Uzyn kodlaşdyrylmaýan yzygiderlilik-Illumina
Hyzmat artykmaçlyklary
ØHyzmat artykmaçlyklary
ØÖýjükli we dokuma mahsus
ØAýratyn etap dinamiki aňlatma üýtgemesini görkezýär we görkezýär
ØWagtyň we giňişligiň aňladylyşynyň takyk nagyşlary
ØMRNA maglumatlary bilen bilelikde derňew.
ØBMKCloud esasly netijäni bermek: Platformada elýeterli maglumatlary gazyp almak.
ØSatuwdan soň hyzmatlar taslama gutarandan soň 3 aý dowam eder
Nusga talaplary we gowşuryş
Nusga talaplary:
Nukleotidler:
Dokumasy: Agramy (gury): ≥1 gr
* 5 mg-dan kiçi dokumalar üçin doňdurylan (suwuk azotda) dokuma nusgasyny ibermegi maslahat berýäris.
Öýjügiň togtadylmagy: Öýjükleriň sany = 3 × 107
* Doňdurylan öýjükli lizaty ibermegi maslahat berýäris.Öýjük 5 × 10-dan kiçi hasaplansa5, suwuk azotda doňdurylan fleş maslahat berilýär.
Ganyň nusgalary:
PA × genBloodRNATube;
6mLTRIzol we 2mL gan (TRIzol: Gan = 3: 1)
Maslahat berilmegi maslahat berilýär
Konteýner: 2 ml sentrifuga turbasy (Galaýy folga maslahat berilmeýär)
Mysal belgilemesi: Topar + köpeltmek, mysal üçin A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Iberiş:
1.Gury buz: Nusgalary sumkalara gaplamaly we gury buzda jaýlamaly.
3.RNA durnukly turbalar: RNK nusgalary RNK durnuklaşdyryjy turbada guradylyp bilner (mysal üçin RNAstable®) we otag temperaturasynda iberilip bilner.
Hyzmat işiniň akymy
Synag dizaýny
Mysal üçin gowşuryş
RNK çykarmak
Kitaphana gurluşygy
Yzygiderlilik
Maglumatlaryň derňewi
Satuwdan soňky hyzmatlar
Bioinformatika
 |
 |
1.LncRNA klassifikasiýasy
Aboveokardaky dört programma üpjünçiligi tarapyndan çak edilýän LncRNA 4 kategoriýa bölünýär: lincRNA, anti-many-LncRNA, introniki-LncRNA;many-LncRNA.LncRNA klassifikasiýasy aşakdaky gistogrammada görkezildi.
LncRNA klassifikasiýasy
2. DE-lncRNA baýlaşdyryş derňewiniň maksatly genleri
“ClusterProfiler”, biologiki amallar, molekulýar funksiýalar we öýjükli komponentler babatynda diferensial beýan edilen lncRNA (DE-lncRNA) görnüşli genler boýunça GO baýlaşdyryş derňewinde ulanyldy.GO baýlaşdyryş derňewi, bütin genom bilen deňeşdirilende ep-esli baýlaşdyrylan GO terminlerini kesgitlemek üçin bir prosesdir.Baýlaşdyrylan adalgalar aşakda görkezilişi ýaly gistogramma, köpürjik diagrammasy we ş.m.
DE-lncRNA baýlaşdyryş derňewiniň maksatly genleri -Bubble diagrammasy
BMK meselesi
Syçanjygyň öýken adenokarsinomlarynda KRAS - G12D mutasiýa we P53 nokauty bilen bölünen lncRNA aňlatma tertibi
Çap edilen:Öýjükli we molekulýar lukmançylyk Journalurnaly ，2019
Yzygiderlilik strategiýasy
Illumina
Nusga ýygnamak
Belli bir wirus ýokançlygynyň 6-njy gününde NONMMUT015812 kakylýan KP (shRNA-2) öýjükleri we otrisatel gözegçilik (sh-Scr) öýjükleri alyndy.
Esasy netijeler
Bu gözleg, P53 nokauty we KrasG12D mutasiýa bilen syçanjygyň öýken adenokarsinomasynda aç-açan beýan edilen lncRNA-lary derňeýär.
1.6424 lncRNA-lar diferensial beýan edildi (fold 2 esse üýtgeşiklik, P <0.05).
2. 210 lncRNA-laryň hemmesinde (FC≥8), 11 lncRNA aňlatmasy degişlilikde P53, 33 lncRNA we KRAS tarapyndan 13 lncRNA bilen esasy KP öýjüklerinde gipoksiýa bilen kadalaşdyryldy.
Syçanjygyň öýken adenokarsinomasynda ajaýyp tertipleşdirilen we öýjükli işleýşini seljermek üçin P53 gaýtadan görkezilmegi bilen negatiw düzgünleşdirilen NONMMUT015812 tapyldy.
4. NONMMUT015812-iň shRNA-lary bilen urulmagy, KP öýjükleriniň köpelmegini we göçmek ukybyny peseltdi.NONMMUT015812 onkogen bolup biler.
 NONMMUT015812-KP öýjüklerinde diferensial beýan edilen genleriň KEGG ýol derňewi |  NONMMUT015812-KP öýjüklerinde diferensial beýan edilen genleriň gen Ontologiýasy derňewi |
Salgylanma
Syçanjygyň öýken adenokarsinomlarynda KRAS - G12D mutasiýa we P53 nokaut bilen bölünen lncRNA aňlatma tertibi [J].Öýjükli we molekulýar lukmançylyk Journalurnaly, 2019, 23 (10).DOI ： 10.1111 / jcmm.14584
