazmuny Ta (84.70%), Tu (81.42%), Aet (84.40%), WEW (82.20%) ýa-da Hv (80.80%) üçin öň habar berleninden has ýokarydy.Uzyn terminaly gaýtalaýan retrotransposonlar (LTR-RT), şol sanda gypsy, kopiýa we klassifikasiýa edilmedik RT elementleri agdyklyk edýän TE-lerdi, düşündirişli TE mazmunynyň 84,49% -i we ýygnanan Weining genomynyň 76,29% -i;CACTA DNK transposonlary, düşündirişli TE mazmunynyň 11,68% -ini we ýygnalan Weining genomynyň 10.55% -ini emele getirýän iň köp TE-ler boldy.
Çowdary transposon elementleriniň derňewi
Düwürtik çowdary, LTR-RT-leriň güýçlendirişiň iň ýokary derejesi bilen takmynan 0,5 million ýyl ozal ýüze çykypdyr (MYA), bu dört görnüşiň arasynda iň soňky bolupdy;Beýleki pik, takmynan 1,7 MYA bolup, köne we arpada-da görnüpdir.Maşgala derejesinde 0,3 MYA-da Weining çowdaryndaky Copia elementleriniň iň soňky partlamalary tapyldy, Gypsy RT-leriň güýçlendirijileri LTR-RT partlama dinamikasynyň bimodal paýlanyş görnüşini agdyklyk etdi.
3. Çowdary genomynyň ewolýusiýasyny we hromosoma sinteniýalaryny derňemek
Çowdary we diploid bugdaýlaryň arasyndaky tapawut, arpany bugdaýdan bölüp alandan soň bolup geçdi we iki hadysanyň tapawudy takmynan 9,6 we 15 MYA boldy.1R, 2R, 3R degişlilikde bugdaýyň 1, 2 we 3 hromosomlary bilen doly kollineardy.4R, 5R, 6R, 7R uly göwrümli birleşmeler we segmentler bar.
4. Gen köpeltmeleriniň we olaryň krahmal biosintez genlerine edýän täsiri
Ablyeri gelende aýtsak, Weining çowdary bilen tandemli köpeldilen genleriň (TDG) we takmynan köpeldilen genleriň (PDG) sany Tu, Aet, Hv, Bd we Os üçin tapylanlardan has köpdi.Geçirilen köpeldilen genler (TrDG) Tu we Aet üçin ýörite tapylanlardan has köpdi.Boý genomynyň giňelmegi köp sanly gen köpeltmesi bilen bilelikde bolýar.Çowdaryndaky TE partlamalarynyň köpelmegi TrDG-leriň köpelmegine sebäp bolup biler.
Çowdary genomynyň ewolýusiýa we hromosoma sintezi analizleri
Çowdary geniniň köpelmegini we krahmal biosintezi bilen baglanyşykly genleriň dürlüligine edýän täsirini seljermek (SBRGs)
5. Çowdary tohum saklaýan belogyň (SSP) gen ýeriniň bölünişi
1R ýa-da 2R-de çowdary SSP-lerini görkezýän dört hromosomal loki (Sec-1-den Sec-4) kesgitlenildi.α-gliadin genleri bugdaýyň bugdaýdan tapawudyndan soň diňe bugdaýda we ýakyn baglanyşykly görnüşlerde ösüpdir.
6. Transkripsiýa faktoryny (TF) we kesele garşy genleri barlamak
Çowdary sekalin ýeriniň derňewi
Tohum çigidiniň Tu (1,621), Aet (1,758), Hv (1,508), Bd (1,178), Os (1,575) we A (1,836) -dan has köp kesele garşy durnuklylygy (DRA) genleri (1,989, Goşmaça maglumatlar 3) bar. ), B (1,728) we D (1,888) umumy bugdaýyň subgenomlary.
7. Irki sözbaşy aýratynlygy bilen baglanyşykly gen aňlatma aýratynlyklaryny derňemek
Uzakly gün şertlerinde has ýokary aňlatma bolan iki FT geni, ScFT1 we ScFT2, Weining genom ýygnagynda düşündiriş berildi.ScFT2 (S76 we T132) fosforilýasiýanyň iki aminokislotanyň galyndysy, wagtyň gözegçiliginiň peselmegi bilen baglanyşyk tapyldy
Weining çowdarynyň irki sözbaşy aýratynlygy bilen baglanyşykly ösüş we gen aňlatma aýratynlyklary
8. Çowdary ösdürip ýetişdirmek bilen baglanyşykly hromosomal sebitleri we ýerleri gazmak
Ekilen çowdary bilen S.Wawilowiniň arasynda yzygiderli arassalamak derňewi geçirmek üçin jemi 123 647 SNP ulanyldy.Azaltmak indeksi (DRI), fiksasiýa indeksi (FST) we XP-CLR usuly bilen kesgitlenen 11 sany saýlama süpüriş signaly.ScID1 sözbaşynyň senesini kadalaşdyrmakda mümkin bolup bildi.
Hromosomal sebitleri we çowdary ösdürip ýetişdirmek bilen baglanyşykly ýerleri kesgitlemek we derňemek
Salgylanma
Li GW we başgalar.Qualityokary hilli gen ýygnamak, çowdary genom aýratynlyklaryny we agronomiki taýdan möhüm genleri görkezýär.Tebigat genetikasy (2021)
Habarlar we esasy pursatlar Biomarker Technologies bilen iň soňky üstünlikli wakalary paýlaşmagy, täze ylmy üstünlikleri we gözleg wagtynda ulanylýan görnükli usullary ele almagy maksat edinýär.
Iş wagty: -anwar-05-2022