China De novo Doly uzynlykdaky Transkriptom yzygiderliligi -PacBio zawody we öndürijileri |BMK

De nowoDoly uzynlykdaky Transkriptom yzygiderliligi -PacBio

De novo Full-length Transcriptome sequencing -PacBio Featured Image

De nowodoly uzynlykdaky transkriptor yzygiderliligi, şeýle hem bellidirDe nowoIso-Seq, doly uzynlykdaky cDNA molekulalarynyň arakesmesiz yzygiderliligini üpjün edýän okalýan uzynlykda PacBio yzygiderliliginiň artykmaçlyklaryny alýar.Bu, transkripsiýa ýygnamak ädimlerinde ýüze çykan ýalňyşlyklardan doly gaça durýar we izoform derejesindäki ölçegli birmeňzeş toplumlary gurýar.Bu özboluşly toplumlar transkriptom derejesinde “salgylanma genomy” hökmünde güýçli genetiki maglumatlary berýär.Mundan başga-da, indiki nesil yzygiderli maglumatlar bilen utgaşyp, bu hyzmat izoform derejesindäki aňlatmanyň takyk mukdaryny güýçlendirýär.

Platforma ： PacBio Sequel II

Kitaphana: SMRT jaň kitaphanasy

Biz bilen habarlaşyň

Hyzmat maglumatlary

Demo netijeleri

Okuw nusgasy

Hyzmat artykmaçlyklary

ØDoly uzynlykdaky cDNA molekulasyny 3-den 5-e çenli göni okamak

ØYzygiderlilik gurluşynda Iso-form derejesiniň çözgüdi

ØHighokary takyklyk we bitewilik bilen ýazgylar

ØWaiours görnüşlerine ýokary derejede laýyk gelýär

Ø4 sany PacBio Sequel II yzygiderli platforma bilen enjamlaşdyrylan uly yzygiderlilik

Ø700-den gowrak Pacbio esasly RNK yzygiderli taslamalary bilen ýokary tejribeli

ØBMKCloud esasly netijäni bermek: Platformada elýeterli maglumatlary gazyp almak.

ØSatuwdan soň hyzmatlar taslama gutarandan soň 3 aý dowam eder

Hyzmat aýratynlyklary

Platforma: PacBio Sequel II

Yzygiderli kitaphana: Poly baýlaşdyrylan mRNA kitaphanasy

Maslahat berilýän maglumat hasyly: 20 Gb / nusga (görnüşlere baglylykda)

FLNC （%）： ≥75%

* FLNC: Doly uzynlykdaky himiki däl transkripsiýalar

Bioinformatika derňewi

üÇig maglumatlary gaýtadan işlemek

üTranskripsiýany kesgitlemek

üYzygiderlilik gurluşy

üBeýan etmegiň mukdary

üFunksiýa belligi

Nusga talaplary we gowşuryş

Nusga talaplary:

Nukleotidler:

Mukdary	Jemi ≥ 3 μg;Kons.≥ 300 ng / μl;Tom ≥ 10 μl
Bütewilik	Ösümlikler üçin: RIN ≥ 7.5;Haýwanlar üçin: RIN ≥ 8;28S / 18S ≥ 1.0;Çäklendirilen ýa-da esasy belentlik ýok
Arassalyk	OD260 / 280 ≥ 1.8;OD260 / 230 ≥ 1.0;260 nm tizligi arassalaň
Bellik	Beloklaryň ýa-da DNK-nyň hapalanmagy, ölçeglere we nusgalaryň QC derejesine täsir etmegi gaty ähtimal.

Dokumasy: Agramy (gury):≥1 g
* 5 mg-dan kiçi dokumalar üçin doňdurylan (suwuk azotda) dokuma nusgasyny ibermegi maslahat berýäris.

Öýjükli asma:Öýjükleriň sany = 3 × 10⁶- 1 × 10⁷
* Doňdurylan öýjükli lizaty ibermegi maslahat berýäris.Öýjük 5 × 105-den kiçi hasaplansa, suwuk azotda doňdurylan fleş maslahat berilýär, bu mikro çykarmak üçin has amatly.

Ganyň nusgalary:Göwrümi 1 ml

Mikroorganizm:Massa ≥ 1 gr

Maslahat berilmegi maslahat berilýär

Konteýner:
2 ml sentrifuga turbasy (Galaýy folga maslahat berilmeýär)
Mysal belgilemesi: Topar + köpeltmek, mysal üçin A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

Iberiş:

1. Gury buz: Nusgalary sumkalara gaplamaly we gury buzda jaýlamaly.
2.RNA durnukly turbalar: RNK nusgalary RNK durnuklaşdyryjy turbada guradylyp bilner (mysal üçin RNAstable®) we otag temperaturasynda iberilip bilner.

Hyzmat işiniň akymy

Synag dizaýny

Mysal üçin gowşuryş

RNK çykarmak

Kitaphana gurluşygy

Yzygiderlilik

Maglumatlaryň derňewi

Satuwdan soňky hyzmatlar

Öňki: Eukariotik mRNA yzygiderliligi-Illumina

Indiki: Doly uzynlykdaky mRNA yzygiderliligi-Nanopore

1.FLNC uzynlygy paýlamak

Doly uzynlykdaky himiki däl okalyşyň uzynlygy (FLNC) kitaphananyň gurluşygynda cDNA-nyň uzynlygyny görkezýär.FLNC uzynlygynyň paýlanyşy kitaphananyň gurluşygynyň hiline baha bermekde möhüm görkeziji bolup durýar.

mRNA-FLNC-read-length-distribution

FLNC uzynlygyň paýlanyşyny okaýar

2. ORF sebitiniň uzynlygyny paýlamak

Belok kodlaýyş sebitlerini we ähli aminokislotalaryň yzygiderliligini çaklamak üçin TransDecoder-den peýdalanýarys, ähli nusgalarda artykmaç transkripsiýa maglumatlary öz içine alýan birmeňzeş toplumlary döretmek üçin.

mRNA-Complete-ORF-length-distribution

ORF sebitiniň uzynlygyny paýlamak

3.KEGG ýoluny baýlaşdyrmak derňewleri

Differensial beýan edilen transkripsiýalary (DET) NGS esasly RNK yzygiderli maglumatlary PacBio yzygiderliligi maglumatlary tarapyndan döredilen doly uzynlykdaky transkripsiýa toplumlaryna deňleşdirmek arkaly kesgitläp bolýar.Bu DET-ler dürli funksional derňew üçin, meselem, KEGG ýoluny baýlaşdyrmak derňewi üçin gaýtadan işlenip bilner.

mRNA-DEG-KEGG-pathway-enrichment

DEG KEGG ýoluny baýlaşdyrmak -Dot sýu ploteti

BMK meselesi

Populus kök transkriptomasynyň ösüş dinamikasy

Çap edilen: Ösümlik biotehnologiýasy Journalurnaly, 2019

Yzygiderlilik strategiýasy:
Nusga ýygnamak:kök sebitleri: apex, birinji internode (IN1), ikinji internode (IN2), üçünji internode (IN3), internode (IN4) we Nanlin895-den internode (IN5)
NGS yzygiderliligi:15 adamyň RNK-sy bir biologiki nusga hökmünde jemlendi.NGS yzygiderliligi üçin her nokadyň üç sany biologiki nusgasy gaýtadan işlenildi
TGS yzygiderliligi:Kök sebitleri üç sebite, ýagny iň ýokary, IN1-IN3 we IN4-IN5 bölünýärdi.Her sebit dört görnüşli kitaphanasy bolan PacBio yzygiderliligi üçin gaýtadan işlenildi: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb we 3-10 kb.

Esasy netijeler

1. Jemi 87150 doly uzynlykly ýazgylar kesgitlenildi, onda 2081 roman izoformy we 62058 roman alternatiw bölünen izoform kesgitlenildi.
2.1187 lncRNA we 356 birleşme geni kesgitlenildi.
3. Esasy ösüşden ikinji derejeli ösüşe çenli, 995 diferensial beýan edilen genlerden 15838 diferensial beýan edilen ýazgylar kesgitlenildi.DEG-leriň hemmesinde 1216 transkripsiýa faktorlary bolup, köpüsi entek habar berilmedi.
4.GO baýlaşdyryş derňewi öýjükleriň bölünişiginiň we başlangyç we ikinji derejeli ösüşde okislenmegi azaltmak prosesiniň ähmiýetini ýüze çykardy.