ลำดับแฟรกเมนต์ขยายเฉพาะโลคัส (SLAF-Seq)
รายละเอียดบริการ
โครงการทางเทคนิค
ขั้นตอนการทำงาน
ข้อดีของการบริการ
ประสิทธิภาพการค้นหาเครื่องหมายสูง- เทคโนโลยีการจัดลำดับความเร็วสูงช่วยให้ SLAF-Seq ค้นหาแท็กนับแสนภายในจีโนมทั้งหมด
การพึ่งพาจีโนมต่ำ- สามารถนำไปใช้กับสายพันธุ์ที่มีหรือไม่มีจีโนมอ้างอิงก็ได้
การออกแบบโครงร่างที่ยืดหยุ่น- เอนไซม์เดี่ยว, เอนไซม์คู่, การย่อยด้วยเอนไซม์หลายตัว และเอนไซม์ประเภทต่างๆ ทั้งหมดนี้สามารถเลือกได้เพื่อรองรับเป้าหมายการวิจัยหรือสายพันธุ์ที่แตกต่างกันการประเมินล่วงหน้าในซิลิโกใช้เพื่อรับประกันการออกแบบเอนไซม์ที่เหมาะสมที่สุด
การย่อยด้วยเอนไซม์ที่มีประสิทธิภาพ- มีการทดลองล่วงหน้าเพื่อปรับเงื่อนไขให้เหมาะสม ซึ่งทำให้การทดลองอย่างเป็นทางการมีเสถียรภาพและเชื่อถือได้ประสิทธิภาพการรวบรวมชิ้นส่วนสามารถทำได้มากกว่า 95%
แท็ก SLAF กระจายอย่างสม่ำเสมอ- แท็ก SLAF มีการกระจายเท่าๆ กันในโครโมโซมทั้งหมดในระดับสูงสุด โดยมีค่าเฉลี่ย 1 SLAF ต่อ 4 kb
การหลีกเลี่ยงการทำซ้ำอย่างมีประสิทธิภาพ- ลำดับการทำซ้ำในข้อมูล SLAF-Seq ลดลงเหลือต่ำกว่า 5% โดยเฉพาะในสายพันธุ์ที่มีการทำซ้ำในระดับสูง เช่น ข้าวสาลี ข้าวโพดเลี้ยงสัตว์ ฯลฯ
ประสบการณ์ที่กว้างขวาง- โครงการ SLAF-Seq ที่ปิดไปแล้วกว่า 2,000 โครงการเกี่ยวกับหลายร้อยสายพันธุ์ ครอบคลุมพืช สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม นก แมลง สิ่งมีชีวิตในน้ำ ฯลฯ
ขั้นตอนการทำงานชีวสารสนเทศที่พัฒนาตนเอง- ขั้นตอนการทำงานทางชีวสารสนเทศแบบบูรณาการสำหรับ SLAF-Seq ได้รับการพัฒนาโดย BMKGENE เพื่อให้มั่นใจในความน่าเชื่อถือและความแม่นยำของผลลัพธ์ขั้นสุดท้าย
ข้อมูลจำเพาะของบริการ
| แพลตฟอร์ม | ความเข้มข้น(ng/gl) | ทั้งหมด (ug) | OD260/280 |
| อิลลูมินา NovaSeq | >35 | >1.6(เล่ม>15μl) | 1.6-2.5 |
กลยุทธ์การจัดลำดับที่แนะนำ
ความลึกของลำดับ: 10X/Tag
| ขนาดจีโนม | แท็ก SLAF ที่แนะนำ |
| < 500 เมกะไบต์ | 100K หรือ WGS |
| 500เมกะไบต์- 1กิกะไบต์ | 100 ก |
| 1กิกะไบต์ -2กิกะไบต์ | 200 ก |
| จีโนมขนาดยักษ์หรือซับซ้อน | 300 - 400K |
| การใช้งาน
| ที่แนะนำ ขนาดประชากร
| กลยุทธ์การจัดลำดับและความลึก
| |
| ความลึก
| หมายเลขแท็ก
| ||
| กวาส
| หมายเลขตัวอย่าง ≥ 200
| 10X
|
ตาม ขนาดจีโนม
|
| วิวัฒนาการทางพันธุกรรม
| ของแต่ละบุคคล กลุ่มย่อย ≥ 10; ตัวอย่างทั้งหมด ≥ 30
| 10X
| |
การจัดส่งตัวอย่างที่แนะนำ
ภาชนะบรรจุ: หลอดหมุนเหวี่ยงขนาด 2 มล
สำหรับตัวอย่างส่วนใหญ่ เราขอแนะนำไม่ให้เก็บรักษาในเอธานอล
การติดฉลากตัวอย่าง: ตัวอย่างจะต้องมีป้ายกำกับอย่างชัดเจนและเหมือนกับแบบฟอร์มข้อมูลตัวอย่างที่ส่งมา
การจัดส่ง: น้ำแข็งแห้ง: ตัวอย่างจะต้องบรรจุในถุงก่อนและฝังในน้ำแข็งแห้ง
ขั้นตอนการบริการ
ตัวอย่างการควบคุมคุณภาพ
การทดลองนำร่อง
การทดลอง SLAF
การเตรียมห้องสมุด
การเรียงลำดับ
การวิเคราะห์ข้อมูล
บริการหลังการขาย
1. สถิติผลลัพธ์แผนที่
2. การพัฒนาเครื่องหมาย SLAF
3. คำอธิบายประกอบรูปแบบต่างๆ
| ปี | วารสาร | IF | ชื่อ | การใช้งาน |
| 2022 | การสื่อสารทางธรรมชาติ | 17.694 | พื้นฐานจีโนมของจีก้าโครโมโซมและจีก้าจีโนมของดอกโบตั๋นต้นไม้ Paeonia ostii | สลาฟ-กวาส |
| 2558 | นักพฤกษศาสตร์คนใหม่ | 7.433 | รอยเท้าการเลี้ยงในบ้านทอดสมอภูมิภาคจีโนมที่มีความสำคัญทางการเกษตรใน ถั่วเหลือง | สลาฟ-กวาส |
| 2022 | วารสารวิจัยขั้นสูง | 12.822 | การแนะนำเทียมทั่วทั้งจีโนมของ Gossypium barbadense เข้าสู่ G. hirsutum เผยตำแหน่งที่เหนือกว่าสำหรับการปรับปรุงคุณภาพและผลผลิตเส้นใยฝ้ายไปพร้อมๆ กัน ลักษณะ | SLAF-พันธุศาสตร์วิวัฒนาการ |
| 2019 | พืชโมเลกุล | 10.81 | การวิเคราะห์จีโนมประชากรและชุดประกอบเดอโนโวเผยที่มาของวีดี้ ข้าวเป็นเกมวิวัฒนาการ | SLAF-พันธุศาสตร์วิวัฒนาการ |
| 2019 | พันธุศาสตร์ธรรมชาติ | 31.616 | ลำดับจีโนมและความหลากหลายทางพันธุกรรมของปลาคาร์พทั่วไป Cyprinus carpio | แผนที่ SLAF-เชื่อมโยง |
| 2014 | พันธุศาสตร์ธรรมชาติ | 25.455 | จีโนมของถั่วลิสงที่ปลูกให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับคาริโอไทป์ของพืชตระกูลถั่ว และโพลีพลอยด์ วิวัฒนาการและการเพาะพันธุ์พืช | แผนที่ SLAF-เชื่อมโยง |
| 2022 | วารสารเทคโนโลยีชีวภาพพืช | 9.803 | การจำแนก ST1 เปิดเผยการเลือกที่เกี่ยวข้องกับการโบกรถของสัณฐานวิทยาของเมล็ด และปริมาณน้ำมันระหว่างการเลี้ยงถั่วเหลือง | การพัฒนา SLAF-Marker |
| 2022 | วารสารวิทยาศาสตร์โมเลกุลนานาชาติ | 6.208 | การจำแนกและการพัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอสำหรับ Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) การทดแทนโครโมโซมแบบไดโซมิก | การพัฒนา SLAF-Marker |
